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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nd9 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Hibernating ribosome from Staphylococcus aureus (Rotated state) | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / S.aureus / HPF / hibernation / 100S ribosome | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding ...negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Khusainov, I. / Vicens, Q. / Ayupov, R. / Usachev, K. / Myasnikov, A. / Simonetti, A. / Validov, S. / Kieffer, B. / Yusupova, G. / Yusupov, M. / Hashem, Y. | ||||||||||||||||||
資金援助 | フランス, ロシア, 5件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2017 タイトル: Structures and dynamics of hibernating ribosomes from mediated by intermolecular interactions of HPF. 著者: Iskander Khusainov / Quentin Vicens / Rustam Ayupov / Konstantin Usachev / Alexander Myasnikov / Angelita Simonetti / Shamil Validov / Bruno Kieffer / Gulnara Yusupova / Marat Yusupov / Yaser Hashem / 要旨: In bacteria, ribosomal hibernation shuts down translation as a response to stress, through reversible binding of stress-induced proteins to ribosomes. This process typically involves the formation of ...In bacteria, ribosomal hibernation shuts down translation as a response to stress, through reversible binding of stress-induced proteins to ribosomes. This process typically involves the formation of 100S ribosome dimers. Here, we present the structures of hibernating ribosomes from human pathogen containing a long variant of the hibernation-promoting factor (SaHPF) that we solved using cryo-electron microscopy. Our reconstructions reveal that the N-terminal domain (NTD) of SaHPF binds to the 30S subunit as observed for shorter variants of HPF in other species. The C-terminal domain (CTD) of SaHPF protrudes out of each ribosome in order to mediate dimerization. Using NMR, we characterized the interactions at the CTD-dimer interface. Secondary interactions are provided by helix 26 of the 16S ribosomal RNA We also show that ribosomes in the 100S particle adopt both rotated and unrotated conformations. Overall, our work illustrates a specific mode of ribosome dimerization by long HPF, a finding that may help improve the selectivity of antimicrobials. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5nd9.cif.gz | 3.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5nd9.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 5nd9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5nd9_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5nd9_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5nd9_validation.xml.gz | 204.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5nd9_validation.cif.gz | 355.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/5nd9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/5nd9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 aAB
#1: RNA鎖 | 分子量: 503242.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: GenBank: 87201381 |
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#23: RNA鎖 | 分子量: 946696.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: GenBank: 87201381 |
#24: RNA鎖 | 分子量: 36692.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: GenBank: 87201381 |
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 bcdefghijklmnopqrstu
#2: タンパク質 | 分子量: 29136.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FZ25 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 24143.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW12 |
#4: タンパク質 | 分子量: 23051.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FXK6 |
#5: タンパク質 | 分子量: 17770.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW23 |
#6: タンパク質 | 分子量: 11613.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2G113 |
#7: タンパク質 | 分子量: 17826.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: P48940 |
#8: タンパク質 | 分子量: 14854.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW20 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14856.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW39 |
#10: タンパク質 | 分子量: 11600.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q931G5 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13907.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW31 |
#12: タンパク質 | 分子量: 15320.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: P0A0H0 |
#13: タンパク質 | 分子量: 13747.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW30 |
#14: タンパク質 | 分子量: 7317.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW19 |
#15: タンパク質 | 分子量: 10634.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2G2Q1 |
#16: タンパク質 | 分子量: 10253.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FZ45 |
#17: タンパク質 | 分子量: 10196.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW15 |
#18: タンパク質 | 分子量: 9332.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2G111 |
#19: タンパク質 | 分子量: 10639.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW10 |
#20: タンパク質 | 分子量: 9039.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FXY6 |
#21: タンパク質 | 分子量: 6994.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FXZ7 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 v
#22: タンパク質 | 分子量: 22244.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: hpf, SAOUHSC_00767 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2G055 |
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+50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 DEFGHMNOPQRSTUVWXYZ012345678
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 2.5 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 5 mM Hepes-KOH pH 7.5 50 mM KCl 10 mM NH4Cl 10 mM Mg(OAc)2 1 mM DTT | ||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot force 5, blot waiting time 30 s |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: DARK FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 17 / 利用したフレーム数/画像: 2-8 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11_2567: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 348000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 83000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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