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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5uar | |||||||||
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タイトル | Dephosphorylated, ATP-free cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) from zebrafish | |||||||||
要素 | Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / HYDROLASE / ABC transporter / anion channel / cystic fibrosis | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RHO GTPases regulate CFTR trafficking / RHOQ GTPase cycle / Kupffer's vesicle development / lymphoid lineage cell migration into thymus / Spemann organizer formation at the embryonic shield / ABC-family proteins mediated transport / regulation of neutrophil chemotaxis / Aggrephagy / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity ...RHO GTPases regulate CFTR trafficking / RHOQ GTPase cycle / Kupffer's vesicle development / lymphoid lineage cell migration into thymus / Spemann organizer formation at the embryonic shield / ABC-family proteins mediated transport / regulation of neutrophil chemotaxis / Aggrephagy / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / transepithelial water transport / germ cell migration / respiratory burst involved in defense response / multicellular organismal-level water homeostasis / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / pancreas development / embryonic hemopoiesis / chloride channel activity / chloride channel complex / T cell differentiation / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / chloride transmembrane transport / cellular response to forskolin / isomerase activity / recycling endosome membrane / heart development / early endosome membrane / defense response to bacterium / apical plasma membrane / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, Z. / Chen, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2016 タイトル: Atomic Structure of the Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator. 著者: Zhe Zhang / Jue Chen / 要旨: The cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) is an anion channel evolved from the ATP-binding cassette (ABC) transporter family. In this study, we determined the structure of ...The cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) is an anion channel evolved from the ATP-binding cassette (ABC) transporter family. In this study, we determined the structure of zebrafish CFTR in the absence of ATP by electron cryo-microscopy to 3.7 Å resolution. Human and zebrafish CFTR share 55% sequence identity, and 42 of the 46 cystic-fibrosis-causing missense mutational sites are identical. In CFTR, we observe a large anion conduction pathway lined by numerous positively charged residues. A single gate near the extracellular surface closes the channel. The regulatory domain, dephosphorylated, is located in the intracellular opening between the two nucleotide-binding domains (NBDs), preventing NBD dimerization and channel opening. The structure also reveals why many cystic-fibrosis-causing mutations would lead to defects either in folding, ion conduction, or gating and suggests new avenues for therapeutic intervention. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5uar.cif.gz | 252 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5uar.ent.gz | 196.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5uar.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5uar_validation.pdf.gz | 779.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5uar_full_validation.pdf.gz | 779 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5uar_validation.xml.gz | 33.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5uar_validation.cif.gz | 51.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/5uar ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/5uar | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 169621.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: cftr / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q1LX78, EC: 3.6.3.49 |
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#2: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 168 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: BacMam |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 5.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2500 nm / Cs: 0.01 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 7 sec. / 電子線照射量: 1.54 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5768 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター 下限: 20 eV |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 3-30 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 803894 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 803894 / 対称性のタイプ: POINT |