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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c04 | ||||||
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タイトル | Mtb RNAP Holo/RbpA/double fork DNA -closed clamp | ||||||
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![]() | transcription/dna / initiation / transcription bubble / closed clamp / TRANSCRIPTION / transcription-dna complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / response to water / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity ...bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / response to water / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / nucleic acid binding / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å | ||||||
![]() | Darst, S.A. / Campbell, E.A. / Boyaci Selcuk, H. / Chen, J. / Lilic, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Fidaxomicin jams RNA polymerase motions needed for initiation via RbpA contacts. 著者: Hande Boyaci / James Chen / Mirjana Lilic / Margaret Palka / Rachel Anne Mooney / Robert Landick / Seth A Darst / Elizabeth A Campbell / ![]() 要旨: Fidaxomicin (Fdx) is an antimicrobial RNA polymerase (RNAP) inhibitor highly effective against RNAP in vitro, but clinical use of Fdx is limited to treating intestinal infections due to poor ...Fidaxomicin (Fdx) is an antimicrobial RNA polymerase (RNAP) inhibitor highly effective against RNAP in vitro, but clinical use of Fdx is limited to treating intestinal infections due to poor absorption. To identify the structural determinants of Fdx binding to RNAP, we determined the 3.4 Å cryo-electron microscopy structure of a complete RNAP holoenzyme in complex with Fdx. We find that the actinobacteria general transcription factor RbpA contacts fidaxomycin, explaining its strong effect on . Additional structures define conformational states of RNAP between the free apo-holoenzyme and the promoter-engaged open complex ready for transcription. The results establish that Fdx acts like a doorstop to jam the enzyme in an open state, preventing the motions necessary to secure promoter DNA in the active site. Our results provide a structural platform to guide development of anti-tuberculosis antimicrobials based on the Fdx binding pocket. #1: ![]() タイトル: Structure of Mycobacterium Tuberculosis RNAP Holo Enzyme/RbpA in closed clamp conformation 著者: Darst, S.A. / Campbell, E.A. / Boyaci Selcuk, H. / Chen, J. / Lilic, M. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 651.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 510.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 961.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 88.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 138 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 37745.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoA, rpoA_1, CLD25_18970 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A045J8T1, UniProt: P9WGZ1*PLUS, DNA-directed RNA polymerase #2: タンパク質 | | 分子量: 130070.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoB, SAMEA2682864_01701 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: V9Z879, UniProt: P9WGY9*PLUS, DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | | 分子量: 148202.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoC, rpoC_1, CLD25_03785 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A045J9E2, UniProt: P9WGY7*PLUS, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | | 分子量: 11776.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoZ / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0T9N9K3, UniProt: P9WGY5*PLUS, DNA-directed RNA polymerase |
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-タンパク質 , 2種, 2分子 FJ
#5: タンパク質 | 分子量: 58169.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: sigA, hrdB_2, CLD25_14885 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#6: タンパク質 | 分子量: 12993.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rbpA / 発現宿主: ![]() ![]() |
-DNA鎖 , 2種, 4分子 OHPG
#7: DNA鎖 | 分子量: 9565.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() #8: DNA鎖 | 分子量: 7930.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 3分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Mtb RNAP Holo/RbpA/double fork DNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 6.7 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 171547 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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