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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bm0 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human CPSF-160-WDR33 complex at 3.8 A resolution | ||||||
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![]() | PROTEIN BINDING / Polyadenylation / scaffolding protein / WD40 | ||||||
機能・相同性 | ![]() co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / collagen trimer / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / postreplication repair / tRNA processing in the nucleus / RNA Polymerase II Transcription Termination ...co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / collagen trimer / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / postreplication repair / tRNA processing in the nucleus / RNA Polymerase II Transcription Termination / : / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / fibrillar center / spermatogenesis / enzyme binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
![]() | Sun, Y. / Zhang, Y. / Hamilton, K. / Walz, T. / Tong, L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular basis for the recognition of the human AAUAAA polyadenylation signal. 著者: Yadong Sun / Yixiao Zhang / Keith Hamilton / James L Manley / Yongsheng Shi / Thomas Walz / Liang Tong / ![]() 要旨: Nearly all eukaryotic messenger RNA precursors must undergo cleavage and polyadenylation at their 3'-end for maturation. A crucial step in this process is the recognition of the AAUAAA ...Nearly all eukaryotic messenger RNA precursors must undergo cleavage and polyadenylation at their 3'-end for maturation. A crucial step in this process is the recognition of the AAUAAA polyadenylation signal (PAS), and the molecular mechanism of this recognition has been a long-standing problem. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of a quaternary complex of human CPSF-160, WDR33, CPSF-30, and an AAUAAA RNA at 3.4-Å resolution. Strikingly, the AAUAAA PAS assumes an unusual conformation that allows this short motif to be bound directly by both CPSF-30 and WDR33. The A1 and A2 bases are recognized specifically by zinc finger 2 (ZF2) of CPSF-30 and the A4 and A5 bases by ZF3. Interestingly, the U3 and A6 bases form an intramolecular Hoogsteen base pair and directly contact WDR33. CPSF-160 functions as an essential scaffold and preorganizes CPSF-30 and WDR33 for high-affinity binding to AAUAAA. Our findings provide an elegant molecular explanation for how PAS sequences are recognized for mRNA 3'-end formation. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 292.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 223.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 890.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 928.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 48.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 71.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 161074.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 67546.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Binary complex of human CPSF-160-WDR33 / タイプ: COMPLEX 詳細: WDR33 is bound between the top faces of b- propeller A and C in CPSF-160 Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.225 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.9 / 詳細: 25 mM Tris-HCl, pH 7.9, 300 mM NaCl, 5 mM DTT |
緩衝液成分 | 濃度: 0.3 mM / 名称: sodium chloride / 式: NaCl |
試料 | 濃度: 1.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: CHAPSO (8 mM final concentration) was added to prevent the particles from adopting preferred orientations in the ice layer |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 225000 X / 倍率(補正後): 38462 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 47 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1625 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 372707 | |||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 205373 / 対称性のタイプ: POINT |