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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5myu | ||||||||||||
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タイトル | VipA-N2/VipB contracted sheath of type VI secretion system | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Wang, J. / Brackmann, B. / Castano-Diez, D. / Kudryashev, M. / Goldie, D. / Maier, T. / Stahlberg, H. / Basler, M. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the extended type VI secretion system sheath-tube complex. 著者: Jing Wang / Maximilian Brackmann / Daniel Castaño-Díez / Mikhail Kudryashev / Kenneth N Goldie / Timm Maier / Henning Stahlberg / Marek Basler / ![]() ![]() 要旨: The bacterial type VI secretion system (T6SS) uses contraction of a long sheath to quickly thrust a tube with associated effectors across membranes of eukaryotic and bacterial cells . Only limited ...The bacterial type VI secretion system (T6SS) uses contraction of a long sheath to quickly thrust a tube with associated effectors across membranes of eukaryotic and bacterial cells . Only limited structural information is available about the inherently unstable precontraction state of the T6SS. Here, we obtain a 3.7 Å resolution structure of a non-contractile sheath-tube complex using cryo-electron microscopy and show that it resembles the extended T6SS inside Vibrio cholerae cells. We build a pseudo-atomic model of the complete sheath-tube assembly, which provides a mechanistic understanding of coupling sheath contraction with pushing and rotating the inner tube for efficient target membrane penetration. Our data further show that sheath contraction exposes a buried recognition domain to specifically trigger the disassembly and recycling of the T6SS sheath by the cognate ATP-dependent unfoldase ClpV. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3567MC ![]() 3563C ![]() 3564C ![]() 3566C ![]() 5mxnC ![]() 5ojqC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 74.0 Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of T6SS VipA-N2/VipB contracted sheath [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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モデル数 | 3 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13916.752 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | ![]() 分子量: 48968.332 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: ERS013138_01484, ERS013140_01660, ERS013165_01090, ERS013186_01572, ERS013198_01471, ERS013199_00294, ERS013200_00406, ERS013201_01395, ERS013202_00755, ERS013206_01101, ERS013207_02465 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Type IV secretion system sheath-tube![]() |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 29.4 ° / 軸方向距離/サブユニット: 21.7 Å / らせん対称軸の対称性: C6 |
3次元再構成![]() | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7000 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL |
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |