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- PDB-5aj0: Cryo electron microscopy of actively translating human polysomes ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aj0
タイトルCryo electron microscopy of actively translating human polysomes (POST state).
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 31
  • (60S ribosomal protein ...) x 43
  • 18S ribosomal RNA
  • 28S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1
  • Nascent protein chain
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
  • mRNA
  • tRNA
キーワードRIBOSOME / MAMMALIAN RIBOSOME / TRANSLATION / POLYSOME / CRYO ELECTRON MICROSCOPY / ELONGATION CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


embryonic brain development / translation at presynapse / exit from mitosis / optic nerve development / response to insecticide / regulation of translation involved in cellular response to UV / eukaryotic 80S initiation complex / negative regulation of formation of translation preinitiation complex / axial mesoderm development / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response ...embryonic brain development / translation at presynapse / exit from mitosis / optic nerve development / response to insecticide / regulation of translation involved in cellular response to UV / eukaryotic 80S initiation complex / negative regulation of formation of translation preinitiation complex / axial mesoderm development / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / ribosomal protein import into nucleus / regulation of G1 to G0 transition / retinal ganglion cell axon guidance / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of gastrulation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein tyrosine kinase inhibitor activity / 90S preribosome assembly / IRE1-RACK1-PP2A complex / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / nucleolus organization / alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / TNFR1-mediated ceramide production / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / GAIT complex / negative regulation of RNA splicing / TORC2 complex binding / neural crest cell differentiation / supercoiled DNA binding / NF-kappaB complex / negative regulation of DNA repair / G1 to G0 transition / cytoplasmic translational initiation / oxidized purine DNA binding / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / middle ear morphogenesis / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / rRNA modification in the nucleus and cytosol / negative regulation of bicellular tight junction assembly / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / regulation of establishment of cell polarity / negative regulation of phagocytosis / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / erythrocyte homeostasis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / protein kinase A binding / Ribosomal scanning and start codon recognition / ion channel inhibitor activity / laminin receptor activity / Translation initiation complex formation / homeostatic process / pigmentation / positive regulation of mitochondrial depolarization / macrophage chemotaxis / lung morphogenesis / negative regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of natural killer cell proliferation / fibroblast growth factor binding / monocyte chemotaxis / BH3 domain binding / Protein hydroxylation / negative regulation of translational frameshifting / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / TOR signaling / positive regulation of GTPase activity / iron-sulfur cluster binding / mTORC1-mediated signalling / Peptide chain elongation / regulation of cell division / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / cellular response to ethanol / blastocyst development / Eukaryotic Translation Termination / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / negative regulation of protein binding / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / Viral mRNA Translation / ubiquitin ligase inhibitor activity / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / protein localization to nucleus / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / protein targeting / regulation of translational fidelity
類似検索 - 分子機能
60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / : / 40S ribosomal protein SA / Ribosomal protein L6, N-terminal / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ubiquitin-like protein FUBI / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily ...60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / : / 40S ribosomal protein SA / Ribosomal protein L6, N-terminal / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ubiquitin-like protein FUBI / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / Ribosomal protein L30e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / : / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / metallochaperone-like domain / TRASH domain / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L10e, conserved site / : / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / 40S Ribosomal protein S10 / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27a / : / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L36e signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL10 ...: / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL10 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein eS4, Y isoform 1 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL38 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein eL36
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Behrmann, E. / Loerke, J. / Budkevich, T.V. / Yamamoto, K. / Schmidt, A. / Penczek, P.A. / Vos, M.R. / Burger, J. / Mielke, T. / Scheerer, P. / Spahn, C.M.T.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Structural snapshots of actively translating human ribosomes.
著者: Elmar Behrmann / Justus Loerke / Tatyana V Budkevich / Kaori Yamamoto / Andrea Schmidt / Pawel A Penczek / Matthijn R Vos / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Patrick Scheerer / Christian M T Spahn /
要旨: Macromolecular machines, such as the ribosome, undergo large-scale conformational changes during their functional cycles. Although their mode of action is often compared to that of mechanical ...Macromolecular machines, such as the ribosome, undergo large-scale conformational changes during their functional cycles. Although their mode of action is often compared to that of mechanical machines, a crucial difference is that, at the molecular dimension, thermodynamic effects dominate functional cycles, with proteins fluctuating stochastically between functional states defined by energetic minima on an energy landscape. Here, we have used cryo-electron microscopy to image ex-vivo-derived human polysomes as a source of actively translating ribosomes. Multiparticle refinement and 3D variability analysis allowed us to visualize a variety of native translation intermediates. Significantly populated states include not only elongation cycle intermediates in pre- and post-translocational states, but also eEF1A-containing decoding and termination/recycling complexes. Focusing on the post-translocational state, we extended this assessment to the single-residue level, uncovering striking details of ribosome-ligand interactions and identifying both static and functionally important dynamic elements.
履歴
登録2015年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月27日Group: Other
改定 1.22015年7月1日Group: Database references
改定 1.32017年1月11日Group: Structure summary
改定 1.42017年8月23日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: em_image_scans / em_software / struct_conn / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.52017年11月8日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_description
改定 1.62018年6月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / diffrn ...database_PDB_caveat / diffrn / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / struct_conn
改定 1.72018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.82018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.92019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.102025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.112025年10月1日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "VB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "FA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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  • Jmolによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A3: 5.8S ribosomal RNA
A4: 5S ribosomal RNA
AA: 60S ribosomal protein L8
AB: 60S ribosomal protein L3
AC: 60S ribosomal protein L4
AD: 60S ribosomal protein L5
AE: 60S ribosomal protein L6
AF: 60S ribosomal protein L7
AG: 60S ribosomal protein L7a
AH: 60S ribosomal protein L9
AI: 60S ribosomal protein L10
AJ: 60S ribosomal protein L11
AK: 60S acidic ribosomal protein P0
AL: 60S ribosomal protein L13
AM: 60S ribosomal protein L14
AN: 60S ribosomal protein L15
AO: 60S ribosomal protein L13a
AP: 60S ribosomal protein L17
AQ: 60S ribosomal protein L18
AR: 60S ribosomal protein L19
AS: 60S ribosomal protein L18a
AT: 60S ribosomal protein L21
AU: 60S ribosomal protein L22
AV: 60S ribosomal protein L23
AW: 60S ribosomal protein L24
AX: 60S ribosomal protein L23a
AY: 60S ribosomal protein L26
AZ: 60S ribosomal protein L27
Aa: 60S ribosomal protein L27a
Ab: 60S ribosomal protein L29
Ac: 60S ribosomal protein L30
Ad: 60S ribosomal protein L31
Ae: 60S ribosomal protein L32
Af: 60S ribosomal protein L35a
Ag: 60S ribosomal protein L34
Ah: 60S ribosomal protein L35
Ai: 60S ribosomal protein L36
Aj: 60S ribosomal protein L37
Ak: 60S ribosomal protein L38
Al: 60S ribosomal protein L39
Am: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
An: 60S ribosomal protein L41
Ao: 60S ribosomal protein L36a
Ap: 60S ribosomal protein L37a
Aq: 60S ribosomal protein L12
At: 60S ribosomal protein L28
Au: 60S ribosomal protein L10a
A2: 28S ribosomal RNA
B1: 18S ribosomal RNA
BA: 40S ribosomal protein SA
BB: 40S ribosomal protein S3a
BC: 40S ribosomal protein S2
BD: 40S ribosomal protein S3
BE: 40S ribosomal protein S4, Y isoform 1
BF: 40S ribosomal protein S5
BG: 40S ribosomal protein S6
BH: 40S ribosomal protein S7
BI: 40S ribosomal protein S8
BJ: 40S ribosomal protein S9
BK: 40S ribosomal protein S10
BL: 40S ribosomal protein S11
BM: 40S ribosomal protein S12
BN: 40S ribosomal protein S13
BO: 40S ribosomal protein S14
BP: 40S ribosomal protein S15
BQ: 40S ribosomal protein S16
BR: 40S ribosomal protein S17-like
BS: 40S ribosomal protein S18
BT: 40S ribosomal protein S19
BU: 40S ribosomal protein S20
BV: 40S ribosomal protein S21
BW: 40S ribosomal protein S15a
BX: 40S ribosomal protein S23
BY: 40S ribosomal protein S24
BZ: 40S ribosomal protein S25
Ba: 40S ribosomal protein S26
Bb: 40S ribosomal protein S27
Bc: 40S ribosomal protein S28
Bd: 40S ribosomal protein S29
Be: 40S ribosomal protein S30
Bf: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
Bg: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1
Bv: tRNA
Bw: tRNA
Bx: mRNA
By: Nascent protein chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,924,116417
ポリマ－3,915,86686
非ポリマー8,250331
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 7分子 A3A4A2B1BvBwBx

#1: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 62616.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: GenBank: 51477016
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38998.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: GenBank: 23898
#48: RNA鎖 28S ribosomal RNA


分子量: 1627178.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: GenBank: 337381
#49: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 602776.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: GenBank: 36162
#83: RNA鎖 tRNA


分子量: 24485.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MIXTURE OF ALL ENDOGENOUS PRESENT
由来: (天然) Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
細胞株: HEK 293T / 参照: GenBank: 755367513
#84: RNA鎖 mRNA


分子量: 8527.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MIXTURE OF ALL ENDOGENOUS PRESENT / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T

+
60S ribosomal protein ... , 43種, 43分子 AAABACADAEAFAGAHAIAJALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAaAbAcAdAe...

#3: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62917
#4: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / HIV-1 TAR RNA-binding protein B / TARBP-B


分子量: 46211.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P39023
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L4 / 60S ribosomal protein L1


分子量: 47804.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P36578
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L5


分子量: 34426.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P46777
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer element-binding protein 107 / TaxREB107


分子量: 32810.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: Q02878
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L7


分子量: 29290.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P18124
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L7a / PLA-X polypeptide / Surfeit locus protein 3


分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62424
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L9


分子量: 21899.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P32969
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / Laminin receptor homolog / Protein QM / Tumor suppressor QM


分子量: 24657.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P27635
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L11 / CLL-associated antigen KW-12


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62913
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L13 / Breast basic conserved protein 1


分子量: 24321.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P26373
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L14 / CAG-ISL 7


分子量: 23485.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P50914
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P61313
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L13a / 23 kDa highly basic protein


分子量: 23633.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P40429
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L17 / 60S ribosomal protein L23 / PD-1


分子量: 21443.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P18621
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L18


分子量: 21687.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: Q07020
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P84098
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20808.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: Q02543
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P46778
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L22 / EBER-associated protein / EAP / Epstein-Barr virus small RNA-associated protein / Heparin-binding ...EBER-associated protein / EAP / Epstein-Barr virus small RNA-associated protein / Heparin-binding protein HBp15


分子量: 14813.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P35268
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L17


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62829
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L24 / 60S ribosomal protein L30


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P83731
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L23a


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62750
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L26


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P61254
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P61353
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L27a


分子量: 16604.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P46776
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / Cell surface heparin-binding protein HIP


分子量: 17804.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P47914
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L30


分子量: 12805.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62888
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62899
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62910
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L35a / Cell growth-inhibiting gene 33 protein


分子量: 12564.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P18077
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L34


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P49207
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L35


分子量: 14593.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P42766
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 12290.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: Q9Y3U8
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L37 / G1.16


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P61927
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P63173
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L39


分子量: 6426.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62891
#42: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41 / HG12


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62945
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L36a / 60S ribosomal protein L44 / Cell growth-inhibiting gene 15 protein / Cell migration-inducing gene 6 protein


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P83881
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L37a


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P61513
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L12


分子量: 17847.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P30050
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L28


分子量: 15784.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P46779
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L10a / CSA-19 / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 6 / NEDD-6


分子量: 24879.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62906

-
タンパク質 , 4種, 4分子 AKAmBfBg

#13: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0 / 60S ribosomal protein L10E


分子量: 34309.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P05388
#41: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / CEP52 / Ubiquitin A-52 residue ribosomal protein fusion product 1


分子量: 14758.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62987
#81: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a / Ubiquitin carboxyl extension protein 80


分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62979
#82: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 / Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like ...Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein 12.3 / Human lung cancer oncogene 7 protein / HLC-7 / Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P63244

+
40S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 BABBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBYBZBaBbBcBdBe

#50: タンパク質 40S ribosomal protein SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Colon carcinoma laminin-binding protein / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40 / Multidrug resistance-associated protein MGr1-Ag / NEM/1CHD4


分子量: 32883.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P08865
#51: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / v-fos transformation effector protein / Fte-1


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P61247
#52: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / 40S ribosomal protein S4 / Protein LLRep3


分子量: 31376.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P15880
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S3


分子量: 26729.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T
参照: UniProt: P23396, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S4, Y isoform 1


分子量: 29512.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P22090
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S5


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P46782
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S6 / Phosphoprotein NP33


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62753
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62081
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62241
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S9


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P46781
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S10


分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P46783
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62280
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P25398
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S13


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62277
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S14


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62263
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S15 / RIG protein


分子量: 17076.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62841
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S16


分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62249
#67: タンパク質 40S ribosomal protein S17-like


分子量: 15578.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P08708
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S18 / Ke-3 / Ke3


分子量: 17759.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62269
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S19


分子量: 16091.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P39019
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S20


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P60866
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P63220
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S15a


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62244
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S23


分子量: 15844.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62266
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15463.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62847
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 13776.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62851
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62854
#77: タンパク質 40S ribosomal protein S27 / Metallopan-stimulin 1 / MPS-1


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P42677
#78: タンパク質 40S ribosomal protein S28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62857
#79: タンパク質 40S ribosomal protein S29


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62273
#80: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 6668.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / 参照: UniProt: P62861

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 By

#85: タンパク質・ペプチド Nascent protein chain


分子量: 2060.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MIXTURE OF ALL ENDOGENOUS PRESENT / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T

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非ポリマー , 2種, 331分子

#86: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#87: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細CGCGACCUCAGAUCAGACGUGGCGACCCGCUGAAUUUAAGCAUAUUAGUCAGCGGAGGAAAAGAAACU

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NATIVE RIBOSOMAL COMPLEX FROM POLYSOMES - POST STATE
タイプ: RIBOSOME
緩衝液名称: 20 MM HEPES-KOH, PH 7.5, 100 MM KCL, 1.5 MM MGCL2, 0.5 MM SPERMIDINE, 0.04 MM SPERMINE, 1 MM DTT
pH: 7.5
詳細: 20 MM HEPES-KOH, PH 7.5, 100 MM KCL, 1.5 MM MGCL2, 0.5 MM SPERMIDINE, 0.04 MM SPERMINE, 1 MM DTT
試料濃度: 3.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: OTHER
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 93, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK II, METHOD- BLOT FOR 2-4 SECONDS BEFORE PLUNGING,

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2012年8月20日 / 詳細: DATA WAS COLLECTED AUTOMATICALLY WITH LEGINON
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 115000 X / 倍率（補正後）: 205000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2 mm
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1CTFFIND3CTF補正
2Signature粒子像選択
3SPARX３次元再構成
4SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: DEFOCUS GROUPS
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: MULTI-REFERENCE TEMPLATE MATCHING / 解像度: 3.5 Å / 粒子像の数: 313321 / ピクセルサイズ（実測値）: 0.945 Å
倍率補正: CROSS- -CORRELATION DENSITIES WITHIN SPHERICAL SHELL
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2875. (DEPOSITION ID: 13060).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 4UJE

4uje


Accession code: 4UJE / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 3.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数55858 5878 3 0 61739

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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