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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j9e | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Xanthomonos oryzae transcription elongation complex with NusA and the bacteriophage protein P7 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / RNA polymerase / transcription termination / anti-termination / RNAP clamp / phage / transcription initiation / P7 / NusA / Xanthomonos oryzae / Xp10 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-directed RNA polymerase complex / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription ...DNA-directed RNA polymerase complex / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア) Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A (バクテリア) Xanthomonas virus Xp10 (ウイルス) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å | ||||||
データ登録者 | You, L.L. / Zhang, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Structural basis for transcription antitermination at bacterial intrinsic terminator. 著者: Linlin You / Jing Shi / Liqiang Shen / Lingting Li / Chengli Fang / Chengzhi Yu / Wenbo Cheng / Yu Feng / Yu Zhang / 要旨: Bacteriophages typically hijack the host bacterial transcriptional machinery to regulate their own gene expression and that of the host bacteria. The structural basis for bacteriophage protein- ...Bacteriophages typically hijack the host bacterial transcriptional machinery to regulate their own gene expression and that of the host bacteria. The structural basis for bacteriophage protein-mediated transcription regulation-in particular transcription antitermination-is largely unknown. Here we report the 3.4 Å and 4.0 Å cryo-EM structures of two bacterial transcription elongation complexes (P7-NusA-TEC and P7-TEC) comprising the bacteriophage protein P7, a master host-transcription regulator encoded by bacteriophage Xp10 of the rice pathogen Xanthomonas oryzae pv. Oryzae (Xoo) and discuss the mechanisms by which P7 modulates the host bacterial RNAP. The structures together with biochemical evidence demonstrate that P7 prevents transcription termination by plugging up the RNAP RNA-exit channel and impeding RNA-hairpin formation at the intrinsic terminator. Moreover, P7 inhibits transcription initiation by restraining RNAP-clamp motions. Our study reveals the structural basis for transcription antitermination by phage proteins and provides insights into bacterial transcription regulation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6j9e.cif.gz | 593.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6j9e.ent.gz | 450.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6j9e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6j9e_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6j9e_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6j9e_validation.xml.gz | 89.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6j9e_validation.cif.gz | 140.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/6j9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/6j9e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 38030.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthomonas oryzae pv. oryzae (strain PXO99A) (バクテリア) 株: PXO99A / 遺伝子: rpoA, PXO_04496 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2SQT4, DNA-directed RNA polymerase #2: タンパク質 | | 分子量: 154471.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A (バクテリア) 株: PXO99A / 遺伝子: rpoB, PXO_04530 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2SQQ1, DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | | 分子量: 155444.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A (バクテリア) 株: PXO99A / 遺伝子: rpoC, PXO_04529 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2SQQ2, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | | 分子量: 11112.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア) 遺伝子: rpoZ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A0U4VN94, UniProt: Q5H3R9*PLUS, DNA-directed RNA polymerase |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 GH
#5: DNA鎖 | 分子量: 8813.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 8840.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 I
#7: RNA鎖 | 分子量: 6509.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-タンパク質 , 2種, 2分子 JF
#8: タンパク質 | 分子量: 8519.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthomonas virus Xp10 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8LTJ5 |
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#9: タンパク質 | 分子量: 55464.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A (バクテリア) 株: PXO99A / 遺伝子: nusA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0K0GMR0*PLUS |
-非ポリマー , 2種, 3分子
#10: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#11: 化合物 |
-詳細
配列の詳細 | The sequence of "transcription termination/antitermination protein NusA" was not available at the ...The sequence of "transcription termination/antitermination protein NusA" was not available at the uniprot knowledgebase database (uniprotkb) at the time of deposition. Authors state that the nusA code of protein is WP_027703382.1 and Gene is 3417627 for GenBank. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Xoo transcription elongation complex with P7 and NusA (P7-NusA-TEC) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.48 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア) / 株: PXO99A | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BL21(DE3) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: this sample was monodisperse | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 4C | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: blot for 8 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 1.56 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3702 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 32 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 367855 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 204450 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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