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- PDB-4v8y: Cryo-EM reconstruction of the 80S-eIF5B-Met-itRNAMet Eukaryotic T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v8y
タイトルCryo-EM reconstruction of the 80S-eIF5B-Met-itRNAMet Eukaryotic Translation Initiation Complex
要素
  • (40S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 31
  • (60S ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 3
  • (60S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 40
  • (EUKARYOTIC RIBOSOMAL ...) x 2
  • 18S RIBOSOMAL RNA
  • 25S RIBOSOMAL RNA
  • 5.8S RIBOSOMAL RNA
  • 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1
  • 5S RIBOSOMAL RNA
  • EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 5B
  • GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN SUBUNIT BETA-LIKE PROTEIN
  • SUPPRESSOR PROTEIN STM1
  • UBIQUITIN-40S RIBOSOMAL PROTEIN S31
  • UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40
キーワードRIBOSOME / RIBOSOME INITIATION COMPLEX / INITIATOR FACTOR EIF5B / SINGLE PARTICLE ANALYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


triplex DNA binding / ribosome hibernation / translation elongation factor binding / regulation of translational initiation in response to stress / Platelet degranulation / protein-synthesizing GTPase / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / negative regulation of glucose mediated signaling pathway ...triplex DNA binding / ribosome hibernation / translation elongation factor binding / regulation of translational initiation in response to stress / Platelet degranulation / protein-synthesizing GTPase / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / positive regulation of translational fidelity / Protein methylation / RMTs methylate histone arginines / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / regulation of translational initiation / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / pre-mRNA 5'-splice site binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / translational elongation / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor / response to cycloheximide / telomeric DNA binding / mRNA destabilization / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / G-protein alpha-subunit binding / TOR signaling / positive regulation of protein kinase activity / protein-RNA complex assembly / regulation of translational fidelity / Ub-specific processing proteases / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / ribosomal subunit export from nucleus / translational termination / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation repressor activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / translation initiation factor binding / translational initiation / translation initiation factor activity / cellular response to amino acid starvation / ribosome assembly / telomere maintenance / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cytosolic ribosome assembly / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic stress granule / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / translation / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / response to antibiotic / GTPase activity
類似検索 - 分子機能
Elongation factor Tu-type domain / Elongation factor Tu domain 4 / Stm1-like, N-terminal / Stm1 / Hyaluronan/mRNA-binding protein / Hyaluronan / mRNA binding family / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily ...Elongation factor Tu-type domain / Elongation factor Tu domain 4 / Stm1-like, N-terminal / Stm1 / Hyaluronan/mRNA-binding protein / Hyaluronan / mRNA binding family / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / : / Ribosomal protein S26e signature. / : / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / : / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein S17e
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / osmium (III) hexammine / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A ...PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / osmium (III) hexammine / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein eS17A / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Large ribosomal subunit protein uL5A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL20B / Large ribosomal subunit protein eL42A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL2B / Small ribosomal subunit protein uS17A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS13A / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein uL29B / Small ribosomal subunit protein eS32B / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Small ribosomal subunit protein eS7A / Small ribosomal subunit protein uS2A / Small ribosomal subunit protein eS1A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein eL14B / Suppressor protein STM1 / Eukaryotic translation initiation factor 5B / Small ribosomal subunit protein eS26A / Small ribosomal subunit protein uS14A / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL6A / Large ribosomal subunit protein eL21A / Small ribosomal subunit protein eS10A / Large ribosomal subunit protein eL13A / Small ribosomal subunit protein eS25A / Small ribosomal subunit protein eS28A
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Fernandez, I.S. / Bai, X.C. / Hussain, T. / Kelley, A.C. / Lorsch, J.R. / Ramakrishnan, V. / Scheres, S.H.W.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Molecular architecture of a eukaryotic translational initiation complex.
著者: Israel S Fernández / Xiao-Chen Bai / Tanweer Hussain / Ann C Kelley / Jon R Lorsch / V Ramakrishnan / Sjors H W Scheres /
要旨: The last step in eukaryotic translational initiation involves the joining of the large and small subunits of the ribosome, with initiator transfer RNA (Met-tRNA(i)(Met)) positioned over the start ...The last step in eukaryotic translational initiation involves the joining of the large and small subunits of the ribosome, with initiator transfer RNA (Met-tRNA(i)(Met)) positioned over the start codon of messenger RNA in the P site. This step is catalyzed by initiation factor eIF5B. We used recent advances in cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine a structure of the eIF5B initiation complex to 6.6 angstrom resolution from <3% of the population, comprising just 5143 particles. The structure reveals conformational changes in eIF5B, initiator tRNA, and the ribosome that provide insights into the role of eIF5B in translational initiation. The relatively high resolution obtained from such a small fraction of a heterogeneous sample suggests a general approach for characterizing the structure of other dynamic or transient biological complexes.
履歴
登録2013年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 4BYL, 4BYN, 4BYO, 4BYP, 4BYQ, 4BYR, 4BYS
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22015年4月22日Group: Other
改定 2.02017年8月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / em_software ...atom_site / em_software / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
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改定 3.02018年4月18日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / struct_ref_seq
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改定 4.02024年6月19日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
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改定 5.02024年6月26日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_mon_prot_cis
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_comp_id / _pdbx_struct_mod_residue.label_comp_id / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id / _struct_mon_prot_cis.label_comp_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "LA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "LA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "XA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2421
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A0: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S26-A
A1: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S27-A
A2: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S28-A
A3: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S29-A
A4: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S30-A
A5: UBIQUITIN-40S RIBOSOMAL PROTEIN S31
A6: GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN SUBUNIT BETA-LIKE PROTEIN
A7: SUPPRESSOR PROTEIN STM1
AA: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S0-A
AB: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S1-A
AC: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S2
AD: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S3
AE: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S4-A
AF: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S5
AG: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S6-A
AH: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S7-A
AI: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S8-A
AJ: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S9-A
AK: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S10-A
AL: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S11-A
AM: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S12
AN: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S13
AO: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S14-A
AP: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S15
AQ: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S16-A
AR: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S17-A
AS: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S18-A
AT: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S19-A
AU: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S20
AV: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S21-A
AW: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S22-A
AX: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S23-A
AY: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S24-A
AZ: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S25-A
BA: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L2-B
BB: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L3
BC: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L4-A
BD: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L5
BE: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L6-A
BF: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7-A
BG: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L8-A
BH: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L9-A
BI: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10
BJ: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L11-A
BK: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L11-A
BL: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13-A
BM: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L14-B
BN: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L15-A
BO: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L16-A
BP: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17-A
BQ: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L18-A
BR: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L19-B
BS: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L20-B
BT: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L21-A
BU: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L22-A
BV: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23-A
BW: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L24-A
BX: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L25
BY: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L26-A
BZ: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27-A
Ba: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L28
Bb: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L29
Bc: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L30
Bd: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31-A
Be: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L32
Bf: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L33-A
Bg: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L34-A
Bh: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35-B
Bi: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36-A
Bj: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L37-A
Bk: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L38
Bl: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L39
Bm: UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40
Bn: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L41-B
Bo: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L42-A
Bq: 60S ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P0
Br: 60S ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P1
Bs: 60S ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P2
By: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1
B2: 18S RIBOSOMAL RNA
B5: 25S RIBOSOMAL RNA
B7: 5S RIBOSOMAL RNA
B8: 5.8S RIBOSOMAL RNA
CL: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1
CN: EUKARYOTIC RIBOSOMAL L1_RRNA
CP: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 5B
CW: EUKARYOTIC RIBOSOMAL P_E TRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,376,539482
ポリマ－3,314,56987
非ポリマー61,970395
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
40S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 31種, 31分子 A0A1A2A3A4AAABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZ

#1: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S26-A


分子量: 13538.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P39938
#2: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S27-A / RP61 / YS20


分子量: 8893.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P35997
#3: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S28-A / S33 / YS27


分子量: 7605.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E7X9
#4: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S29-A / S36 / YS29


分子量: 6675.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P41057
#5: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S30-A


分子量: 7137.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX33
#9: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S0-A / NUCLEIC ACID-BINDING PROTEIN NAB1A


分子量: 28051.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P32905
#10: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S1-A / RP10A


分子量: 28798.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P33442
#11: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S2 / OMNIPOTENT SUPPRESSOR PROTEIN SUP44 / RP12 / S4 / YS5


分子量: 27490.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P25443
#12: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S3 / RP13 / YS3


分子量: 26542.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P05750
#13: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S4-A / RP5 / S7 / YS6


分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX35
#14: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S5 / RP14 / S2 / YS8


分子量: 25072.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P26783
#15: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S6-A / RP9 / S10 / YS4


分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX37
#16: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S7-A / RP30 / RP40


分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P26786
#17: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S8-A / RP19 / S14 / YS9


分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX39
#18: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S9-A / RP21 / S13 / YP28 / YS11


分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: O13516
#19: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S10-A


分子量: 12757.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08745
#20: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S11-A / RP41 / S18 / YS12


分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX47
#21: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S12


分子量: 15488.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P48589
#22: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S13 / S27A / YS15


分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P05756
#23: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S14-A / RP59A


分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P06367
#24: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S15 / RIG PROTEIN / RP52 / S21 / YS21


分子量: 16031.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: Q01855
#25: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S16-A / RP61R


分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX51
#26: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S17-A / RP51A


分子量: 15820.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P02407
#27: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S18-A


分子量: 17071.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX55
#28: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S19-A / RP55A / S16A / YP45 / YS16A


分子量: 15942.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P07280
#29: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S20


分子量: 13929.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P38701
#30: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S21-A / S26 / YS25


分子量: 9758.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0V8
#31: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S22-A / RP50 / S24 / YP58 / YS22


分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0W1
#32: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S23-A / RP37 / S28 / YS14


分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX29
#33: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S24-A / RP50


分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX31
#34: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S25-A / RP45 / S31 / YS23


分子量: 12067.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E792

-
タンパク質 , 6種, 7分子 A5A6A7BmByCLCP

#6: タンパク質 UBIQUITIN-40S RIBOSOMAL PROTEIN S31 / CEP76 / S37 / YS24


分子量: 16559.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P05759
#7: タンパク質 GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN SUBUNIT BETA-LIKE PROTEIN / RECEPTOR FOR ACTIVATED C KINASE / RECEPTOR OF ACTIVATED PROTEIN KINASE C 1 / RACK1


分子量: 34841.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P38011
#8: タンパク質 SUPPRESSOR PROTEIN STM1 / 3BP1 / GU4 NUCLEIC-BINDING PROTEIN 2 / G4P2 PROTEIN / POP2 MULTICOPY SUPPRESSOR PROTEIN 4 / ...3BP1 / GU4 NUCLEIC-BINDING PROTEIN 2 / G4P2 PROTEIN / POP2 MULTICOPY SUPPRESSOR PROTEIN 4 / RIBOSOMAL SUBUNITS ASSOCIATION FACTOR / AF / TOM1 SUPPRESSOR PROTEIN 1 / TRIPLEX-BINDING PROTEIN 1


分子量: 29052.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P39015
#73: タンパク質 UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40 / CEP52


分子量: 14583.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CH08
#79: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1


分子量: 24867.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
#85: タンパク質 EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 5B / EIF-5B / TRANSLATION INITIATION FACTOR IF-2 / INITIATION FACTOR EIF5B


分子量: 37861.547 Da / 分子数: 1 / Fragment: DOMAIN 1 AND 2, RESIDUES 401-739 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P39730

+
60S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 40種, 40分子 BABBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBYBZBaBbBcBd...

#35: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L2-B / L5 / RP8 / YL6


分子量: 27332.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX46
#36: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L3 / MAINTENANCE OF KILLER PROTEIN 8 / RP1 / TRICHODERMIN RESISTANCE PROTEIN YL1


分子量: 43719.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P14126
#37: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L4-A / L2 / RP2 / YL2


分子量: 39027.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P10664
#38: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L5 / L1 / L1A / RIBOSOMAL 5S RNA-BINDING PROTEIN / YL3


分子量: 33633.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P26321
#39: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L6-A / L17 / RP18 / YL16


分子量: 19869.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02326
#40: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7-A / L6 / RP11 / YL8


分子量: 27555.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P05737
#41: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L8-A / L4 / L4-2 / L7A-1 / MAINTENANCE OF KILLER PROTEIN 7 / RP6 / YL5


分子量: 28044.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P17076
#42: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L9-A / L8 / RP24 / YL11


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P05738
#43: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10 / L9 / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX SUBUNIT VI-REQUIRING PROTEIN


分子量: 25279.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P41805
#44: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L11-A / L16 / RP39 / YL22


分子量: 19624.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0W9
#45: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L11-A


分子量: 14826.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
#46: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13-A


分子量: 22472.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12690
#47: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L14-B


分子量: 15063.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P38754
#48: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L15-A / L13 / RP15R / YL10 / YP18


分子量: 24351.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P05748
#49: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L16-A / L13A / L21 / RP22 / YL15


分子量: 22116.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P26784
#50: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17-A / L20A / YL17


分子量: 20458.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P05740
#51: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L18-A / RP28


分子量: 20478.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX49
#52: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L19-B / L23 / RP15L / RP33 / YL14


分子量: 21631.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX83
#53: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L20-B / L18A


分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX24
#54: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L21-A


分子量: 18148.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02753
#55: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L22-A / L1C / RP4 / YL31


分子量: 13580.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P05749
#56: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23-A / L17A / YL32


分子量: 14362.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX41
#57: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L24-A / L30 / RP29 / YL21


分子量: 17661.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P04449
#58: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L25 / RP16L / YL25 / "YP42"


分子量: 15656.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P04456
#59: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L26-A / L33 / YL33


分子量: 14134.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P05743
#60: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27-A


分子量: 15437.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C2H6
#61: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L28 / L27A / L29 / RP44 / RP62 / YL24


分子量: 16630.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P02406
#62: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L29 / YL43


分子量: 6560.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P05747
#63: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L30 / L32 / RP73 / YL38


分子量: 11299.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P14120
#64: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31-A / L34 / YL28


分子量: 12848.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C2H8
#65: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L32


分子量: 14678.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P38061
#66: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L33-A / L37 / RP47 / YL37


分子量: 12045.935 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P05744
#67: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L34-A


分子量: 13542.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P87262
#68: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35-B


分子量: 13811.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX85
#69: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36-A / L39 / YL39


分子量: 11020.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P05745
#70: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L37-A / L43 / YL35 / YP55


分子量: 9746.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P49166
#71: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L38


分子量: 8714.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P49167
#72: タンパク質・ペプチド 60S RIBOSOMAL PROTEIN L39 / L46 / YL40


分子量: 6227.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P04650
#74: タンパク質・ペプチド 60S RIBOSOMAL PROTEIN L41-B / L47 / YL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX87
#75: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L42-A / L41 / YL27 / YP44


分子量: 12115.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX27

-
60S ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN ... , 3種, 3分子 BqBrBs

#76: タンパク質 60S ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P0 / A0 / L10E


分子量: 33749.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P05317
#77: タンパク質・ペプチド 60S ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P1


分子量: 4017.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
#78: タンパク質・ペプチド 60S ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P2


分子量: 3932.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 B2B5B7B8

#80: RNA鎖 18S RIBOSOMAL RNA


分子量: 577937.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
#81: RNA鎖 25S RIBOSOMAL RNA


分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: GenBank: BK006945
#82: RNA鎖 5S RIBOSOMAL RNA


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: GenBank: AE016820
#83: RNA鎖 5.8S RIBOSOMAL RNA


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: GenBank: HQ026735

-
EUKARYOTIC RIBOSOMAL ... , 2種, 2分子 CNCW

#84: RNA鎖 EUKARYOTIC RIBOSOMAL L1_RRNA


分子量: 28286.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
#86: RNA鎖 EUKARYOTIC RIBOSOMAL P_E TRNA


分子量: 24485.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母), (合成) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

-
非ポリマー , 4種, 395分子

#87: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#88: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#89: 化合物...
ChemComp-OHX / osmium (III) hexammine / osmium(6+) hexaazanide


分子量: 286.365 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 合成 / 式: H12N6Os
#90: 化合物 ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸


分子量: 521.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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詳細

配列の詳細THESE ARE PARTS OF THE PROTEIN SEQUENCES MODELED AS UNK RESIDUES.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 80S-EIF5B-MET-ITRNAMET EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION COMPLEX WITH TRNA IN THE PE-SITE AND ONLY DENSITY FOR THE G DOMAIN AND DOMAIN II
タイプ: RIBOSOME
緩衝液名称: 3MM HEPES-KOH, 6.6 MM TRIS-ACETATE PH 7.2, 3 MM NH4CL, 6.6 MM NH4- ACETATE, 48 MM K-ACETATE, 4 MM MG-ACETATE, 2.4 MM DTT
pH: 7.2
詳細: 3MM HEPES-KOH, 6.6 MM TRIS-ACETATE PH 7.2, 3 MM NH4CL, 6.6 MM NH4- ACETATE, 48 MM K-ACETATE, 4 MM MG-ACETATE, 2.4 MM DTT
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: FORMVAR PLUS CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 90, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK II, METHOD- BLOT 2.5 SECONDS BEFORE PLUNGING,

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300 / 日付: 2013年1月15日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 79096 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 85 K
撮影電子線照射量: 16 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 1012
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1CTFFIND3CTF補正
2RELION３次元再構成
CTF補正詳細: EACH PARTICLE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 粒子像の数: 40729 / ピクセルサイズ（実測値）: 1.77 Å
倍率補正: CROSS-CORRELATION BETWEEN CRYO-EM MAP AND CRYSTAL STRUCTURE
詳細: USE A NEWLY DEVELOPED STATISTICAL MOVIE PROCESSING APPROACH TO COMPENSATE FOR BEAM-INDUCED MOVEMENT. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2421. (DEPOSITION ID: 11807).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 詳細: METHOD--RIGID-BODY FITTING
精密化最高解像度: 4.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 4.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39033 0 4 0 39037

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る