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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f2d | |||||||||||||||
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タイトル | A FliPQR complex forms the core of the Salmonella type III secretion system export apparatus. | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / T3SS / Flagella / Cryo-EM / Export / Membrane protein | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum assembly / protein secretion / protein targeting / membrane => GO:0016020 / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica (サルモネラ菌) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Johnson, S. / Kuhlen, L. / Abrusci, P. / Lea, S.M. | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018 タイトル: Structure of the core of the type III secretion system export apparatus. 著者: Lucas Kuhlen / Patrizia Abrusci / Steven Johnson / Joseph Gault / Justin Deme / Joseph Caesar / Tobias Dietsche / Mehari Tesfazgi Mebrhatu / Tariq Ganief / Boris Macek / Samuel Wagner / Carol ...著者: Lucas Kuhlen / Patrizia Abrusci / Steven Johnson / Joseph Gault / Justin Deme / Joseph Caesar / Tobias Dietsche / Mehari Tesfazgi Mebrhatu / Tariq Ganief / Boris Macek / Samuel Wagner / Carol V Robinson / Susan M Lea / 要旨: Export of proteins through type III secretion systems is critical for motility and virulence of many major bacterial pathogens. Three putative integral membrane proteins (FliP, FliQ, FliR) are ...Export of proteins through type III secretion systems is critical for motility and virulence of many major bacterial pathogens. Three putative integral membrane proteins (FliP, FliQ, FliR) are suggested to form the core of an export gate in the inner membrane, but their structure, assembly and location within the final nanomachine remain unclear. Here, we present the cryoelectron microscopy structure of the Salmonella Typhimurium FliP-FliQ-FliR complex at 4.2 Å. None of the subunits adopt canonical integral membrane protein topologies, and common helix-turn-helix structural elements allow them to form a helical assembly with 5:4:1 stoichiometry. Fitting of the structure into reconstructions of intact secretion systems, combined with cross-linking, localize the export gate as a core component of the periplasmic portion of the machinery. This study thereby identifies the export gate as a key element of the secretion channel and implies that it primes the helical architecture of the components assembling downstream. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6f2d.cif.gz | 276.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6f2d.ent.gz | 214.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6f2d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
XML形式データ | 6f2d_validation.xml.gz | 646 B | 表示 | |
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CIF形式データ | 6f2d_validation.cif.gz | 14.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/6f2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/6f2d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26769.021 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica (サルモネラ菌) 遺伝子: fliP, LTSERUB_0568 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Mt56 / 参照: UniProt: G5QE81, UniProt: P54700*PLUS #2: タンパク質 | | 分子量: 33069.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Residues 265 onwards constitute the Twin-Strep tag used for purification 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: fliR, flaP, STM1981 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Mt56 / 参照: UniProt: P54702 #3: タンパク質 | 分子量: 9606.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: fliQ, flaQ, STY2188, t0897 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Mt56 / 参照: UniProt: P0A1L6, UniProt: P0A1L5*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of the flagellar type III secretion system export apparatus components FliP, FliQ and FliR タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 195 kDa/nm / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Mt56 |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | ||||||||||||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS | ||||||||||||||||||
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN | ||||||||||||||||||
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm | ||||||||||||||||||
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER | ||||||||||||||||||
撮影 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.10_2155: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Images from K2 were also added. | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 97718 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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