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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kld | |||||||||
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タイトル | Structure of apo Machupo virus polymerase | |||||||||
要素 | RNA-directed RNA polymerase L | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / polymerase / RNA virus | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative stranded viral RNA replication / cap snatching / virion component / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Machupo virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å | |||||||||
データ登録者 | Peng, R. / Xu, X. / Jing, J. / Peng, Q. / Gao, G.F. / Shi, Y. | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Structural insight into arenavirus replication machinery. 著者: Ruchao Peng / Xin Xu / Jiamei Jing / Min Wang / Qi Peng / Sheng Liu / Ying Wu / Xichen Bao / Peiyi Wang / Jianxun Qi / George F Gao / Yi Shi / 要旨: Arenaviruses can cause severe haemorrhagic fever and neurological diseases in humans and other animals, exemplified by Lassa mammarenavirus, Machupo mammarenavirus and lymphocytic choriomeningitis ...Arenaviruses can cause severe haemorrhagic fever and neurological diseases in humans and other animals, exemplified by Lassa mammarenavirus, Machupo mammarenavirus and lymphocytic choriomeningitis virus, posing great threats to public health. These viruses encode a large multi-domain RNA-dependent RNA polymerase for transcription and replication of the viral genome. Viral polymerases are one of the leading antiviral therapeutic targets. However, the structure of arenavirus polymerase is not yet known. Here we report the near-atomic resolution structures of Lassa and Machupo virus polymerases in both apo and promoter-bound forms. These structures display a similar overall architecture to influenza virus and bunyavirus polymerases but possess unique local features, including an arenavirus-specific insertion domain that regulates the polymerase activity. Notably, the ordered active site of arenavirus polymerase is inherently switched on, without the requirement for allosteric activation by 5'-viral RNA, which is a necessity for both influenza virus and bunyavirus polymerases. Moreover, dimerization could facilitate the polymerase activity. These findings advance our understanding of the mechanism of arenavirus replication and provide an important basis for developing antiviral therapeutics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kld.cif.gz | 306.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kld.ent.gz | 235.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6kld.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6kld_validation.pdf.gz | 754.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6kld_full_validation.pdf.gz | 769.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6kld_validation.xml.gz | 49.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6kld_validation.cif.gz | 74.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/6kld ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/6kld | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 250416.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Machupo virus (ウイルス) 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q6IVU0, RNA-directed RNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MN / |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Machupo virus polymerase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.25 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Machupo mammarenavirus (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 細胞: HiFive |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1000000 詳細: approximately 1,500,000 particles were autopicked from ~2,700 micrographs | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 254000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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