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- PDB-5kc2: Negative stain structure of Vps15/Vps34 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kc2
タイトルNegative stain structure of Vps15/Vps34 complex
要素
  • Phosphatidylinositol 3-kinase VPS34
  • Serine/threonine-protein kinase VPS15
キーワードENDOCYTOSIS / autophagy / phosphatidylinositol 3-kinase (PtdIns3K)
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / nucleus-vacuole junction / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / vacuole-isolation membrane contact site / vacuole inheritance / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / Macroautophagy ...Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / nucleus-vacuole junction / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / vacuole-isolation membrane contact site / vacuole inheritance / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / Macroautophagy / protein retention in Golgi apparatus / pexophagy / phagophore assembly site membrane / protein targeting to vacuole / late endosome to vacuole transport / fungal-type vacuole membrane / phagophore assembly site / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / autophagosome assembly / ubiquitin binding / macroautophagy / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / autophagy / endocytosis / peroxisome / protein transport / late endosome / endosome membrane / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / endosome / phosphorylation / Golgi membrane / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / mitochondrion / ATP binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase Vps15-like / Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) ...Serine/threonine-protein kinase Vps15-like / Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Trp-Asp (WD) repeats profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase VPS15 / Phosphatidylinositol 3-kinase VPS34
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 28 Å
データ登録者Kirsten, M.L. / Zhang, L. / Ohashi, Y. / Perisic, O. / Williams, R.L. / Sachse, C.
引用ジャーナル: Autophagy / 年: 2016
タイトル: Characterization of Atg38 and NRBF2, a fifth subunit of the autophagic Vps34/PIK3C3 complex.
著者: Yohei Ohashi / Nicolas Soler / Miguel García Ortegón / Lufei Zhang / Marie L Kirsten / Olga Perisic / Glenn R Masson / John E Burke / Arjen J Jakobi / Apostolos A Apostolakis / Christopher ...著者: Yohei Ohashi / Nicolas Soler / Miguel García Ortegón / Lufei Zhang / Marie L Kirsten / Olga Perisic / Glenn R Masson / John E Burke / Arjen J Jakobi / Apostolos A Apostolakis / Christopher M Johnson / Maki Ohashi / Nicholas T Ktistakis / Carsten Sachse / Roger L Williams /
要旨: The phosphatidylinositol 3-kinase Vps34 is part of several protein complexes. The structural organization of heterotetrameric complexes is starting to emerge, but little is known about organization ...The phosphatidylinositol 3-kinase Vps34 is part of several protein complexes. The structural organization of heterotetrameric complexes is starting to emerge, but little is known about organization of additional accessory subunits that interact with these assemblies. Combining hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry (HDX-MS), X-ray crystallography and electron microscopy (EM), we have characterized Atg38 and its human ortholog NRBF2, accessory components of complex I consisting of Vps15-Vps34-Vps30/Atg6-Atg14 (yeast) and PIK3R4/VPS15-PIK3C3/VPS34-BECN1/Beclin 1-ATG14 (human). HDX-MS shows that Atg38 binds the Vps30-Atg14 subcomplex of complex I, using mainly its N-terminal MIT domain and bridges the coiled-coil I regions of Atg14 and Vps30 in the base of complex I. The Atg38 C-terminal domain is important for localization to the phagophore assembly site (PAS) and homodimerization. Our 2.2 Å resolution crystal structure of the Atg38 C-terminal homodimerization domain shows 2 segments of α-helices assembling into a mushroom-like asymmetric homodimer with a 4-helix cap and a parallel coiled-coil stalk. One Atg38 homodimer engages a single complex I. This is in sharp contrast to human NRBF2, which also forms a homodimer, but this homodimer can bridge 2 complex I assemblies.
履歴
登録2016年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22016年11月9日Group: Database references
改定 1.32017年7月26日Group: Experimental preparation / カテゴリ: em_sample_support
改定 1.42017年8月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name / _em_software.version
改定 1.52019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.62019年11月13日Group: Data collection / Other / カテゴリ: symmetry
Item: _symmetry.Int_Tables_number / _symmetry.space_group_name_H-M
改定 1.72024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8235
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Phosphatidylinositol 3-kinase VPS34
B: Serine/threonine-protein kinase VPS15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)267,5972
ポリマ－267,5972
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase VPS34 / PtdIns-3-kinase VPS34 / Carboxypeptidase Y-deficient protein 15 / Vacuolar protein sorting- ...PtdIns-3-kinase VPS34 / Carboxypeptidase Y-deficient protein 15 / Vacuolar protein sorting-associated protein 34 / Vacuolar protein-targeting protein 29


分子量: 101047.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: VPS34, END12, PEP15, VPL7, VPT29, YLR240W, L9672.10
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22543, phosphatidylinositol 3-kinase
#2: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase VPS15 / Golgi-retention defective mutant protein 8 / Vacuolar protein sorting-associated protein 15


分子量: 166550.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: VPS15, GRD8, VAC4, VPL19, YBR097W, YBR0825 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P22219, non-specific serine/threonine protein kinase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Vps15/34 / タイプ: COMPLEX
詳細: Subcomplex of Vps34 phosphatidylinositol 3-kinase (PtdIns3K) complex I (yeast)
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / プラスミド: pYO225
緩衝液pH: 8.8
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMTris1
2500 mMNaCl1
31 %CHAPS1
42 mMDTT1
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: droplet technique / 染色剤: Uranyl acetate
試料支持
IDSpecimen-IDグリッドの材料グリッドのサイズ (divisions/in.)グリッドのタイプ
11COPPER300Plano 300 mesh
21COPPER300Quantifoil R2/2

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN2粒子像選択
4EMAN2CTF補正
10SPIDER初期オイラー角割当
11SPIDER最終オイラー角割当
12IMAGIC分類
13SPIDER３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 14172
3次元再構成解像度: 28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 14172 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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