+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ci1 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The Structure of Full-Length Kv Beta 2.1 Determined by Cryogenic Electron Microscopy | |||||||||
要素 | Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Kv Channel / Regulator / Complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pinceau fiber / regulation of action potential / Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / NADPH oxidation / axon initial segment / regulation of protein localization to cell surface / aldo-keto reductase (NADPH) activity / juxtaparanode region of axon / regulation of potassium ion transmembrane transport ...pinceau fiber / regulation of action potential / Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / NADPH oxidation / axon initial segment / regulation of protein localization to cell surface / aldo-keto reductase (NADPH) activity / juxtaparanode region of axon / regulation of potassium ion transmembrane transport / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / myoblast differentiation / neuromuscular process / Neutrophil degranulation / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel regulator activity / hematopoietic progenitor cell differentiation / axon terminus / voltage-gated potassium channel complex / postsynaptic density membrane / cytoplasmic side of plasma membrane / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / cytoskeleton / neuron projection / axon / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Stagg, S.M. / Spear, J.M. / Mendez, J.H. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The Structure of Full-Length Kv Beta 2.1 Determined by Cryogenic Electron Microscopy 著者: Stagg, S.M. / Spear, J.M. / Mendez, J.H. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ci1.cif.gz | 78.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6ci1.ent.gz | 55.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ci1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/6ci1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/6ci1 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36440.992 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kcnab2, Ckbeta2, Kcnb3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P62483, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Octamer of Kv Beta / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) |
-解析
EMソフトウェア |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||
対称性 | 点対称性: D4 (2回x4回 2面回転対称) | |||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24809 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |