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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yu8 | ||||||||||||
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タイトル | Cofilin decorated actin filament | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | CYTOSOLIC PROTEIN / Actin / Cofilin / muscle / cytoskeleton | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 actin filament fragmentation / Striated Muscle Contraction / actin filament severing / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle fiber development / stress fiber / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / nuclear matrix ...actin filament fragmentation / Striated Muscle Contraction / actin filament severing / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle fiber development / stress fiber / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / nuclear matrix / actin filament binding / actin cytoskeleton / hydrolase activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Tanaka, K. / Narita, A. | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Structural basis for cofilin binding and actin filament disassembly. 著者: Kotaro Tanaka / Shuichi Takeda / Kaoru Mitsuoka / Toshiro Oda / Chieko Kimura-Sakiyama / Yuichiro Maéda / Akihiro Narita / 要旨: Actin depolymerizing factor (ADF) and cofilin accelerate actin dynamics by severing and disassembling actin filaments. Here, we present the 3.8 Å resolution cryo-EM structure of cofilactin ...Actin depolymerizing factor (ADF) and cofilin accelerate actin dynamics by severing and disassembling actin filaments. Here, we present the 3.8 Å resolution cryo-EM structure of cofilactin (cofilin-decorated actin filament). The actin subunit structure of cofilactin (C-form) is distinct from those of F-actin (F-form) and monomeric actin (G-form). During the transition between these three conformations, the inner domain of actin (subdomains 3 and 4) and the majority of subdomain 1 move as two separate rigid bodies. The cofilin-actin interface consists of three distinct parts. Based on the rigid body movements of actin and the three cofilin-actin interfaces, we propose models for the cooperative binding of cofilin to actin, preferential binding of cofilin to ADP-bound actin filaments and cofilin-mediated severing of actin filaments. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5yu8.cif.gz | 389.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5yu8.ent.gz | 310.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5yu8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5yu8_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5yu8_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5yu8_validation.xml.gz | 66.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5yu8_validation.cif.gz | 89.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/5yu8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/5yu8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41875.633 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: ACTA1, ACTA / 発現宿主: Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P68139 #2: タンパク質 | 分子量: 18690.598 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CFL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21566 #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-ADP / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cofilin-decorated actin filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: MOLYBDENUM / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 99 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3000 nm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 24 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -162.1 ° / 軸方向距離/サブユニット: 27.6 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 86388 / 対称性のタイプ: HELICAL |