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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5uhy | |||||||||||||||
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タイトル | A Human Antibody Against Zika Virus Crosslinks the E Protein to Prevent Infection | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS/IMMUNE SYSTEM / flavivirus / Zika / human antibody / therapeutic / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / extracellular region / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Zika virus (ジカ熱ウイルス) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Hasan, S.S. / Miller, A. / Sapparapu, G. / Fernandez, E. / Klose, T. / Long, F. / Fokine, A. / Porta, J.C. / Jiang, W. / Diamond, M.S. ...Hasan, S.S. / Miller, A. / Sapparapu, G. / Fernandez, E. / Klose, T. / Long, F. / Fokine, A. / Porta, J.C. / Jiang, W. / Diamond, M.S. / Crowe Jr., J.E. / Kuhn, R.J. / Rossmann, M.G. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: A human antibody against Zika virus crosslinks the E protein to prevent infection. 著者: S Saif Hasan / Andrew Miller / Gopal Sapparapu / Estefania Fernandez / Thomas Klose / Feng Long / Andrei Fokine / Jason C Porta / Wen Jiang / Michael S Diamond / James E Crowe / Richard J ...著者: S Saif Hasan / Andrew Miller / Gopal Sapparapu / Estefania Fernandez / Thomas Klose / Feng Long / Andrei Fokine / Jason C Porta / Wen Jiang / Michael S Diamond / James E Crowe / Richard J Kuhn / Michael G Rossmann / 要旨: The recent Zika virus (ZIKV) epidemic has been linked to unusual and severe clinical manifestations including microcephaly in fetuses of infected pregnant women and Guillian-Barré syndrome in adults. ...The recent Zika virus (ZIKV) epidemic has been linked to unusual and severe clinical manifestations including microcephaly in fetuses of infected pregnant women and Guillian-Barré syndrome in adults. Neutralizing antibodies present a possible therapeutic approach to prevent and control ZIKV infection. Here we present a 6.2 Å resolution three-dimensional cryo-electron microscopy (cryoEM) structure of an infectious ZIKV (strain H/PF/2013, French Polynesia) in complex with the Fab fragment of a highly therapeutic and neutralizing human monoclonal antibody, ZIKV-117. The antibody had been shown to prevent fetal infection and demise in mice. The structure shows that ZIKV-117 Fabs cross-link the monomers within the surface E glycoprotein dimers as well as between neighbouring dimers, thus preventing the reorganization of E protein monomers into fusogenic trimers in the acidic environment of endosomes. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5uhy.cif.gz | 376.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5uhy.ent.gz | 298.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5uhy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5uhy_validation.pdf.gz | 989.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5uhy_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5uhy_validation.xml.gz | 85.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5uhy_validation.cif.gz | 124.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/5uhy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/5uhy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 60
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23658.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 23074.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: タンパク質 | 分子量: 43123.906 Da / 分子数: 3 / Fragment: ectodomain (UNP residues 1-396) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 発現宿主: Cricetinae gen. sp. (ネズミ) / 参照: UniProt: A0A120IIH7, UniProt: A0A024B7W1*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Zika virus with ZIKV117 Fab / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス) | ||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 1 mg/mL E protein | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: no pretreatment / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Ted Pella 01824 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 293 K 詳細: 2.5 uL of sample was deposited on the carbon layer, with double-sided blotting applied twice for 5-6 seconds. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 18000 X / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 11 sec. / 電子線照射量: 32.6 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1140 |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 55 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8153 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |