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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mlc | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the spinach chloroplast ribosome reveals the location of plastid-specific ribosomal proteins and extensions | |||||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / Chloroplast / ribosomal protein / translation | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() plastid translation / mitochondrial large ribosomal subunit / chloroplast envelope / chloroplast stroma / mitochondrial translation / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / DNA-templated transcription termination / large ribosomal subunit / transferase activity ...plastid translation / mitochondrial large ribosomal subunit / chloroplast envelope / chloroplast stroma / mitochondrial translation / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / DNA-templated transcription termination / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||||||||
![]() | Graf, M. / Arenz, S. / Huter, P. / Doenhoefer, A. / Novacek, J. / Wilson, D.N. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the spinach chloroplast ribosome reveals the location of plastid-specific ribosomal proteins and extensions. 著者: Michael Graf / Stefan Arenz / Paul Huter / Alexandra Dönhöfer / Jirí Novácek / Daniel N Wilson / ![]() ![]() 要旨: Ribosomes are the protein synthesizing machines of the cell. Recent advances in cryo-EM have led to the determination of structures from a variety of species, including bacterial 70S and eukaryotic ...Ribosomes are the protein synthesizing machines of the cell. Recent advances in cryo-EM have led to the determination of structures from a variety of species, including bacterial 70S and eukaryotic 80S ribosomes as well as mitoribosomes from eukaryotic mitochondria, however, to date high resolution structures of plastid 70S ribosomes have been lacking. Here we present a cryo-EM structure of the spinach chloroplast 70S ribosome, with an average resolution of 5.4 Å for the small 30S subunit and 3.6 Å for the large 50S ribosomal subunit. The structure reveals the location of the plastid-specific ribosomal proteins (RPs) PSRP1, PSRP4, PSRP5 and PSRP6 as well as the numerous plastid-specific extensions of the RPs. We discover many features by which the plastid-specific extensions stabilize the ribosome via establishing additional interactions with surrounding ribosomal RNA and RPs. Moreover, we identify a large conglomerate of plastid-specific protein mass adjacent to the tunnel exit site that could facilitate interaction of the chloroplast ribosome with the thylakoid membrane and the protein-targeting machinery. Comparing the Escherichia coli 70S ribosome with that of the spinach chloroplast ribosome provides detailed insight into the co-evolution of RP and rRNA. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 135.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 230 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 ABC
#1: RNA鎖 | 分子量: 911650.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 39014.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#3: RNA鎖 | 分子量: 33330.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
+50S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 DEFGHILMNOPQRSTUVWXYZ23456
-タンパク質 , 3種, 3分子 978
#30: タンパク質 | 分子量: 30477.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#31: タンパク質 | 分子量: 15351.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#32: タンパク質 | 分子量: 12080.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: 50S subunit of the spinach chloroplast ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: Solutions were made fresh and filtered previous to usage. | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R3/3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 2.6 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0158 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: FREALIGN / バージョン: 9.11 / カテゴリ: 3次元再構成 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37636 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.9→222.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / SU B: 26.577 / SU ML: 0.341 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 85.791 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 90655 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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