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- PDB-5o5j: Structure of the 30S small ribosomal subunit from Mycobacterium s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o5j
タイトルStructure of the 30S small ribosomal subunit from Mycobacterium smegmatis
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 19
  • 16S rRNA
  • 50S ribosomal protein L31
  • Conserved domain protein
  • mRNA fragment
  • tRNA-Phe anticodon stem
キーワードRIBOSOME / translation
機能・相同性
機能・相同性情報


small ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding ...small ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S4/S9, N-terminal domain / Ribosomal Protein S4 Delta 41; Chain A, domain 1 / Ribosomal protein S18 / 30s Ribosomal Protein S18 / 30s ribosomal protein s13; domain 2 / Ribosomal protein S13/S18, C-terminal domain / Ribosomal protein S20 / 30s Ribosomal Protein S19; Chain A / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain ...Ribosomal protein S4/S9, N-terminal domain / Ribosomal Protein S4 Delta 41; Chain A, domain 1 / Ribosomal protein S18 / 30s Ribosomal Protein S18 / 30s ribosomal protein s13; domain 2 / Ribosomal protein S13/S18, C-terminal domain / Ribosomal protein S20 / 30s Ribosomal Protein S19; Chain A / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal Protein S14/S29 / 30s Ribosomal Protein S14; Chain N / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #30 / RNA-binding S4 domain / Ribosomal protein S3 C-terminal domain / Helix hairpin bin / Dna Ligase; domain 1 - #10 / Ribosomal protein S11/S14 / Ribosomal protein S10 / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / S15/NS1, RNA-binding / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / K homology (KH) domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Few Secondary Structures / Irregular / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / : / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 30S ribosomal protein S6 / Conserved domain protein / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 30S ribosomal protein S6 / Conserved domain protein / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS18B
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Hentschel, J. / Burnside, C. / Mignot, I. / Leibundgut, M. / Boehringer, D. / Ban, N.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030B_163478 スイス
NCCR RNA and disease program, SNSF51NF40_141735 スイス
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2017
タイトル: The Complete Structure of the Mycobacterium smegmatis 70S Ribosome.
著者: Jendrik Hentschel / Chloe Burnside / Ingrid Mignot / Marc Leibundgut / Daniel Boehringer / Nenad Ban /
要旨: The ribosome carries out the synthesis of proteins in every living cell. It consequently represents a frontline target in anti-microbial therapy. Tuberculosis ranks among the leading causes of death ...The ribosome carries out the synthesis of proteins in every living cell. It consequently represents a frontline target in anti-microbial therapy. Tuberculosis ranks among the leading causes of death worldwide, due in large part to the combination of difficult-to-treat latency and antibiotic resistance. Here, we present the 3.3-Å cryo-EM structure of the 70S ribosome of Mycobacterium smegmatis, a close relative to the human pathogen Mycobacterium tuberculosis. The structure reveals two additional ribosomal proteins and localizes them to the vicinity of drug-target sites in both the catalytic center and the decoding site of the ribosome. Furthermore, we visualized actinobacterium-specific rRNA and protein expansions that extensively remodel the ribosomal surface with implications for polysome organization. Our results provide a foundation for understanding the idiosyncrasies of mycobacterial translation and reveal atomic details of the structure that will facilitate the design of anti-tubercular therapeutics.
履歴
登録2017年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年10月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine
改定 1.32019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3748
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3748
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16S rRNA
B: Conserved domain protein
C: 30S ribosomal protein S3
D: 30S ribosomal protein S4
E: 30S ribosomal protein S5
F: 30S ribosomal protein S6
G: 30S ribosomal protein S7
H: 30S ribosomal protein S8
I: 30S ribosomal protein S9
J: 30S ribosomal protein S10
K: 30S ribosomal protein S11
L: 30S ribosomal protein S12
M: 30S ribosomal protein S13
N: 30S ribosomal protein S14 type Z
O: 30S ribosomal protein S15
P: 30S ribosomal protein S16
Q: 30S ribosomal protein S17
R: 30S ribosomal protein S18 2
S: 30S ribosomal protein S19
T: 30S ribosomal protein S20
V: 30S ribosomal protein S2
W: tRNA-Phe anticodon stem
X: mRNA fragment
g: 50S ribosomal protein L31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)816,244243
ポリマ－810,83924
非ポリマー5,405219
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area114790 Å2
ΔGint-2579 kcal/mol
Surface area287600 Å2
手法PISA

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 AWX

#1: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 495373.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: GenBank: 118168627
#22: RNA鎖 tRNA-Phe anticodon stem


分子量: 6140.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
#23: RNA鎖 mRNA fragment


分子量: 1791.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

-
30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 CDEFGHIJKLMNOPQRSTV

#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3 / uS3


分子量: 30191.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD7
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4 / uS4


分子量: 23415.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSL7
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5 / uS5


分子量: 21946.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG6
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / bS6


分子量: 10991.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0D6J3X3
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7 / uS7


分子量: 17660.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QS97
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8 / uS8


分子量: 14492.638 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG3
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9 / uS9


分子量: 16794.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSP9
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10 / uS10


分子量: 11454.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD0
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11 / uS11


分子量: 14671.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSL6
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12 / uS12


分子量: 13896.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QS96
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13 / uS13


分子量: 14249.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSL5
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z / uS14


分子量: 6976.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG2
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15 / uS15


分子量: 10368.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QVQ3
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16 / bS16


分子量: 16795.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QV37
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17 / uS17


分子量: 11127.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSE0
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18 2 / bS18


分子量: 9524.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R7F7
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19 / uS19


分子量: 10800.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD5
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20 / bS20


分子量: 9556.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R102
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S2 / uS2


分子量: 30145.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QVB8

-
タンパク質・ペプチド / タンパク質 , 2種, 2分子 Bg

#24: タンパク質 50S ribosomal protein L31 / bL31


分子量: 8312.485 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R215
#2: タンパク質・ペプチド Conserved domain protein / bS22 / 30S ribosomal protein bS22


分子量: 4164.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QR10

-
非ポリマー , 2種, 219分子

#25: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#26: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 30S small ribosomal subunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#24 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 96 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 100719 X
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
詳細: FEI EPU data collection
画像スキャン動画フレーム数/画像: 7

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.9_1692 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN Boxer1.9粒子像選択
4CTFFIND3CTF補正
9RELION1.4初期オイラー角割当
10RELION1.4最終オイラー角割当
12RELION1.4３次元再構成
19PHENIXモデル精密化
CTF補正詳細: CTF correction in Relion / タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 224584 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER
精密化解像度: 3.451→49.359 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 0.98 / 位相誤差: 25.38 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2418 34477 2.5 %
Rwork0.2305 --
obs0.2308 1378111 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00856171
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.13283477
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.46625957
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04810576
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0064881
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.451-3.49020.50511710.487345113ELECTRON MICROSCOPY100
3.4902-3.53130.406511460.370244889ELECTRON MICROSCOPY100
3.5313-3.57430.363211480.345444700ELECTRON MICROSCOPY100
3.5743-3.61960.340811160.333344974ELECTRON MICROSCOPY100
3.6196-3.66720.347611400.322944320ELECTRON MICROSCOPY100
3.6672-3.71740.317511200.312244893ELECTRON MICROSCOPY100
3.7174-3.77050.311811720.305845358ELECTRON MICROSCOPY100
3.7705-3.82680.299810360.291944190ELECTRON MICROSCOPY100
3.8268-3.88650.302612000.284945022ELECTRON MICROSCOPY100
3.8865-3.95020.280511440.277544920ELECTRON MICROSCOPY100
3.9502-4.01830.281811760.268944520ELECTRON MICROSCOPY100
4.0183-4.09130.27511710.263344742ELECTRON MICROSCOPY100
4.0913-4.170.279811790.252645310ELECTRON MICROSCOPY100
4.17-4.25510.259611920.241844555ELECTRON MICROSCOPY100
4.2551-4.34750.251211310.234844542ELECTRON MICROSCOPY100
4.3475-4.44860.247211180.226244342ELECTRON MICROSCOPY100
4.4486-4.55980.229111610.223845230ELECTRON MICROSCOPY100
4.5598-4.6830.240211190.216244757ELECTRON MICROSCOPY100
4.683-4.82070.22511150.206444876ELECTRON MICROSCOPY100
4.8207-4.97610.214911830.203144991ELECTRON MICROSCOPY100
4.9761-5.15380.210311890.193744868ELECTRON MICROSCOPY100
5.1538-5.35990.203310840.191244778ELECTRON MICROSCOPY100
5.3599-5.60350.193811340.182244519ELECTRON MICROSCOPY100
5.6035-5.89850.200510900.177345135ELECTRON MICROSCOPY100
5.8985-6.26740.17911500.17344635ELECTRON MICROSCOPY100
6.2674-6.75020.185611630.175544802ELECTRON MICROSCOPY100
6.7502-7.42740.177911200.162544794ELECTRON MICROSCOPY100
7.4274-8.49750.153212250.152645050ELECTRON MICROSCOPY100
8.4975-10.6880.149211650.143844432ELECTRON MICROSCOPY100
10.688-49.36420.150612190.149744377ELECTRON MICROSCOPY99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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