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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lzs | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the mammalian ribosomal elongation complex with aminoacyl-tRNA, eEF1A, and didemnin B | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() regulation of D-erythro-sphingosine kinase activity / guanyl nucleotide binding / positive regulation by host of viral genome replication / mammalian oogenesis stage / activation-induced cell death of T cells / regulation of G1 to G0 transition / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator ...regulation of D-erythro-sphingosine kinase activity / guanyl nucleotide binding / positive regulation by host of viral genome replication / mammalian oogenesis stage / activation-induced cell death of T cells / regulation of G1 to G0 transition / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / G1 to G0 transition / cortical actin cytoskeleton / T cell proliferation involved in immune response / erythrocyte development / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / phagocytic cup / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Shao, S. / Murray, J. / Brown, A. / Taunton, J. / Ramakrishnan, V. / Hegde, R.S. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Decoding Mammalian Ribosome-mRNA States by Translational GTPase Complexes. 著者: Sichen Shao / Jason Murray / Alan Brown / Jack Taunton / V Ramakrishnan / Ramanujan S Hegde / ![]() ![]() 要旨: In eukaryotes, accurate protein synthesis relies on a family of translational GTPases that pair with specific decoding factors to decipher the mRNA code on ribosomes. We present structures of the ...In eukaryotes, accurate protein synthesis relies on a family of translational GTPases that pair with specific decoding factors to decipher the mRNA code on ribosomes. We present structures of the mammalian ribosome engaged with decoding factor⋅GTPase complexes representing intermediates of translation elongation (aminoacyl-tRNA⋅eEF1A), termination (eRF1⋅eRF3), and ribosome rescue (Pelota⋅Hbs1l). Comparative analyses reveal that each decoding factor exploits the plasticity of the ribosomal decoding center to differentially remodel ribosomal proteins and rRNA. This leads to varying degrees of large-scale ribosome movements and implies distinct mechanisms for communicating information from the decoding center to each GTPase. Additional structural snapshots of the translation termination pathway reveal the conformational changes that choreograph the accommodation of decoding factors into the peptidyl transferase center. Our results provide a structural framework for how different states of the mammalian ribosome are selectively recognized by the appropriate decoding factor⋅GTPase complex to ensure translational fidelity. #1: ![]() タイトル: Decoding mammalian ribosome-mRNA states by translational GTPase complexes 著者: Shao, S. / Murray, J. / Brown, A. / Taunton, J. / Ramakrishnan, V. / Hegde, R.S. | ||||||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4130MC ![]() 4129C ![]() 4131C ![]() 4132C ![]() 4133C ![]() 4134C ![]() 4135C ![]() 4136C ![]() 4137C ![]() 5lztC ![]() 5lzuC ![]() 5lzvC ![]() 5lzwC ![]() 5lzxC ![]() 5lzyC ![]() 5lzzC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
+タンパク質 , 63種, 63分子 ABCFGHJLMOPQRSTUVWXYabcdefghkl...
-60S ribosomal protein ... , 5種, 5分子 DEZin
#4: タンパク質 | ![]() 分子量: 34481.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#5: タンパク質 | ![]() 分子量: 33028.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#25: タンパク質 | ![]() 分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#34: タンパク質 | ![]() 分子量: 12263.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#39: タンパク質・ペプチド | ![]() 分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-Ribosomal protein ... , 4種, 4分子 INjJJ
#9: タンパク質 | ![]() 分子量: 24643.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#13: タンパク質 | ![]() 分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#35: タンパク質 | ![]() 分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#60: タンパク質 | ![]() 分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-RNA鎖 , 7種, 8分子 2ii35789hh
#45: RNA鎖 | ![]() 分子量: 24436.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #46: RNA鎖 | | 分子量: 24102.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #47: RNA鎖 | | ![]() 分子量: 1148115.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #48: RNA鎖 | | ![]() 分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #49: RNA鎖 | | ![]() 分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #50: RNA鎖 | | ![]() 分子量: 602776.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #84: RNA鎖 | | ![]() 分子量: 3139.876 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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-40S ribosomal protein ... , 6種, 6分子 BBEEGGIIMMbb
#52: タンパク質 | ![]() 分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#55: タンパク質 | ![]() 分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#57: タンパク質 | ![]() 分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#59: タンパク質 | ![]() 分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#63: タンパク質 | ![]() 分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#78: タンパク質 | ![]() 分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 286分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/7C4.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/7C4.gif)
#86: 化合物 | ChemComp-MG / #87: 化合物 | ChemComp-ZN / #88: 化合物 | ChemComp-GDP / | ![]() #89: 化合物 | ChemComp-7C4 / ( | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Affinity-purified 80S ribosome-nascent chain complex stalled with didemnin B and containing aminoacyl-tRNA and eEF1A. タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#85 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 3.3 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: 3 ul aliquots were applied to the grid and incubated for 30 s, before blotting for 3s to remove excess solution. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 1627 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 16 |
-
解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0124 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 139655 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 40347 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 64.8 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: FSCaverage 詳細: Restraints for didemnin B were derived from Phenix.elbow and Mogul. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.31→294.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / SU B: 21.521 / SU ML: 0.348 / ESU R: 0.715 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 110.257 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 220874 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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