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- PDB-5iya: Human core-PIC in the closed state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iya
タイトルHuman core-PIC in the closed state
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase II subunit ...) x 12
  • (General transcription factor IIF subunit ...) x 2
  • (Transcription initiation factor ...) x 4
  • General transcription factor IIE subunit 1
  • SCP-X
  • SCP-Y
  • TATA-box-binding protein
  • Transcription elongation factor A protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSFERASE/DNA / initiation / RNA polymerase II / human / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


LRR domain binding / microfibril binding / RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA Polymerase III Transcription Termination / regulation of transcription by RNA polymerase I / positive regulation of core promoter binding / RNA polymerase II core complex assembly / meiotic sister chromatid cohesion / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex ...LRR domain binding / microfibril binding / RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA Polymerase III Transcription Termination / regulation of transcription by RNA polymerase I / positive regulation of core promoter binding / RNA polymerase II core complex assembly / meiotic sister chromatid cohesion / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / transcription factor TFIIE complex / phosphatase activator activity / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / TFIIF-class transcription factor complex binding / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / transcription factor TFIIF complex / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / male pronucleus / female pronucleus / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / germinal vesicle / RNA Polymerase I Transcription Termination / transcription preinitiation complex / FGFR2 alternative splicing / nuclear thyroid hormone receptor binding / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / Viral Messenger RNA Synthesis / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / transcription factor TFIID complex / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / cell division site / mRNA Capping / protein acetylation / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA polymerase II complex binding / acetyltransferase activity / RNA Polymerase I Transcription Initiation / viral transcription / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / transcription by RNA polymerase I / aryl hydrocarbon receptor binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / TFIIB-class transcription factor binding / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / transcription-coupled nucleotide-excision repair / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / spindle assembly / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / positive regulation of translational initiation / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase II, core complex / RNA Polymerase II Transcription Elongation / core promoter sequence-specific DNA binding / Formation of RNA Pol II elongation complex / histone acetyltransferase activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / translation initiation factor binding / Inhibition of DNA recombination at telomere / TBP-class protein binding / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of RNA splicing / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / protein-DNA complex
類似検索 - 分子機能
Transcription elongation factor, TFIIS / Transcription elongation factor, IIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile. / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription factor TFIIE alpha subunit, C-terminal ...Transcription elongation factor, TFIIS / Transcription elongation factor, IIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile. / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription factor TFIIE alpha subunit, C-terminal / C-terminal general transcription factor TFIIE alpha / TFIIS N-terminal domain profile. / Transcription factor IIS, N-terminal / TFIIS helical bundle-like domain / Transcription factor TFIIE beta subunit, DNA-binding domain / Transcription initiation factor TFIIE, beta subunit / TFA2, Winged helix domain 2 / TFIIE beta subunit core domain / TFA2 Winged helix domain 2 / TFIIE beta central core DNA-binding domain profile. / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal / Transcription factor TFE/TFIIEalpha HTH domain / TFIIEalpha/SarR/Rpc3 HTH domain / Transcription factor E / TFIIE alpha subunit / TFE/IIEalpha-type HTH domain profile. / Transcription initiation factor IIE / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / Transcription factor IIA, alpha-helical domain / Transcription factor IIA, beta-barrel / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, C-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, N-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, helical domain / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / TFIIS/LEDGF domain superfamily / Transcription initiation factor IIF, beta subunit / TFIIF beta subunit, HTH domain / TFIIF, beta subunit, N-terminal / TFIIF, beta subunit HTH domain / TFIIF, beta subunit N-terminus / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit (TFIIF-alpha) / Transcription Factor IIF, Rap30/Rap74, interaction / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger TFIIB-type profile. / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / General transcription factor IIF subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / TATA-box-binding protein / Transcription elongation factor A protein 1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / General transcription factor IIE subunit 1 ...DNA / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / General transcription factor IIF subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / TATA-box-binding protein / Transcription elongation factor A protein 1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / General transcription factor IIE subunit 1 / Transcription initiation factor IIE subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / General transcription factor IIF subunit 1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / Transcription initiation factor IIA subunit 1 / Transcription initiation factor IIA subunit 2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / Transcription initiation factor IIB
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.4 Å
データ登録者He, Y. / Yan, C. / Fang, J. / Inouye, C. / Tjian, R. / Ivanov, I. / Nogales, E.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM63072 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110387 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1149521 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Near-atomic resolution visualization of human transcription promoter opening.
著者: Yuan He / Chunli Yan / Jie Fang / Carla Inouye / Robert Tjian / Ivaylo Ivanov / Eva Nogales /
要旨: In eukaryotic transcription initiation, a large multi-subunit pre-initiation complex (PIC) that assembles at the core promoter is required for the opening of the duplex DNA and identification of the ...In eukaryotic transcription initiation, a large multi-subunit pre-initiation complex (PIC) that assembles at the core promoter is required for the opening of the duplex DNA and identification of the start site for transcription by RNA polymerase II. Here we use cryo-electron microscropy (cryo-EM) to determine near-atomic resolution structures of the human PIC in a closed state (engaged with duplex DNA), an open state (engaged with a transcription bubble), and an initially transcribing complex (containing six base pairs of DNA-RNA hybrid). Our studies provide structures for previously uncharacterized components of the PIC, such as TFIIE and TFIIH, and segments of TFIIA, TFIIB and TFIIF. Comparison of the different structures reveals the sequential conformational changes that accompany the transition from each state to the next throughout the transcription initiation process. This analysis illustrates the key role of TFIIB in transcription bubble stabilization and provides strong structural support for a translocase activity of XPB.
履歴
登録2016年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Database references
改定 1.22016年6月22日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • マップデータ: EMDB-8135
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
B: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
D: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
E: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5
F: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB6
G: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
H: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB8
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB10
K: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a
L: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12
M: Transcription initiation factor IIB
N: Transcription initiation factor IIA subunit 1
O: Transcription initiation factor IIA subunit 2
P: TATA-box-binding protein
Q: General transcription factor IIE subunit 1
R: Transcription initiation factor IIE subunit beta
S: General transcription factor IIF subunit 1
T: General transcription factor IIF subunit 2
U: Transcription elongation factor A protein 1
X: SCP-X
Y: SCP-Y
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)884,55736
ポリマ－883,78923
非ポリマー76813
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area105590 Å2
ΔGint-551 kcal/mol
Surface area265340 Å2

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要素

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DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 12種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit A / DNA-directed RNA ...RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit A / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / RNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1


分子量: 217420.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P24928, DNA-directed RNA polymerase, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase II subunit B / RNA ...DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase II subunit B / RNA polymerase II subunit 2 / RNA polymerase II subunit B2


分子量: 134071.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30876, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / RNA polymerase II subunit B3 / DNA-directed RNA polymerase II 33 kDa polypeptide / RPB33 / DNA- ...RNA polymerase II subunit B3 / DNA-directed RNA polymerase II 33 kDa polypeptide / RPB33 / DNA-directed RNA polymerase II subunit C / RPB31


分子量: 31478.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19387
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / RNA polymerase II subunit B4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit D / RNA polymerase II 16 kDa ...RNA polymerase II subunit B4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit D / RNA polymerase II 16 kDa subunit / RPB16


分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15514
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / DNA-directed RNA DNA-directed RNA polymerases I / ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / DNA-directed RNA DNA-directed RNA polymerases I / II / and III subunit RPABC1 / polymerase II 23 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / XAP4


分子量: 24584.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19388
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III subunit RPABC2 / RNA polymerases I / II / and III ...DNA-directed RNA polymerases I / II / and III subunit RPABC2 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit F / DNA-directed RNA polymerases I / and III 14.4 kDa polypeptide / RPABC14.4 / RPB14.4 / RPC15


分子量: 14491.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61218
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / RNA polymerase II subunit B7 / DNA-directed RNA polymerase II subunit G / RNA polymerase II 19 kDa ...RNA polymerase II subunit B7 / DNA-directed RNA polymerase II subunit G / RNA polymerase II 19 kDa subunit / RPB19


分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62487
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB8 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III subunit RPABC3 / RNA polymerases I / II / and III ...DNA-directed RNA polymerases I / II / and III subunit RPABC3 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit H / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 17.1 kDa polypeptide / RPB17 / hRPB8


分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P52434
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 ...RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 kDa subunit / RPB14.5


分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36954
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB10 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III subunit RPABC5 / RNA polymerases I / II / and III ...DNA-directed RNA polymerases I / II / and III subunit RPABC5 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / DNA-directed RNA polymerase III subunit L / RNA polymerase II 7.6 kDa subunit / RPB7.6


分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62875
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / RPB11a / DNA-directed RNA polymerase II subunit J-1 / RNA polymerase II 13.3 kDa subunit


分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P52435
#12: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III subunit RPABC4 / RNA polymerases I / II / and III ...DNA-directed RNA polymerases I / II / and III subunit RPABC4 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC4 / ABC10-alpha / DNA-directed RNA polymerase II subunit K / RNA polymerase II 7.0 kDa subunit / RPB7.0 / RPB10alpha


分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P53803

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Transcription initiation factor ... , 4種, 4分子 MNOR

#13: タンパク質 Transcription initiation factor IIB / General transcription factor TFIIB / S300-II


分子量: 34877.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2B, TF2B, TFIIB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00403
#14: タンパク質 Transcription initiation factor IIA subunit 1 / General transcription factor IIA subunit 1 / TFIIAL / Transcription initiation factor TFIIA 42 kDa ...General transcription factor IIA subunit 1 / TFIIAL / Transcription initiation factor TFIIA 42 kDa subunit / TFIIA-42


分子量: 41544.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2A1, TF2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52655
#15: タンパク質 Transcription initiation factor IIA subunit 2 / General transcription factor IIA subunit 2 / TFIIA p12 subunit / TFIIAS / Transcription initiation ...General transcription factor IIA subunit 2 / TFIIA p12 subunit / TFIIAS / Transcription initiation factor IIA gamma chain / TFIIA-gamma


分子量: 12469.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2A2, TF2A2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52657
#18: タンパク質 Transcription initiation factor IIE subunit beta / TFIIE-beta / General transcription factor IIE subunit 2


分子量: 33106.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2E2, TF2E2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29084

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タンパク質 , 3種, 3分子 PQU

#16: タンパク質 TATA-box-binding protein / TATA sequence-binding protein / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription initiation ...TATA sequence-binding protein / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription initiation factor TFIID TBP subunit


分子量: 37729.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBP, GTF2D1, TF2D, TFIID / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20226
#17: タンパク質 General transcription factor IIE subunit 1 / General transcription factor IIE 56 kDa subunit / Transcription initiation factor IIE subunit alpha ...General transcription factor IIE 56 kDa subunit / Transcription initiation factor IIE subunit alpha / TFIIE-alpha


分子量: 49516.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2E1, TF2E1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29083
#21: タンパク質 Transcription elongation factor A protein 1 / Transcription elongation factor S-II protein 1 / Transcription elongation factor TFIIS.o


分子量: 34022.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCEA1, GTF2S, TFIIS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23193

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General transcription factor IIF subunit ... , 2種, 2分子 ST

#19: タンパク質 General transcription factor IIF subunit 1 / General transcription factor IIF 74 kDa subunit / Transcription initiation factor IIF subunit alpha ...General transcription factor IIF 74 kDa subunit / Transcription initiation factor IIF subunit alpha / TFIIF-alpha / Transcription initiation factor RAP74


分子量: 58343.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2F1, RAP74 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35269
#20: タンパク質 General transcription factor IIF subunit 2 / ATP-dependent helicase GTF2F2 / General transcription factor IIF 30 kDa subunit / Transcription ...ATP-dependent helicase GTF2F2 / General transcription factor IIF 30 kDa subunit / Transcription initiation factor IIF subunit beta / TFIIF-beta / Transcription initiation factor RAP30


分子量: 28427.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2F2, RAP30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13984, DNA helicase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#22: DNA鎖 SCP-X


分子量: 18335.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#23: DNA鎖 SCP-Y


分子量: 18037.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 2種, 13分子

#24: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#25: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Human holo-PIC in the closed stateCOMPLEX#1-#230MULTIPLE SOURCES
2RNA polymerase IICOMPLEX#1-#121NATURAL
3General transcription factorsCOMPLEX#13-#211MULTIPLE SOURCES
4Super core promoterCOMPLEX#22-#231MULTIPLE SOURCES
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.90 MDaNO
220.52 MDaNO
330.33 MDaNO
440.06 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Homo sapiens (ヒト)9606
44Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-IDプラスミド
13Escherichia coli (大腸菌)562unknown
24Escherichia coli (大腸菌)562unknown
緩衝液pH: 7.9
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %
詳細: Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 27500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
撮影電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 30

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 1.4beta / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 5.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34728 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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