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万見
- PDB-5li2: bacteriophage phi812K1-420 tail sheath and tail tube protein in n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5li2
タイトルbacteriophage phi812K1-420 tail sheath and tail tube protein in native tail
要素
  • Phage-like element PBSX protein XkdM
  • tail sheath protein
キーワードVIRAL PROTEIN / polyvalent staphylococcal bactoriophage / Myoviridae / tail sheath / tail contraction
機能・相同性Phage tail tube protein / XkdM-like superfamily / Phage tail tube protein / Major tail sheath protein / Phage-like element PBSX protein XkdM
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus phage 812 (ファージ)
Staphylococcus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å
データ登録者Novacek, J. / Siborova, M. / Benesik, M. / Pantucek, R. / Doskar, J. / Plevka, P.
資金援助 チェコ, 6件
組織認可番号国
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLQ1601 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2010005 チェコ
European Regional Development FundCZ.1.05/1.1.00/02.0070 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2011033 チェコ
Grant Agency of the Czech Republic15-21631Y チェコ
European Molecular Biology Organization3041 チェコ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016
タイトル: Structure and genome release of Twort-like Myoviridae phage with a double-layered baseplate.
著者: Jiří Nováček / Marta Šiborová / Martin Benešík / Roman Pantůček / Jiří Doškař / Pavel Plevka /
要旨: Bacteriophages from the family Myoviridae use double-layered contractile tails to infect bacteria. Contraction of the tail sheath enables the tail tube to penetrate through the bacterial cell wall ...Bacteriophages from the family Myoviridae use double-layered contractile tails to infect bacteria. Contraction of the tail sheath enables the tail tube to penetrate through the bacterial cell wall and serve as a channel for the transport of the phage genome into the cytoplasm. However, the mechanisms controlling the tail contraction and genome release of phages with "double-layered" baseplates were unknown. We used cryo-electron microscopy to show that the binding of the Twort-like phage phi812 to the Staphylococcus aureus cell wall requires a 210° rotation of the heterohexameric receptor-binding and tripod protein complexes within its baseplate about an axis perpendicular to the sixfold axis of the tail. This rotation reorients the receptor-binding proteins to point away from the phage head, and also results in disruption of the interaction of the tripod proteins with the tail sheath, hence triggering its contraction. However, the tail sheath contraction of Myoviridae phages is not sufficient to induce genome ejection. We show that the end of the phi812 double-stranded DNA genome is bound to one protein subunit from a connector complex that also forms an interface between the phage head and tail. The tail sheath contraction induces conformational changes of the neck and connector that result in disruption of the DNA binding. The genome penetrates into the neck, but is stopped at a bottleneck before the tail tube. A subsequent structural change of the tail tube induced by its interaction with the S. aureus cell is required for the genome's release.
履歴
登録2016年7月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr
改定 1.22018年10月3日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_software / pdbx_audit_support ...em_software / pdbx_audit_support / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年9月16日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-4051
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4051
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tail sheath protein
B: tail sheath protein
C: tail sheath protein
D: tail sheath protein
E: tail sheath protein
F: tail sheath protein
G: Phage-like element PBSX protein XkdM
H: Phage-like element PBSX protein XkdM
I: Phage-like element PBSX protein XkdM
J: Phage-like element PBSX protein XkdM
K: Phage-like element PBSX protein XkdM
L: Phage-like element PBSX protein XkdM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)492,02712
ポリマ－492,02712
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area15340 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area180340 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
tail sheath protein


分子量: 64559.008 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus phage 812 (ファージ)
遺伝子: 812a_103, 812F1_103, K1/420_103, K1_103 / 発現宿主: Staphylococcaceae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0U1WZ79
#2: タンパク質
Phage-like element PBSX protein XkdM


分子量: 17445.471 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Staphylococcus (バクテリア) / 遺伝子: xkdM, BSU12660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54332

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Staphylococcus phage 812 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 株: K420
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Staphylococcus aureus
ウイルス殻直径: 1100 nm / 三角数 (T数): 16
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMtrisTrisHCl1
210 mMsodium chlorideNaCl1
310 mMcalcium chlorideCaCl21
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.86 sec. / 電子線照射量: 20 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 7

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
5SPIDERCTF補正
11SPIDER初期オイラー角割当
12SPIDER最終オイラー角割当
13IHRSR最終オイラー角割当
14RELION分類
15SPIDER３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
らせん対称回転角度/サブユニット: 21.4 ° / 軸方向距離/サブユニット: 38.9 Å / らせん対称軸の対称性: C6
3次元再構成解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3628 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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