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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6h5s | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of in vitro assembled Measles virus N into nucleocapsid-like particles (NCLPs) bound to viral genomic 5-prime RNA hexamers. | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Measles / Nucleocapsid / RNA / helical | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / molecular adaptor activity / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Measles morbillivirus (ウイルス) synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Desfosses, A. / Milles, S. / Ringkjobing Jensen, M. / Guseva, S. / Colletier, J.P. / Maurin, D. / Schoehn, G. / Gutsche, I. / Ruigrok, R. / Blackledge, M. | |||||||||||||||
資金援助 | フランス, 4件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: Assembly and cryo-EM structures of RNA-specific measles virus nucleocapsids provide mechanistic insight into paramyxoviral replication. 著者: Ambroise Desfosses / Sigrid Milles / Malene Ringkjøbing Jensen / Serafima Guseva / Jacques-Philippe Colletier / Damien Maurin / Guy Schoehn / Irina Gutsche / Rob W H Ruigrok / Martin Blackledge / 要旨: Assembly of paramyxoviral nucleocapsids on the RNA genome is an essential step in the viral cycle. The structural basis of this process has remained obscure due to the inability to control ...Assembly of paramyxoviral nucleocapsids on the RNA genome is an essential step in the viral cycle. The structural basis of this process has remained obscure due to the inability to control encapsidation. We used a recently developed approach to assemble measles virus nucleocapsid-like particles on specific sequences of RNA hexamers (poly-Adenine and viral genomic 5') in vitro, and determined their cryoelectron microscopy maps to 3.3-Å resolution. The structures unambiguously determine 5' and 3' binding sites and thereby the binding-register of viral genomic RNA within nucleocapsids. This observation reveals that the 3' end of the genome is largely exposed in fully assembled measles nucleocapsids. In particular, the final three nucleotides of the genome are rendered accessible to the RNA-dependent RNA polymerase complex, possibly enabling efficient RNA processing. The structures also reveal local and global conformational changes in the nucleoprotein upon assembly, in particular involving helix α6 and helix α13 that form edges of the RNA binding groove. Disorder is observed in the bound RNA, localized at one of the two backbone conformational switch sites. The high-resolution structure allowed us to identify putative nucleobase interaction sites in the RNA-binding groove, whose impact on assembly kinetics was measured using real-time NMR. Mutation of one of these sites, R195, whose sidechain stabilizes both backbone and base of a bound nucleic acid, is thereby shown to be essential for nucleocapsid-like particle assembly. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6h5s.cif.gz | 80.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6h5s.ent.gz | 57.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6h5s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6h5s_validation.pdf.gz | 810.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6h5s_full_validation.pdf.gz | 811.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6h5s_validation.xml.gz | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6h5s_validation.cif.gz | 25.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/6h5s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/6h5s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 15
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46425.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Measles morbillivirus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8PZP0, UniProt: Q77M43*PLUS |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 1898.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 6 / 詳細: 50 mM Na-phosphate pH 6, 150 mM NaCl, 2 mM DTT | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -29.15924186 ° / 軸方向距離/サブユニット: 3.934877693 Å / らせん対称軸の対称性: C1 |
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 102353 / 対称性のタイプ: HELICAL |
精密化 | 最高解像度: 3.3 Å |