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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6k1h | ||||||||||||
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タイトル | Structure of membrane protein | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / PTS / ManYZ / transporter / Mannose | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-acetylglucosamine transport / mannose transmembrane transport / protein-N(PI)-phosphohistidine-mannose phosphotransferase system transporter activity / fructose import across plasma membrane / D-glucose import across plasma membrane / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transmembrane transporter complex / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wang, J.W. / Zeng, J.W. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2019 タイトル: Structure of the mannose transporter of the bacterial phosphotransferase system. 著者: Xueli Liu / Jianwei Zeng / Kai Huang / Jiawei Wang / | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6k1h.cif.gz | 264 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6k1h.ent.gz | 214.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6k1h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6k1h_validation.pdf.gz | 997.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6k1h_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6k1h_validation.xml.gz | 53.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6k1h_validation.cif.gz | 80.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/6k1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/6k1h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30983.373 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 遺伝子: D8B36_09735 / Variant: K-12 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) Variant (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A387CW08, UniProt: P69805*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 28752.783 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: manY, pel, ptsP, b1818, JW1807 / Variant: K-12 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) Variant (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P69801 #3: 糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ManYZ trimer complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 176 kDa/nm / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株: BL21 |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.1_3865: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 309996 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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