[日本語] English
万見
- PDB-6aui: Human ribonucleotide reductase large subunit (alpha) with dATP and CDP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aui
タイトルHuman ribonucleotide reductase large subunit (alpha) with dATP and CDP
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ribonucleotide Reductase Electron transfer Radical chemistry Thiyl radical
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase activity / pyrimidine nucleobase metabolic process / cell proliferation in forebrain / ribonucleoside diphosphate metabolic process / positive regulation of G0 to G1 transition / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / mitochondrial DNA replication / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor ...ribonucleoside-diphosphate reductase activity / pyrimidine nucleobase metabolic process / cell proliferation in forebrain / ribonucleoside diphosphate metabolic process / positive regulation of G0 to G1 transition / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / mitochondrial DNA replication / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein heterotetramerization / response to ionizing radiation / DNA synthesis involved in DNA repair / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cell projection / male gonad development / disordered domain specific binding / retina development in camera-type eye / nuclear envelope / DNA repair / neuronal cell body / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase, all-alpha domain / Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal / Ribonucleotide reductase, barrel domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Brignole, E.J. / Drennan, C.L. / Asturias, F.J. / Tsai, K.L. / Penczek, P.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM29595 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM67167 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: 3.3-Å resolution cryo-EM structure of human ribonucleotide reductase with substrate and allosteric regulators bound.
著者: Edward J Brignole / Kuang-Lei Tsai / Johnathan Chittuluru / Haoran Li / Yimon Aye / Pawel A Penczek / JoAnne Stubbe / Catherine L Drennan / Francisco Asturias /
要旨: Ribonucleotide reductases (RNRs) convert ribonucleotides into deoxyribonucleotides, a reaction essential for DNA replication and repair. Human RNR requires two subunits for activity, the α subunit ...Ribonucleotide reductases (RNRs) convert ribonucleotides into deoxyribonucleotides, a reaction essential for DNA replication and repair. Human RNR requires two subunits for activity, the α subunit contains the active site, and the β subunit houses the radical cofactor. Here, we present a 3.3-Å resolution structure by cryo-electron microscopy (EM) of a dATP-inhibited state of human RNR. This structure, which was determined in the presence of substrate CDP and allosteric regulators ATP and dATP, has three α units arranged in an α ring. At near-atomic resolution, these data provide insight into the molecular basis for CDP recognition by allosteric specificity effectors dATP/ATP. Additionally, we present lower-resolution EM structures of human α in the presence of both the anticancer drug clofarabine triphosphate and β. Together, these structures support a model for RNR inhibition in which β is excluded from binding in a radical transfer competent position when α exists as a stable hexamer.
履歴
登録2017年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name
改定 1.22019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7006
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit
C: Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit
D: Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit
E: Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit
F: Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)562,70736
ポリマ－554,1026
非ポリマー8,60530
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area33640 Å2
ΔGint-252 kcal/mol
Surface area164080 Å2

-
要素

#1: タンパク質
Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit M1 / Ribonucleotide reductase large subunit


分子量: 92350.391 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRM1, RR1 / プラスミド: pET-28a
詳細 (発現宿主): Gene inserted between NdeI and NotI sites
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P23921, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 化合物
ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CDP / CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / CDP


分子量: 403.176 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N3O11P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Human ribonucleotide reductase large subnunit (alpha)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 / プラスミド: pET-28a
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHEPES1
215 mMMagnesium ChlorideMgCl21
31 mMEDTA1
450 mMPotassium ChlorideKCl1
試料濃度: 1.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: 14 microM alpha and 0.05 mM dATP, 3 mM ATP, 1 mM CDP in 50 mM HEPES, pH 7.6, 15 mM MgCl2, 1 mM EDTA, 5 mM DTT, and 50 mM KCl
試料支持詳細: glow discharged at 20 mA in an EMITech K100X Grid was first cleaned in a Solarus 950 (Gatan) at 25 W for 10 s in 75/25 Ar/O2 gas mixture
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Protochips C-Flat
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 75 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: manual blot with a strip of Whatman paper until drop stops wicking determined visually

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 7.6 sec. / 電子線照射量: 44 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 2144
画像スキャン動画フレーム数/画像: 38 / 利用したフレーム数/画像: 5-38

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_2650: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1FindEM粒子像選択
2Leginon画像取得
4SPARXCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
10SPARX最終オイラー角割当
12SPARX３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
14Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: D3 (2回x3回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 43885 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00737140
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.92850382
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.01322266
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0555526
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0076336

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る