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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5sva | ||||||||||||||||||
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タイトル | Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / TRANSFERASE/DNA / Transcriptional Initiation / Mediator / Pre-Initiation Complex / Carboxy-terminal domain (CTD) / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NuA3b histone acetyltransferase complex / meiotic gene conversion / NuA3 histone acetyltransferase complex / NuA3a histone acetyltransferase complex / regulation of mitotic recombination / RNA polymerase II promoter clearance / RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIA-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly ...NuA3b histone acetyltransferase complex / meiotic gene conversion / NuA3 histone acetyltransferase complex / NuA3a histone acetyltransferase complex / regulation of mitotic recombination / RNA polymerase II promoter clearance / RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIA-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / TFIIH-class transcription factor complex binding / positive regulation of mitotic recombination / core mediator complex / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / nucleotide-excision repair factor 3 complex / transcription factor TFIIE complex / DNA translocase activity / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / TFIIF-class transcription factor complex binding / RPB4-RPB7 complex / DNA 5'-3' helicase / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / transcription factor TFIIF complex / Ino80 complex / mediator complex / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / DNA 3'-5' helicase / SWI/SNF complex / transcription preinitiation complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / DNA binding, bending / RNA Polymerase I Transcription Initiation / DNA duplex unwinding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / poly(A)+ mRNA export from nucleus / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / 3'-5' DNA helicase activity / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / termination of RNA polymerase II transcription / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / transcription factor TFIID complex / RNA-templated transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / termination of RNA polymerase III transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA polymerase II complex binding / protein phosphatase activator activity / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / TFIID-class transcription factor complex binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / ATPase activator activity / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II activity / Dual incision in TC-NER / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / cellular response to nutrient levels / positive regulation of translational initiation / ATP-dependent activity, acting on DNA / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II, core complex / translesion synthesis / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / transcription coregulator activity / translation initiation factor binding / TBP-class protein binding / DNA helicase activity / isomerase activity / DNA-templated transcription initiation / nucleotide-excision repair 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.3 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Robinson, P.J. / Bushnell, D.A. / Kornberg, R.D. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2016 タイトル: Structure of a Complete Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex. 著者: Philip J Robinson / Michael J Trnka / David A Bushnell / Ralph E Davis / Pierre-Jean Mattei / Alma L Burlingame / Roger D Kornberg / 要旨: A complete, 52-protein, 2.5 million dalton, Mediator-RNA polymerase II pre-initiation complex (Med-PIC) was assembled and analyzed by cryo-electron microscopy and by chemical cross-linking and mass ...A complete, 52-protein, 2.5 million dalton, Mediator-RNA polymerase II pre-initiation complex (Med-PIC) was assembled and analyzed by cryo-electron microscopy and by chemical cross-linking and mass spectrometry. The resulting complete Med-PIC structure reveals two components of functional significance, absent from previous structures, a protein kinase complex and the Mediator-activator interaction region. It thereby shows how the kinase and its target, the C-terminal domain of the polymerase, control Med-PIC interaction and transcription. | ||||||||||||||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 5sva.cif.gz | 1.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5sva.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5sva.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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文書・要旨 | 5sva_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5sva_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5sva_validation.xml.gz | 182.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5sva_validation.cif.gz | 312 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/5sva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/5sva | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 8種, 8分子 ABCDGIKk
#1: タンパク質 | 分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P08518, DNA-directed RNA polymerase |
#3: タンパク質 | 分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P16370 |
#4: タンパク質 | 分子量: 25451.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20433 |
#7: タンパク質 | 分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P34087 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P27999 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38902 |
#37: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2611.681 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL
#5: タンパク質 | 分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20434 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20435 |
#8: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20436 |
#10: タンパク質 | 分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22139 |
#12: タンパク質 | 分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40422 |
-Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ... , 12種, 12分子 MNOPQRSTUVWX
#13: タンパク質 | 分子量: 32844.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38782 |
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#14: タンパク質 | 分子量: 25297.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38304 |
#15: タンパク質 | 分子量: 13324.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q99278 |
#16: タンパク質 | 分子量: 78582.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32569 |
#17: タンパク質 | 分子量: 34316.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32585 |
#18: タンパク質 | 分子量: 22918.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P34162 |
#19: タンパク質 | 分子量: 13875.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32570 |
#20: タンパク質 | 分子量: 32244.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12343 |
#21: タンパク質 | 分子量: 25616.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08278 |
#22: タンパク質 | 分子量: 17400.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P33308 |
#23: タンパク質 | 分子量: 16093.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P47822 |
#24: タンパク質 | 分子量: 14747.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38633 |
-DNA repair helicase ... , 2種, 2分子 YZ
#25: タンパク質 | 分子量: 89899.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P06839, DNA helicase |
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#26: タンパク質 | 分子量: 95461.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q00578, DNA helicase |
-RNA polymerase II transcription factor B subunit ... , 2種, 2分子 ab
#27: タンパク質 | 分子量: 58602.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02939 |
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#28: タンパク質 | 分子量: 8243.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E7C1 |
-Transcription initiation factor ... , 8種, 8分子 cdefghin
#29: タンパク質 | 分子量: 38257.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SUA7, YPR086W, P9513.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29055 |
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#30: タンパク質 | 分子量: 32230.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: TOA1, YOR194C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32773 |
#31: タンパク質 | 分子量: 13473.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: TOA2, YKL058W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32774 |
#32: タンパク質 | 分子量: 82320.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41895 |
#33: タンパク質 | 分子量: 46684.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41896, DNA helicase |
#34: タンパク質 | 分子量: 54804.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: TFA1, YKL028W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36100 |
#35: タンパク質 | 分子量: 37050.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: TFA2, YKR062W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36145 |
#40: タンパク質 | 分子量: 27473.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P35189 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 j
#36: タンパク質 | 分子量: 27042.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SPT15, BTF1, TBP1, YER148W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13393 |
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-108bp HIS4 Promoter ... , 2種, 2分子 lm
#38: DNA鎖 | 分子量: 33323.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
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#39: DNA鎖 | 分子量: 33305.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-非ポリマー , 2種, 9分子
#41: 化合物 | ChemComp-ZN / #42: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#40 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI 20 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 15 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) |
画像スキャン | Scanner model: OTHER |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 15.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 170600 詳細: The structural interpretation of the Med-PIC complex, described in Robinson et. al. 2016 (Cell volume 166, issue 6, pages 1411-1422), was performed using models for the GTFs, TFIIF, TFIIH, ...詳細: The structural interpretation of the Med-PIC complex, described in Robinson et. al. 2016 (Cell volume 166, issue 6, pages 1411-1422), was performed using models for the GTFs, TFIIF, TFIIH, and TFIIE derived from PDB entry 5FMF. In the current PDB submission, minor revisions to these GTF models have been performed subsequent to the reported structural interpretation to address issues in PDB entry 5FMF relating to sequence connectivity. 対称性のタイプ: POINT |