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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a22 | ||||||
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タイトル | Structure of the L protein of vesicular stomatitis virus from electron cryomicroscopy | ||||||
要素 | VESICULAR STOMATITIS VIRUS L POLYMERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE / RNA CAPPING / CRYOEM SINGLE- PARTICLE ANALYSIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity ...NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTPase activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | VESICULAR STOMATITIS VIRUS (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Liang, B. / Li, Z. / Jenni, S. / Rameh, A.A. / Morin, B.M. / Grant, T. / Grigorieff, N. / Harrison, S.C. / Whelan, S.P.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2015 タイトル: Structure of the L Protein of Vesicular Stomatitis Virus from Electron Cryomicroscopy. 著者: Bo Liang / Zongli Li / Simon Jenni / Amal A Rahmeh / Benjamin M Morin / Timothy Grant / Nikolaus Grigorieff / Stephen C Harrison / Sean P J Whelan / 要旨: The large (L) proteins of non-segmented, negative-strand RNA viruses, a group that includes Ebola and rabies viruses, catalyze RNA-dependent RNA polymerization with viral ribonucleoprotein as ...The large (L) proteins of non-segmented, negative-strand RNA viruses, a group that includes Ebola and rabies viruses, catalyze RNA-dependent RNA polymerization with viral ribonucleoprotein as template, a non-canonical sequence of capping and methylation reactions, and polyadenylation of viral messages. We have determined by electron cryomicroscopy the structure of the vesicular stomatitis virus (VSV) L protein. The density map, at a resolution of 3.8 Å, has led to an atomic model for nearly all of the 2109-residue polypeptide chain, which comprises three enzymatic domains (RNA-dependent RNA polymerase [RdRp], polyribonucleotidyl transferase [PRNTase], and methyltransferase) and two structural domains. The RdRp resembles the corresponding enzymatic regions of dsRNA virus polymerases and influenza virus polymerase. A loop from the PRNTase (capping) domain projects into the catalytic site of the RdRp, where it appears to have the role of a priming loop and to couple product elongation to large-scale conformational changes in L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5a22.cif.gz | 756.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5a22.ent.gz | 644.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5a22.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5a22_validation.pdf.gz | 834.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5a22_full_validation.pdf.gz | 876.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5a22_validation.xml.gz | 59 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5a22_validation.cif.gz | 87 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/5a22 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/5a22 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 241313.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) VESICULAR STOMATITIS VIRUS (ウイルス) 株: INDIANA / Variant: SAN JUAN ISOLATE / プラスミド: PFASTBAC DUAL (INVITROGEN) / 細胞株 (発現宿主): Sf21 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P03523, DNA-directed RNA polymerase |
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#2: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: VESICULAR STOMATITIS VIRUS RNA- DEPENDENT RNA POLYMERASE (L) BOUND TO PHOSPHOPROTEIN P FRAGMENT タイプ: COMPLEX |
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緩衝液 | 名称: 25 MM HEPES, 250 MM NACL, 6 MM MGSO4, 0.5 MM TCEP / pH: 7.4 / 詳細: 25 MM HEPES, 250 MM NACL, 6 MM MGSO4, 0.5 MM TCEP |
試料 | 濃度: 0.35 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2014年8月1日 / 詳細: GOOD MICROGRAPHS WERE SELECTED FOR DIGITISATION |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 倍率(公称値): 29000 X / 倍率(補正後): 40410 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 温度: 100 K |
撮影 | 電子線照射量: 100 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 1272 |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: INDIVIDUAL PARTICLES | ||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: CROSS-COMMON LINES / 解像度: 3.8 Å / 粒子像の数: 74940 / ピクセルサイズ(公称値): 1.72 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.24 Å 詳細: FREALIGN WAS USED FOR REFINEMENT AND THREE- DIMENSIONAL CLASSIFICATION. SEGMENTS A1159-A1171, A1210-A1226, A1308-1334, A1387-A1395, A1512-A1516, A1534-A1541 ARE IN POOR DENSITY, AND THE CHAIN ...詳細: FREALIGN WAS USED FOR REFINEMENT AND THREE- DIMENSIONAL CLASSIFICATION. SEGMENTS A1159-A1171, A1210-A1226, A1308-1334, A1387-A1395, A1512-A1516, A1534-A1541 ARE IN POOR DENSITY, AND THE CHAIN TRACE IN THOSE REGIONS IS APPROXIMATE. STEREOCHEMISTRY OF ZN A3000, A3001 COORDINATION IS POOR. DEPOSITED STRUCTURE FACTORS USED FOR REFINEMENT OF THIS ENTRY ARE FROM SOLVENT FLATTENED EM MAP EMD CODE 6337 AFTER PLACING THE DENSITY INTO A CELL WITH DIMESIONS 112.000, 143.000, 106.000 AND ANGLES 90.00,90.00,90.00. APPLY THE FOLLOWING TRANSFORMATION MATRIX TO THE COORDINATES IN ORDER TO PLACE THE MODEL INTO THE DENSITY CALCULATED FROM THE DEPOSITED STRUCTURE FACTORS: MODEL2SF 1 -0.492787 0.222962 -0.841098 139.886 MODEL2SF 1 -0.456450 -0.889187 0.031721 169.772 MODEL2SF 1 -0.740818 0.399552 0.539950 33.800 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Maximum likelihood / 詳細: METHOD--PHENIX.REFINE | ||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.8 Å | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 3.8 Å
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