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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dbt | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of RAG in complex with 12-RSS and 23-RSS substrate DNAs | ||||||
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![]() | recombination/dna / V(D)J recombination / RAG complex / unmelted RSS / Pre-cleveage complex / recombination-dna complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() somatic diversification of immune receptors via germline recombination within a single locus / hematopoietic or lymphoid organ development / protein-DNA complex assembly / DNA recombinase complex / endodeoxyribonuclease complex / lymphocyte differentiation / double-stranded DNA endonuclease activity / pre-B cell allelic exclusion / immunoglobulin V(D)J recombination / V(D)J recombination ...somatic diversification of immune receptors via germline recombination within a single locus / hematopoietic or lymphoid organ development / protein-DNA complex assembly / DNA recombinase complex / endodeoxyribonuclease complex / lymphocyte differentiation / double-stranded DNA endonuclease activity / pre-B cell allelic exclusion / immunoglobulin V(D)J recombination / V(D)J recombination / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / carbohydrate transmembrane transporter activity / T cell differentiation / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / methylated histone binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / phosphatidylinositol binding / B cell differentiation / cell chemotaxis / thymus development / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / chromatin organization / histone binding / T cell differentiation in thymus / outer membrane-bounded periplasmic space / endonuclease activity / adaptive immune response / sequence-specific DNA binding / periplasmic space / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA damage response / chromatin binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / membrane / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | ||||||
![]() | Wu, H. / Liao, M. / Ru, H. / Mi, W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: DNA melting initiates the RAG catalytic pathway. 著者: Heng Ru / Wei Mi / Pengfei Zhang / Frederick W Alt / David G Schatz / Maofu Liao / Hao Wu / ![]() 要旨: The mechanism for initiating DNA cleavage by DDE-family enzymes, including the RAG endonuclease, which initiates V(D)J recombination, is not well understood. Here we report six cryo-EM structures of ...The mechanism for initiating DNA cleavage by DDE-family enzymes, including the RAG endonuclease, which initiates V(D)J recombination, is not well understood. Here we report six cryo-EM structures of zebrafish RAG in complex with one or two intact recombination signal sequences (RSSs), at up to 3.9-Å resolution. Unexpectedly, these structures reveal DNA melting at the heptamer of the RSSs, thus resulting in a corkscrew-like rotation of coding-flank DNA and the positioning of the scissile phosphate in the active site. Substrate binding is associated with dimer opening and a piston-like movement in RAG1, first outward to accommodate unmelted DNA and then inward to wedge melted DNA. These precleavage complexes show limited base-specific contacts of RAG at the conserved terminal CAC/GTG sequence of the heptamer, thus suggesting conservation based on a propensity to unwind. CA and TG overwhelmingly dominate terminal sequences in transposons and retrotransposons, thereby implicating a universal mechanism for DNA melting during the initiation of retroviral integration and DNA transposition. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 551.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 415.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1001.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 65.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 99.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7849MC ![]() 7843C ![]() 7844C ![]() 7845C ![]() 7846C ![]() 7847C ![]() 7848C ![]() 7850C ![]() 7851C ![]() 7852C ![]() 7853C ![]() 6dbiC ![]() 6dbjC ![]() 6dblC ![]() 6dboC ![]() 6dbqC ![]() 6dbrC ![]() 6dbuC ![]() 6dbvC ![]() 6dbwC ![]() 6dbxC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Recombination activating gene ... , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 131160.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, rag1 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: O13033, RING-type E3 ubiquitin transferase #2: タンパク質 | 分子量: 59435.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rag2 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q1RLW7, UniProt: O13034*PLUS |
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-Forward strand of ... , 2種, 2分子 EG
#3: DNA鎖 | 分子量: 15364.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#5: DNA鎖 | 分子量: 18731.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-Reverse strand of ... , 2種, 2分子 FH
#4: DNA鎖 | 分子量: 15439.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 18870.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 2種, 6分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
#7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-CA / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: RAG in complex with 12-RSS and 23-RSS substrate DNAs タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: Solutions were made fresh from concentrated to avoid microbial contamination. | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.38 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse. | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 71.49 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (1.13_2998: ???) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 67194 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 4.3→271.36 Å / SU ML: 1.48 / σ(F): 0.2 / 位相誤差: 55.61 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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