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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gc4 | |||||||||
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タイトル | 50S ribosomal subunit assembly intermediate state 3 | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / assembly precursor 48S 50S biogenesis in vitro reconstitution | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly ...transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Nikolay, R. / Hilal, T. / Qin, B. / Loerke, J. / Buerger, J. / Mielke, T. / Spahn, C.M.T. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2018 タイトル: Structural Visualization of the Formation and Activation of the 50S Ribosomal Subunit during In Vitro Reconstitution. 著者: Rainer Nikolay / Tarek Hilal / Bo Qin / Thorsten Mielke / Jörg Bürger / Justus Loerke / Kathrin Textoris-Taube / Knud H Nierhaus / Christian M T Spahn / 要旨: The assembly of ribosomal subunits is an essential prerequisite for protein biosynthesis in all domains of life. Although biochemical and biophysical approaches have advanced our understanding of ...The assembly of ribosomal subunits is an essential prerequisite for protein biosynthesis in all domains of life. Although biochemical and biophysical approaches have advanced our understanding of ribosome assembly, our mechanistic comprehension of this process is still limited. Here, we perform an in vitro reconstitution of the Escherichia coli 50S ribosomal subunit. Late reconstitution products were subjected to high-resolution cryo-electron microscopy and multiparticle refinement analysis to reconstruct five distinct precursors of the 50S subunit with 4.3-3.8 Å resolution. These assembly intermediates define a progressive maturation pathway culminating in a late assembly particle, whose structure is more than 96% identical to a mature 50S subunit. Our structures monitor the formation and stabilization of structural elements in a nascent particle in unprecedented detail and identify the maturation of the rRNA-based peptidyl transferase center as the final critical step along the 50S assembly pathway. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6gc4.cif.gz | 1.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6gc4.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6gc4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6gc4_validation.pdf.gz | 1003.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6gc4_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6gc4_validation.xml.gz | 119.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6gc4_validation.cif.gz | 200.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/6gc4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/6gc4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4380MC 4378C 4379C 4381C 4382C 4383C 6gbzC 6gc0C 6gc6C 6gc7C 6gc8C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+50S ribosomal protein ... , 24種, 24分子 VCDEGJKLNPQRSTUXY02OFZHW
-RNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#2: RNA鎖 | 分子量: 941612.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 1036415628 |
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#23: RNA鎖 | 分子量: 38483.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 1373146531 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 50S ribosomal assembly intermediate state 3 / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 80645 X |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 154462 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26665 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL |