+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vc7 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | VCP like ATPase from T. acidophilum (VAT) - conformation 1 | |||||||||
要素 | VCP-like ATPase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / AAA+ / ATPase / unfoldase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Thermoplasma acidophilum (好酸性) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Ripstein, Z.A. / Huang, R. / Augustyniak, R. / Kay, L.E. / Rubinstein, J.L. | |||||||||
資金援助 | カナダ, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2017 タイトル: Structure of a AAA+ unfoldase in the process of unfolding substrate. 著者: Zev A Ripstein / Rui Huang / Rafal Augustyniak / Lewis E Kay / John L Rubinstein / 要旨: AAA+ unfoldases are thought to unfold substrate through the central pore of their hexameric structures, but how this process occurs is not known. VAT, the homologue of eukaryotic CDC48/p97, works in ...AAA+ unfoldases are thought to unfold substrate through the central pore of their hexameric structures, but how this process occurs is not known. VAT, the homologue of eukaryotic CDC48/p97, works in conjunction with the proteasome to degrade misfolded or damaged proteins. We show that in the presence of ATP, VAT with its regulatory N-terminal domains removed unfolds other VAT complexes as substrate. We captured images of this transient process by electron cryomicroscopy (cryo-EM) to reveal the structure of the substrate-bound intermediate. Substrate binding breaks the six-fold symmetry of the complex, allowing five of the six VAT subunits to constrict into a tight helix that grips an ~80 Å stretch of unfolded protein. The structure suggests a processive hand-over-hand unfolding mechanism, where each VAT subunit releases the substrate in turn before re-engaging further along the target protein, thereby unfolding it. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vc7.cif.gz | 526.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5vc7.ent.gz | 437.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vc7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5vc7_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5vc7_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5vc7_validation.xml.gz | 154.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5vc7_validation.cif.gz | 216.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/5vc7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/5vc7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62996.246 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 183-745 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (strain ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165) (好酸性) 株: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165 遺伝子: vat, Ta0840 / プラスミド: PPROEX / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O05209 #2: 化合物 | ChemComp-ATP / |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Structural basis for substrate unfolding by the VCP like ATPase from T. Acidophilum タイプ: COMPLEX 詳細: Stacked-ring state, ATPgS loaded N-terminal domain removed Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 0.38 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Thermoplasma acidophilum (好酸性) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / プラスミド: PPROEX |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 20 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Electron Microscopy Sciences M400 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blot for 4 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI 20 |
---|---|
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 25000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1700 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 30 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 15 sec. / 電子線照射量: 35 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 246 |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30 |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 171381 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C6 (6回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 75205 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |