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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ehm | ||||||||||||
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タイトル | Model of the Ebola virus nucleocapsid subunit from recombinant virus-like particles | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE / nucleocapsid / virus-like particle | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 suppression by virus of host intracellular interferon activity / host cell endomembrane system / viral RNA genome packaging / helical viral capsid / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral budding from plasma membrane / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway ...suppression by virus of host intracellular interferon activity / host cell endomembrane system / viral RNA genome packaging / helical viral capsid / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral budding from plasma membrane / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Zaire ebolavirus (エボラウイルス) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wan, W. / Kolesnikova, L. / Clarke, M. / Koehler, A. / Noda, T. / Becker, S. / Briggs, J.A.G. | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: Structure and assembly of the Ebola virus nucleocapsid. 著者: William Wan / Larissa Kolesnikova / Mairi Clarke / Alexander Koehler / Takeshi Noda / Stephan Becker / John A G Briggs / 要旨: Ebola and Marburg viruses are filoviruses: filamentous, enveloped viruses that cause haemorrhagic fever. Filoviruses are within the order Mononegavirales, which also includes rabies virus, measles ...Ebola and Marburg viruses are filoviruses: filamentous, enveloped viruses that cause haemorrhagic fever. Filoviruses are within the order Mononegavirales, which also includes rabies virus, measles virus, and respiratory syncytial virus. Mononegaviruses have non-segmented, single-stranded negative-sense RNA genomes that are encapsidated by nucleoprotein and other viral proteins to form a helical nucleocapsid. The nucleocapsid acts as a scaffold for virus assembly and as a template for genome transcription and replication. Insights into nucleoprotein-nucleoprotein interactions have been derived from structural studies of oligomerized, RNA-encapsidating nucleoprotein, and cryo-electron microscopy of nucleocapsid or nucleocapsid-like structures. There have been no high-resolution reconstructions of complete mononegavirus nucleocapsids. Here we apply cryo-electron tomography and subtomogram averaging to determine the structure of Ebola virus nucleocapsid within intact viruses and recombinant nucleocapsid-like assemblies. These structures reveal the identity and arrangement of the nucleocapsid components, and suggest that the formation of an extended α-helix from the disordered carboxy-terminal region of nucleoprotein-core links nucleoprotein oligomerization, nucleocapsid condensation, RNA encapsidation, and accessory protein recruitment. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ehm.cif.gz | 63.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ehm.ent.gz | 31.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ehm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ehm_validation.pdf.gz | 839 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ehm_full_validation.pdf.gz | 838.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ehm_validation.xml.gz | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ehm_validation.cif.gz | 30.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/6ehm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/6ehm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3871MC 3869C 3870C 3872C 3873C 3874C 3875C 3876C 6ehlC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 83387.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス) 株: Mayinga-76 / 遺伝子: NP / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18272 #2: タンパク質 | 分子量: 28250.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス) 株: Mayinga-76 / 遺伝子: VP24 / Cell (発現宿主): HEK 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q05322 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 / タイプ: VIRUS 詳細: Recombinantly expressed virus-like particles produced by expression of nucleoprotein, VP24, VP35, VP40. Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK 293T | ||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE | ||||||||||||||||||||
ウイルス殻 | 名称: Nucleocapsid / 直径: 280 nm | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat 2/1 3C | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2.3 sec. / 電子線照射量: 3.4 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター 上限: 10 eV / エネルギーフィルター 下限: -10 eV |
画像スキャン | 横: 3708 / 縦: 3708 / 動画フレーム数/画像: 5 / 利用したフレーム数/画像: 1-5 |
-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Frames were aligned using K2Align software, based off the MotionCorr algorithm. Tomograms were reconstructed with IMOD, using stripwise CTF-correction and weighted back projection. ...詳細: Frames were aligned using K2Align software, based off the MotionCorr algorithm. Tomograms were reconstructed with IMOD, using stripwise CTF-correction and weighted back projection. Subtomogram averaging was performed using scripts derived from TOM, AV3, and DYNAMO. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | 詳細: CTF amplitude correction was performed during the wedge-weighted subtomogram averaging step. タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1 / アルゴリズム: BACK PROJECTION 詳細: Local resolution was estimated using moving window FSC calculations. Resolution varies from 7.3 to 15.2 Angstroms. クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EM volume selection | 詳細: Points along the helical axis were manually placed to define a spline. A cylindrical grid as defined at a given radius from the spline; grid spacing was chosen to provide ~4x oversampling. Num. of tomograms: 63 / Num. of volumes extracted: 379428 / Reference model: None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT 詳細: Nucleoprotein model from Ebola virus nucleoprotein 1-450 was first rigid body fitted into the inner nucleoprotein densities. Densities were then subtracted, and VP24 pdb was then fit into ...詳細: Nucleoprotein model from Ebola virus nucleoprotein 1-450 was first rigid body fitted into the inner nucleoprotein densities. Densities were then subtracted, and VP24 pdb was then fit into remaining densities. All models were rigid-body fitted using UCSF Chimera. |