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- PDB-5ywo: Structure of JEV-2F2 Fab complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ywo
タイトルStructure of JEV-2F2 Fab complex
要素
  • 2F2 heavy chain
  • 2F2 light chain
  • JEV E protein
  • JEV M protein
キーワードVIRUS / Flaviviruses / Viral encephalitis / neutralizing monoclonal antibodies / structural analysis
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Japanese encephalitis virus (日本脳炎ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Qiu, X. / Lei, Y.F. / Yang, P. / Gao, Q. / Wang, N. / Cao, L. / Yuan, S. / Wang, X. / Xu, Z.K. / Rao, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Key Research and Development Program of China2016YFC1200400 中国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2018
タイトル: Structural basis for neutralization of Japanese encephalitis virus by two potent therapeutic antibodies.
著者: Xiaodi Qiu / Yingfeng Lei / Pan Yang / Qiang Gao / Nan Wang / Lei Cao / Shuai Yuan / Xiaofang Huang / Yongqiang Deng / Wenyu Ma / Tianbing Ding / Fanglin Zhang / Xingan Wu / Junjie Hu / Shan- ...著者: Xiaodi Qiu / Yingfeng Lei / Pan Yang / Qiang Gao / Nan Wang / Lei Cao / Shuai Yuan / Xiaofang Huang / Yongqiang Deng / Wenyu Ma / Tianbing Ding / Fanglin Zhang / Xingan Wu / Junjie Hu / Shan-Lu Liu / Chengfeng Qin / Xiangxi Wang / Zhikai Xu / Zihe Rao /
要旨: Japanese encephalitis virus (JEV), closely related to dengue, Zika, yellow fever and West Nile viruses, remains neglected and not well characterized . JEV is the leading causative agent of ...Japanese encephalitis virus (JEV), closely related to dengue, Zika, yellow fever and West Nile viruses, remains neglected and not well characterized . JEV is the leading causative agent of encephalitis, and is responsible for thousands of deaths each year in Asia. Humoral immunity is essential for protecting against flavivirus infections and passive immunization has been demonstrated to be effective in curing disease. Here, we demonstrate that JEV-specific monoclonal antibodies, 2F2 and 2H4, block attachment of the virus to its receptor and also prevent fusion of the virus. Neutralization of JEV by these antibodies is exceptionally potent and confers clear therapeutic benefit in mouse models. A single 20 μg dose of these antibodies resulted in 100% survival and complete clearance of JEV from the brains of mice. The 4.7 Å and 4.6 Å resolution cryo-electron microscopy structures of JEV-2F2-Fab and JEV-2H4-Fab complexes, together with the crystal structure of 2H4 Fab and our recent near-atomic structure of JEV , unveil the nature and location of epitopes targeted by the antibodies. Both 2F2 and 2H4 Fabs bind quaternary epitopes that span across three adjacent envelope proteins. Our results provide a structural and molecular basis for the application of 2F2 and 2H4 to treat JEV infection.
履歴
登録2017年11月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_nat
Item: _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
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  • 登録構造単位
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-6854
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: JEV E protein
B: JEV M protein
C: JEV E protein
D: JEV M protein
E: JEV E protein
F: JEV M protein
M: 2F2 light chain
N: 2F2 heavy chain
Q: 2F2 light chain
R: 2F2 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,09310
ポリマ－280,09310
非ポリマー00
水00
1
A: JEV E protein
B: JEV M protein
C: JEV E protein
D: JEV M protein
E: JEV E protein
F: JEV M protein
M: 2F2 light chain
N: 2F2 heavy chain
Q: 2F2 light chain
R: 2F2 heavy chain
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,805,584600
ポリマ－16,805,584600
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
Buried area33300 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area110050 Å2
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: JEV E protein
B: JEV M protein
C: JEV E protein
D: JEV M protein
E: JEV E protein
F: JEV M protein
M: 2F2 light chain
N: 2F2 heavy chain
Q: 2F2 light chain
R: 2F2 heavy chain
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.4 MDa, 50 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,400,46550
ポリマ－1,400,46550
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: JEV E protein
B: JEV M protein
C: JEV E protein
D: JEV M protein
E: JEV E protein
F: JEV M protein
M: 2F2 light chain
N: 2F2 heavy chain
Q: 2F2 light chain
R: 2F2 heavy chain
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.68 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,680,55860
ポリマ－1,680,55860
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: JEV E protein
B: JEV M protein
C: JEV E protein
D: JEV M protein
E: JEV E protein
F: JEV M protein
M: 2F2 light chain
N: 2F2 heavy chain
Q: 2F2 light chain
R: 2F2 heavy chain
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 16.8 MDa, 600 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,805,584600
ポリマ－16,805,584600
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
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47generate(-0.30901696, 0.95105653, 5.0E-8), (0.95105653, 0.30901696, 7.0E-8), (5.0E-8, 7.0E-8, -1)173.96875, -126.39576, 971.99993
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50generate(0.36180341, 0.26286553, -0.8944272), (-0.58778524, 0.809017, -2.0E-8), (0.7236068, 0.52573112, 0.44721358)617.10252, 378.48138, -338.52404
51generate(0.4472136, -0.85065078, 0.27639328), (-0.52573118, 2.0E-8, 0.85065077), (-0.72360674, -0.52573116, -0.44721363)547.74334, 328.08908, 1310.52404
52generate(-0.13819653, -0.95105652, -0.27639324), (0.42532534, -0.30901698, 0.85065084), (-0.89442723, -6.0E-8, 0.44721351)1149.7041, 16.05783, 703.3459
53generate(-0.809017, -0.58778525, -1.3E-7), (0.58778525, -0.80901699, 4.0E-8), (-1.3E-7, -5.0E-8, 1)1164.84597, 593.5186, 9.0E-5
54generate(-0.63819672, -0.26286552, 0.72360671), (-0.26286552, -0.80901698, -0.52573115), (0.7236067, -0.52573114, 0.4472137)572.2434, 1262.44023, 172.48661
55generate(0.13819649, -0.42532535, 0.89442724), (-0.95105652, -0.30901697, -9.0E-8), (0.27639322, -0.85065084, -0.44721351)190.853, 1098.39576, 982.43496
56generate(0.05278629, -0.68819101, 0.72360676), (0.68819098, -0.5, -0.52573108), (0.72360678, 0.52573105, 0.4472137)443.13381, 650.04448, -338.52405
57generate(0.13819649, -0.95105653, 0.27639323), (-0.42532535, -0.30901697, -0.85065085), (0.89442723, -8.0E-8, -0.44721351)746.72287, 1256.30667, 268.65416
58generate(-0.30901703, -0.95105651, 5.0E-8), (-0.9510565, 0.30901703, -7.0E-8), (5.0E-8, -7.0E-8, -1)1098.39572, 798.03122, 972
59generate(-0.67082038, -0.68819098, 0.2763932), (-0.16245988, 0.50000001, 0.8506508), (-0.7236068, 0.52573107, -0.44721362)1012.15244, -91.46078, 799.51342
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-
要素

#1: タンパク質 JEV E protein


分子量: 53508.684 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Japanese encephalitis virus (日本脳炎ウイルス)
参照: UniProt: P32886*PLUS
#2: タンパク質 JEV M protein


分子量: 8250.488 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Japanese encephalitis virus (日本脳炎ウイルス)
参照: UniProt: P27395*PLUS
#3: 抗体 2F2 light chain


分子量: 23840.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体 2F2 heavy chain


分子量: 23567.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of JEV with 2F2 Fab / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Japanese encephalitis virus (日本脳炎ウイルス)
株: P3
由来(組換発現)生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 細胞: vero
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: OTHER
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: OTHER
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 1000
画像スキャン横: 4000 / 縦: 4000

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4GctfCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
10RELION1.4最終オイラー角割当
11RELION分類
12RELION1.4３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 14203
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 14203 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00320227
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.77227520
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.00215985
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0463121
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0063489

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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