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万見
- PDB-4v93: Fitted coordinates for Lumbricus terrestris hemoglobin cryo-EM co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v93
タイトルFitted coordinates for Lumbricus terrestris hemoglobin cryo-EM complex (EMD-2627)
要素
  • (EXTRACELLULAR GLOBIN- ...) x 5
  • (EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER ...) x 2
  • (HEMOGLOBIN CHAIN ...) x 2
  • HEMOGLOBIN LINKER CHAIN L1
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / response to hypoxia / iron ion binding / heme binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Annelid erythrocruorin linker subunit, C-terminal / Erythrocruorin linker subunit, C-terminal superfamily / Extracellular hemoglobin linker subunit, heterodimerisation domain / Annelid erythrocruorin linker subunit C-terminus / Globin, extracellular / Erythrocruorin / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Myoglobin-like, M family globin domain / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. ...Annelid erythrocruorin linker subunit, C-terminal / Erythrocruorin linker subunit, C-terminal superfamily / Extracellular hemoglobin linker subunit, heterodimerisation domain / Annelid erythrocruorin linker subunit C-terminus / Globin, extracellular / Erythrocruorin / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Myoglobin-like, M family globin domain / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Globin/Protoglobin / Globin domain profile. / Globin / Globin / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Extracellular globin / Extracellular globin-2 / Extracellular globin-3 / Extracellular globin-4 / Extracellular hemoglobin linker L3 subunit / Extracellular hemoglobin linker L2 subunit / Hemoglobin linker chain L1
類似検索 - 構成要素
生物種LUMBRICUS TERRESTRIS (無脊椎動物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.1 Å
データ登録者Chen, W.T. / Chen, Y.C. / Liou, H.H. / Chao, C.Y.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Structural basis for cooperative oxygen binding and bracelet-assisted assembly of Lumbricus terrestris hemoglobin.
著者: Wei-Ting Chen / Yu-Chuen Chen / Horng-Huei Liou / Chih-Yu Chao /
要旨: The iron-containing hemoglobins (Hbs) are essential proteins to serve as oxygen transporters in the blood. Among various kinds of Hbs, the earthworm Hbs are the champions in carrying oxygen due to ...The iron-containing hemoglobins (Hbs) are essential proteins to serve as oxygen transporters in the blood. Among various kinds of Hbs, the earthworm Hbs are the champions in carrying oxygen due to not only their large size but also the unusually high cooperativity of ligand binding. However, the cooperative oxygen binding mechanisms are still mostly unknown. Here we report the cryo-electron microscopy structure of Lumbricus terrestris Hb in its native, oxygenated state at 9.1 Å resolution, showing remarkable differences from the carbon monoxide-binding X-ray structure. Our structural analysis first indicates that the cooperative ligand binding of L. terrestris Hb requires tertiary and quaternary transitions in the heme pocket and a global subunit movement facilitated by intra-ring and inter-ring contacts. Moreover, the additional sinusoidal bracelet provides the confirmation for the long-standing debate about the additional electron densities absent in the X-ray crystal structure.
履歴
登録2014年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 4CYX, 4D0H, 4D0I
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: em_image_scans / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2627
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A0: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
A1: HEMOGLOBIN CHAIN D1
A2: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
A3: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
A4: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
A5: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
A6: HEMOGLOBIN CHAIN D1
A7: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
AA: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
AB: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
AC: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
AD: HEMOGLOBIN CHAIN D1
AE: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
AF: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
AG: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
AH: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
AI: HEMOGLOBIN CHAIN D1
AJ: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
AK: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
AL: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
AM: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
AN: HEMOGLOBIN CHAIN D1
AO: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
AP: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
AQ: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
AR: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
AS: HEMOGLOBIN CHAIN D1
AT: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
AU: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
AV: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
AW: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
AX: HEMOGLOBIN CHAIN D1
AY: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
AZ: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
Aa: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
Ab: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
Ac: HEMOGLOBIN CHAIN D1
Ad: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
Ae: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
Af: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
Ag: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
Ah: HEMOGLOBIN CHAIN D1
Ai: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
Aj: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
Ak: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
Al: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
Am: HEMOGLOBIN CHAIN D1
An: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
Ao: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
Ap: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
Aq: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
Ar: HEMOGLOBIN CHAIN D1
As: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
At: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
Au: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
Av: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
Aw: HEMOGLOBIN CHAIN D1
Ax: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
Ay: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
Az: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
B0: HEMOGLOBIN CHAIN D1
B1: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
B2: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
B3: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
B4: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
B5: HEMOGLOBIN CHAIN D1
B6: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
B7: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
BA: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
BB: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
BC: HEMOGLOBIN CHAIN D1
BD: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
BE: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
BF: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
BG: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
BH: HEMOGLOBIN CHAIN D1
BI: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
BJ: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
BK: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
BL: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
BM: HEMOGLOBIN CHAIN D1
BN: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
BO: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
BP: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
BQ: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
BR: HEMOGLOBIN CHAIN D1
BS: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
BT: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
BU: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
BV: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
BW: HEMOGLOBIN CHAIN D1
BX: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
BY: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
BZ: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
Ba: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
Bb: HEMOGLOBIN CHAIN D1
Bc: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
Bd: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
Be: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
Bf: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
Bg: HEMOGLOBIN CHAIN D1
Bh: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
Bi: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
Bj: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
Bk: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
Bl: HEMOGLOBIN CHAIN D1
Bm: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
Bn: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
Bo: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
Bp: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
Bq: HEMOGLOBIN CHAIN D1
Br: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
Bs: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
Bt: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
Bu: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
Bv: HEMOGLOBIN CHAIN D1
Bw: EXTRACELLULAR GLOBIN-4
Bx: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
By: EXTRACELLULAR GLOBIN-2
Bz: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
C0: HEMOGLOBIN LINKER CHAIN L1
C1: EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L2 SUBUNIT
C2: EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L3 SUBUNIT
C3: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
C4: HEMOGLOBIN CHAIN D1
C5: HEMOGLOBIN LINKER CHAIN L1
C6: EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L2 SUBUNIT
C7: EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L3 SUBUNIT
CA: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
CB: HEMOGLOBIN CHAIN D1
CC: HEMOGLOBIN LINKER CHAIN L1
CD: EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L2 SUBUNIT
CE: EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L3 SUBUNIT
CF: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
CG: HEMOGLOBIN CHAIN D1
CH: HEMOGLOBIN LINKER CHAIN L1
CI: EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L2 SUBUNIT
CJ: EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L3 SUBUNIT
CK: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
CL: HEMOGLOBIN CHAIN D1
CM: HEMOGLOBIN LINKER CHAIN L1
CN: EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L2 SUBUNIT
CO: EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L3 SUBUNIT
CP: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
CQ: HEMOGLOBIN CHAIN D1
CR: HEMOGLOBIN LINKER CHAIN L1
CS: EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L2 SUBUNIT
CT: EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L3 SUBUNIT
CU: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
CV: HEMOGLOBIN CHAIN D1
CW: HEMOGLOBIN LINKER CHAIN L1
CX: EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L2 SUBUNIT
CY: EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L3 SUBUNIT
CZ: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
Ca: HEMOGLOBIN CHAIN D1
Cb: HEMOGLOBIN LINKER CHAIN L1
Cc: EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L2 SUBUNIT
Cd: EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L3 SUBUNIT
Ce: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
Cf: HEMOGLOBIN CHAIN D1
Cg: HEMOGLOBIN LINKER CHAIN L1
Ch: EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L2 SUBUNIT
Ci: EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L3 SUBUNIT
Cj: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
Ck: HEMOGLOBIN CHAIN D1
Cl: HEMOGLOBIN LINKER CHAIN L1
Cm: EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L2 SUBUNIT
Cn: EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L3 SUBUNIT
Co: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
Cp: HEMOGLOBIN CHAIN D1
Cq: HEMOGLOBIN LINKER CHAIN L1
Cr: EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L2 SUBUNIT
Cs: EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L3 SUBUNIT
Ct: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
Cu: HEMOGLOBIN CHAIN D1
Cv: HEMOGLOBIN LINKER CHAIN L1
Cw: EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L2 SUBUNIT
Cx: EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L3 SUBUNIT
Cy: EXTRACELLULAR GLOBIN-3
Cz: HEMOGLOBIN CHAIN D1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,529,192180
ポリマ－3,529,192180
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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EXTRACELLULAR GLOBIN- ... , 5種, 108分子 A0A5ACAHAMARAWAbAgAlAqAvA2A3A7AAAEAFAJAKAOAPATAUAYAZAdAeAiAj...

#1: タンパク質
EXTRACELLULAR GLOBIN-3 / ERYTHROCRUORIN / EXTRACELLULAR GLOBIN III / GLOBIN C


分子量: 16902.410 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LUMBRICUS TERRESTRIS (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P11069
#3: タンパク質 ...
EXTRACELLULAR GLOBIN-4 / ERYTHROCRUORIN / GLOBIN A / GLOBIN IV


分子量: 17136.619 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LUMBRICUS TERRESTRIS (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P13579
#4: タンパク質 ...
EXTRACELLULAR GLOBIN-2 / ERYTHROCRUORIN / GLOBIN AIII / GLOBIN B


分子量: 16268.229 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LUMBRICUS TERRESTRIS (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P02218
#6: タンパク質
EXTRACELLULAR GLOBIN-4 / ERYTHROCRUORIN / GLOBIN A / GLOBIN IV


分子量: 17566.990 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LUMBRICUS TERRESTRIS (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P13579
#7: タンパク質 ...
EXTRACELLULAR GLOBIN-3 / ERYTHROCRUORIN / EXTRACELLULAR GLOBIN III / GLOBIN C


分子量: 19126.137 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LUMBRICUS TERRESTRIS (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P11069

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HEMOGLOBIN CHAIN ... , 2種, 36分子 A1A6ADAIANASAXAcAhAmArAwB0B5BCBHBMBRBWBbBgBlBqBvC4CBCGCLCQCV...

#2: タンパク質
HEMOGLOBIN CHAIN D1


分子量: 15988.263 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LUMBRICUS TERRESTRIS (無脊椎動物) / 参照: UniProt: O61233
#5: タンパク質 ...
HEMOGLOBIN CHAIN D1


分子量: 17948.670 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LUMBRICUS TERRESTRIS (無脊椎動物) / 参照: UniProt: O61233

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タンパク質 , 1種, 12分子 C0C5CCCHCMCRCWCbCgClCqCv

#8: タンパク質
HEMOGLOBIN LINKER CHAIN L1


分子量: 27460.688 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LUMBRICUS TERRESTRIS (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q9GV76

-
EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER ... , 2種, 24分子 C1C6CDCICNCSCXCcChCmCrCwC2C7CECJCOCTCYCdCiCnCsCx

#9: タンパク質
EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L2 SUBUNIT


分子量: 32075.490 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LUMBRICUS TERRESTRIS (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q2I743
#10: タンパク質
EXTRACELLULAR HEMOGLOBIN LINKER L3 SUBUNIT


分子量: 26877.914 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LUMBRICUS TERRESTRIS (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q2I742

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Lumbricus terrestris hemoglobin / タイプ: COMPLEX
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2012年10月15日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 80000 X
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
放射波長相対比: 1

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解析

対称性点対称性: D6 (2回x6回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 8.1 Å / 粒子像の数: 4500
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD -2627. (DEPOSITION ID: 12397).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY
原子モデル構築PDB-ID: 2GTL

2gtl

精密化最高解像度: 8.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 8.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数70632 0 0 0 70632

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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