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万見
- PDB-6bg9: HYBRID NMR/CRYO-EM STRUCTURE OF THE HIV-1 RNA DIMERIZATION SIGNAL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bg9
タイトルHYBRID NMR/CRYO-EM STRUCTURE OF THE HIV-1 RNA DIMERIZATION SIGNAL
要素RNA dimerization signal
キーワードRNA / RNA INERNAL LOOPS / SHEARED GA PAIRS / GU WOBBLE / S-TURN THERMODYNAMICS
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 溶液NMR / サブトモグラム平均法 / molecular dynamics / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9 Å
データ登録者Summers, M.F.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM R01 42561 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM P01 103297 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Structure of the 30 kDa HIV-1 RNA Dimerization Signal by a Hybrid Cryo-EM, NMR, and Molecular Dynamics Approach.
著者: Kaiming Zhang / Sarah C Keane / Zhaoming Su / Rossitza N Irobalieva / Muyuan Chen / Verna Van / Carly A Sciandra / Jan Marchant / Xiao Heng / Michael F Schmid / David A Case / Steven J Ludtke ...著者: Kaiming Zhang / Sarah C Keane / Zhaoming Su / Rossitza N Irobalieva / Muyuan Chen / Verna Van / Carly A Sciandra / Jan Marchant / Xiao Heng / Michael F Schmid / David A Case / Steven J Ludtke / Michael F Summers / Wah Chiu /
要旨: Cryoelectron microscopy (cryo-EM) and nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy are routinely used to determine structures of macromolecules with molecular weights over 65 and under 25 kDa, ...Cryoelectron microscopy (cryo-EM) and nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy are routinely used to determine structures of macromolecules with molecular weights over 65 and under 25 kDa, respectively. We combined these techniques to study a 30 kDa HIV-1 dimer initiation site RNA ([DIS]; 47 nt/strand). A 9 Å cryo-EM map clearly shows major groove features of the double helix and a right-handed superhelical twist. Simulated cryo-EM maps generated from time-averaged molecular dynamics trajectories (10 ns) exhibited levels of detail similar to those in the experimental maps, suggesting internal structural flexibility limits the cryo-EM resolution. Simultaneous inclusion of the cryo-EM map and H-edited NMR-derived distance restraints during structure refinement generates a structure consistent with both datasets and supporting a flipped-out base within a conserved purine-rich bulge. Our findings demonstrate the power of combining global and local structural information from these techniques for structure determination of modest-sized RNAs.
履歴
登録2017年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7080
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA dimerization signal
B: RNA dimerization signal


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7182
ポリマ－30,7182
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area4500 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area16630 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA dimerization signal


分子量: 15359.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他)

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実験情報

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実験

実験
手法
電子顕微鏡法
溶液NMR
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D NOESY (2H-EDITED)
121isotropic1ABUNDANCE 13C-1H HMQC
NMR実験の詳細Text: NMR studies conducted with multiple samples prepared by differential nucleotide-specific 2H labeling.

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試料調製

構成要素名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT
詳細: RNA prepared by in vitro transcription using T7 RNA polymerase
Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他)
ウイルスについての詳細単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %
詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1400 uM Fully protonated, 5 mM NaCl, 140 mM KCl, 1 mM MgCl2, Tris, 100% D2OHIV-1 DIS100% D2O
solution2400 uM protonated A-H2 and A,G-ribose carbons A2rGr; all other sites deuterated A2rGr, 5 mM NaCl, 140 mM KCl, 1 mM MgCl2, 100% D2Osample_2100% D2O
solution3400 uM protonated A-H2,H8 and fully protonated G; all other sites deuterated A28GH, 5 mM NaCl, 140 mM KCl, 1 mM MgCl2, 100% D2Osample_3100% D2O
solution4400 uM protonated G-H8, C-H6,ribose; all other sites deuterated G8C6r, 5 mM NaCl, 140 mM KCl, 1 mM MgCl2, 100% D2Osample_4100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
400 uMFully protonatednatural abundance1
400 uMA2rGrprotonated A-H2 and A,G-ribose carbons; all other sites deuterated2
400 uMA28GHprotonated A-H2,H8 and fully protonated G; all other sites deuterated3
400 uMG8C6rprotonated G-H8, C-H6,ribose; all other sites deuterated4
5 mMNaClnatural abundance1
5 mMNaClnatural abundance2
5 mMNaClnatural abundance3
5 mMNaClnatural abundance4
140 mMKClnatural abundance1
140 mMKClnatural abundance2
140 mMKClnatural abundance3
140 mMKClnatural abundance4
1 mMMgCl2natural abundance1
1 mMMgCl2natural abundance2
1 mMMgCl2natural abundance3
1 mMMgCl2natural abundance4
試料状態詳細: Samples in D2O, 5 mM NaCl, 140 mM KCl, 1 mM MgCl2, Tris, pH 7.2, T= 308K
イオン強度: 150 mM / Ionic strength err: 10 / Label: All samples / pH: 7.1 pD / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

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データ収集

顕微鏡モデル: JEOL 2200FS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 25000 X
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
撮影電子線照射量: 75 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-12 (4k x 3k)
撮影したグリッド数: 4
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN22.1volume selection
4EMAN22.1CTF補正
13EMAN22.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 20366 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 540 / Num. of volumes extracted: 20366
NMR software
名称開発者分類
NMRFxBruce Johnson, One Moon Scientific解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 6
詳細: Used GB for solvent simulation, NOEs and EM data simultaneously as restraints
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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