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- PDB-5wve: Apaf-1-Caspase-9 holoenzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wve
タイトルApaf-1-Caspase-9 holoenzyme
要素
  • (Apoptotic protease-activating factor ...) x 2
  • Caspase
  • Cytochrome c
キーワードAPOPTOSIS / apoptosis holoenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


response to indole-3-methanol / caspase-9 / response to G1 DNA damage checkpoint signaling / caspase complex / regulation of apoptotic DNA fragmentation / Formation of apoptosome / apoptosome / cytochrome complex / leukocyte apoptotic process / glial cell apoptotic process ...response to indole-3-methanol / caspase-9 / response to G1 DNA damage checkpoint signaling / caspase complex / regulation of apoptotic DNA fragmentation / Formation of apoptosome / apoptosome / cytochrome complex / leukocyte apoptotic process / glial cell apoptotic process / response to cobalt ion / cysteine-type endopeptidase activator activity / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / Regulation of the apoptosome activity / epithelial cell apoptotic process / fibroblast apoptotic process / AKT phosphorylates targets in the cytosol / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / platelet formation / response to anesthetic / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / forebrain development / Transcriptional Regulation by E2F6 / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to dexamethasone stimulus / positive regulation of execution phase of apoptosis / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / response to UV / signal transduction in response to DNA damage / cardiac muscle cell apoptotic process / heat shock protein binding / response to nutrient / intrinsic apoptotic signaling pathway / response to ischemia / positive regulation of apoptotic signaling pathway / apoptotic signaling pathway / kidney development / neural tube closure / protein maturation / NOD1/2 Signaling Pathway / protein processing / ADP binding / mitochondrial intermembrane space / enzyme activator activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / response to estradiol / peptidase activity / nervous system development / positive regulation of neuron apoptotic process / neuron apoptotic process / secretory granule lumen / regulation of apoptotic process / response to lipopolysaccharide / ficolin-1-rich granule lumen / response to ethanol / response to hypoxia / cell differentiation / electron transfer activity / positive regulation of apoptotic process / cysteine-type endopeptidase activity / nucleotide binding / apoptotic process / heme binding / DNA damage response / Neutrophil degranulation / lipid binding / protein kinase binding / protein-containing complex / mitochondrion / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
CASP9, CARD domain / Apoptotic Protease-Activating Factor 1, CARD domain / : / Apoptotic protease-activating factor 1-like, winged-helix domain / Apoptotic protease-activating factor 1 / APAF-1 helical domain / APAF-1 helical domain / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / Caspase recruitment domain / NB-ARC ...CASP9, CARD domain / Apoptotic Protease-Activating Factor 1, CARD domain / : / Apoptotic protease-activating factor 1-like, winged-helix domain / Apoptotic protease-activating factor 1 / APAF-1 helical domain / APAF-1 helical domain / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / Caspase recruitment domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Cytochrome c, class IA/ IB / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Cytochrome c / Caspase-like domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Death-like domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Caspase-9 / Apoptotic protease-activating factor 1 / Cytochrome c / Caspase-9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Equus caballus (ウマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Li, Y. / Zhou, M. / Hu, Q. / Shi, Y.
資金援助 中国, 英国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology2014ZX09507003006 to YS 中国
National Natural Science Foundation of China(projects 31430020, 31130002, and 31321062 to YS 中国
UK Medical Research Council(MC_UP_A025_1013, to SHWS 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017
タイトル: Mechanistic insights into caspase-9 activation by the structure of the apoptosome holoenzyme.
著者: Yini Li / Mengying Zhou / Qi Hu / Xiao-Chen Bai / Weiyun Huang / Sjors H W Scheres / Yigong Shi /
要旨: Mammalian intrinsic apoptosis requires activation of the initiator caspase-9, which then cleaves and activates the effector caspases to execute cell killing. The heptameric Apaf-1 apoptosome is ...Mammalian intrinsic apoptosis requires activation of the initiator caspase-9, which then cleaves and activates the effector caspases to execute cell killing. The heptameric Apaf-1 apoptosome is indispensable for caspase-9 activation by together forming a holoenzyme. The molecular mechanism of caspase-9 activation remains largely enigmatic. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of an apoptotic holoenzyme and structure-guided biochemical analyses. The caspase recruitment domains (CARDs) of Apaf-1 and caspase-9 assemble in two different ways: a 4:4 complex docks onto the central hub of the apoptosome, and a 2:1 complex binds the periphery of the central hub. The interface between the CARD complex and the central hub is required for caspase-9 activation within the holoenzyme. Unexpectedly, the CARD of free caspase-9 strongly inhibits its proteolytic activity. These structural and biochemical findings demonstrate that the apoptosome activates caspase-9 at least in part through sequestration of the inhibitory CARD domain.
履歴
登録2016年12月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / em_image_scans / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6690
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptotic protease-activating factor 1
B: Cytochrome c
C: Apoptotic protease-activating factor 1
D: Cytochrome c
E: Apoptotic protease-activating factor 1
F: Cytochrome c
G: Apoptotic protease-activating factor 1
H: Cytochrome c
I: Apoptotic protease-activating factor 1
J: Cytochrome c
K: Apoptotic protease-activating factor 1
L: Cytochrome c
M: Apoptotic protease-activating factor 1
N: Cytochrome c
O: Apoptotic protease-activating factor 1
P: Apoptotic protease-activating factor 1
Q: Apoptotic protease-activating factor 1
R: Apoptotic protease-activating factor 1
S: Caspase
T: Caspase
U: Caspase
V: Caspase
W: Apoptotic protease-activating factor 1
X: Apoptotic protease-activating factor 1
Y: Caspase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,213,03046
ポリマ－1,205,10725
非ポリマー7,92421
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area62840 Å2
ΔGint-237 kcal/mol
Surface area430040 Å2

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要素

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Apoptotic protease-activating factor ... , 2種, 13分子 ACEGIKMOPQRWX

#1: タンパク質
Apoptotic protease-activating factor 1 / APAF-1


分子量: 142023.672 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APAF1, KIAA0413
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: O14727
#3: タンパク質
Apoptotic protease-activating factor 1 / APAF-1


分子量: 11575.185 Da / 分子数: 6 / Fragment: CARD domain, UNP residues 1-102 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APAF1, KIAA0413
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: O14727

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タンパク質 , 2種, 12分子 BDFHJLNSTUVY

#2: タンパク質
Cytochrome c


分子量: 11856.793 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: CYCS, CYC / 発現宿主: Bacteria (unknown) / 参照: UniProt: P00004
#4: タンパク質
Caspase / caspase-9


分子量: 11698.449 Da / 分子数: 5 / Fragment: CARD domain, UNP residues 1-100 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Bacteria (unknown) / 参照: UniProt: A8K7U6, UniProt: P55211*PLUS

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非ポリマー , 3種, 21分子

#5: 化合物
ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 491.182 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Apaf-1 apoptosomeCOMPLEX#1-#40RECOMBINANT
2Apaf-1COMPLEX#11RECOMBINANT
3cytochrome cCOMPLEX#21RECOMBINANT
4Apaf-1 CARDCOMPLEX#31RECOMBINANT
5caspase-9 CARDCOMPLEX#41RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
21Equus caballus (ウマ)9796
31Homo sapiens (ヒト)9606
41Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-IDプラスミド
11Insect cell expression vector pTIE1 (その他)266783pFasBac
21Bacteria (unknown)2
31Insect cell expression vector pTIE1 (その他)266783pFasBac
41Bacteria (unknown)2
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 32 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 240130 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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