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万見
- PDB-5xym: Large subunit of Mycobacterium smegmatis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xym
タイトルLarge subunit of Mycobacterium smegmatis
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 28
  • 23S RNA
  • 5S RNA
  • Uncharacterized protein bL37
キーワードRIBOSOME / Mycobacterium smegmatis ribosome / rRNA / rprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L33 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / : / 50S ribosomal protein L37 helical region / Ribosomal protein L2; domain 3 / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal protein L30/L7 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #100 ...Ribosomal protein L33 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / : / 50S ribosomal protein L37 helical region / Ribosomal protein L2; domain 3 / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal protein L30/L7 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #100 / Ribosomal protein L16/L10 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 - #10 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Ribosomal Protein L22; Chain A / Outer Surface Protein A; domain 3 / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Rubrerythrin, domain 2 / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / RRM (RNA recognition motif) domain / Single Sheet / Nucleic acid-binding proteins / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / : / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / : / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / L28p-like / Few Secondary Structures / Irregular / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33B / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Li, Z. / Ge, X. / Zhang, Y. / Zheng, L. / Sanyal, S. / Gao, N.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis ribosome reveals two unidentified ribosomal proteins close to the functional centers.
著者: Zhifei Li / Xueliang Ge / Yixiao Zhang / Lvqin Zheng / Suparna Sanyal / Ning Gao /
履歴
登録2017年7月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6789
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
0: 50S ribosomal protein L32
1: 50S ribosomal protein L33 2
2: 50S ribosomal protein L34
3: 50S ribosomal protein L35
4: 50S ribosomal protein L36
A: 23S RNA
B: 5S RNA
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: 50S ribosomal protein L6
H: 50S ribosomal protein L9
J: 50S ribosomal protein L13
K: 50S ribosomal protein L14
L: 50S ribosomal protein L15
M: 50S ribosomal protein L16
N: 50S ribosomal protein L17
O: 50S ribosomal protein L18
P: 50S ribosomal protein L19
Q: 50S ribosomal protein L20
R: 50S ribosomal protein L21
S: 50S ribosomal protein L22
T: 50S ribosomal protein L23
U: 50S ribosomal protein L24
V: 50S ribosomal protein L25
W: 50S ribosomal protein L27
X: 50S ribosomal protein L28
Y: 50S ribosomal protein L29
Z: 50S ribosomal protein L30
a: Uncharacterized protein bL37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,462,027177
ポリマ－1,458,47931
非ポリマー3,549146
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area171740 Å2
ΔGint-2657 kcal/mol
Surface area456670 Å2

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 01234CDEFGHJKLMNOPQRSTUVWXYZ

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L32 / bL32


分子量: 6467.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R3I9
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L33 2 / bL33


分子量: 6615.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R551
#3: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 / bL34


分子量: 5522.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R7K0
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L35 / bL35


分子量: 7298.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QYU7
#5: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / bL36


分子量: 4341.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSL4
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / uL2


分子量: 30425.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD4
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / uL3


分子量: 23011.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD1
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / uL4


分子量: 22920.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD2
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / uL5


分子量: 21152.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSG1
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L6 / uL6


分子量: 19483.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSG4
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L9 / bL9


分子量: 15949.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R7F6
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L13 / uL13


分子量: 16146.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSP8
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L14 / uL14


分子量: 13400.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSF9
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L15 / uL15


分子量: 15602.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7G436, UniProt: A0QSG8*PLUS
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / uL16


分子量: 15774.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD8
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L17 / bL17


分子量: 21892.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSL9
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / uL18


分子量: 13711.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7FGD9, UniProt: A0QSG5*PLUS
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L19 / bL19


分子量: 12892.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QV42
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L20 / bL20


分子量: 14494.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QYU6
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / bL21


分子量: 11055.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R151
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / uL22


分子量: 16353.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD6
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L23 / uL23


分子量: 11047.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD3
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / uL24


分子量: 11228.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSG0
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / bL25


分子量: 22571.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7GFB2, UniProt: A0R3D2*PLUS
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / bL27


分子量: 9249.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R150
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L28 / bL28


分子量: 6891.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7FJ52, UniProt: A0QV03*PLUS
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L29 / uL29


分子量: 8790.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD9
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / uL30


分子量: 7022.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSG7

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#6: RNA鎖 23S RNA


分子量: 1026283.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
#7: RNA鎖 5S RNA


分子量: 38038.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: GenBank: 118168627

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 147分子 a

#31: タンパク質・ペプチド Uncharacterized protein bL37


分子量: 2841.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QTP4
#32: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Large subunit of Mycobacterium smegmatis ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#31 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 71351 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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