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万見
- PDB-6c70: Cryo-EM structure of Orco -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c70
タイトルCryo-EM structure of Orco
要素Odorant receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Olfactory receptor / Ion channel / Insect / Fab
機能・相同性Olfactory receptor, insect / 7tm Odorant receptor / olfactory receptor activity / odorant binding / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane / Odorant receptor
機能・相同性情報
生物種Apocrypta bakeri (昆虫)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Butterwick, J.A. / Kim, K.H. / Walz, T. / Ruta, V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI103171 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of the insect olfactory receptor Orco.
著者: Joel A Butterwick / Josefina Del Mármol / Kelly H Kim / Martha A Kahlson / Jackson A Rogow / Thomas Walz / Vanessa Ruta /
要旨: The olfactory system must recognize and discriminate amongst an enormous variety of chemicals in the environment. To contend with such diversity, insects have evolved a family of odorant-gated ion ...The olfactory system must recognize and discriminate amongst an enormous variety of chemicals in the environment. To contend with such diversity, insects have evolved a family of odorant-gated ion channels comprised of a highly conserved co-receptor (Orco) and a divergent odorant receptor (OR) that confers chemical specificity. Here, we present the single-particle cryo-electron microscopy structure of an Orco homomer from the parasitic fig wasp Apocrypta bakeri at 3.5 Å resolution, providing structural insight into this receptor family. Orco possesses a novel channel architecture, with four subunits symmetrically arranged around a central pore that diverges into four lateral conduits that open to the cytosol. The Orco tetramer has few inter-subunit interactions within the membrane and is bound together by a small cytoplasmic anchor domain. The minimal sequence conservation among ORs maps largely to the pore and anchor domain, shedding light on how the architecture of this receptor family accommodates its remarkable sequence diversity and facilitates the evolution of odour tuning.
履歴
登録2018年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7352
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Odorant receptor
B: Odorant receptor
C: Odorant receptor
D: Odorant receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,0534
ポリマ－214,0534
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area9970 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area66450 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Odorant receptor


分子量: 53513.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Apocrypta bakeri (昆虫) / 遺伝子: Or2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B0FAQ4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Orco homotetramer bound to four Fab molecules in a detergent micelle
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Apocrypta bakeri (昆虫)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 80 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1221 / 実像数: 53141
画像スキャン動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.13_2998:精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53141 / 対称性のタイプ: POINT
原子変位パラメータBiso max: 151.29 Å2 / Biso mean: 108.3876 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12528 0 0 0 12528
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0112668
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.07117172
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.847416
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0572008
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0072080

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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