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万見
- PDB-4ui9: Atomic structure of the human Anaphase-Promoting Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ui9
タイトルAtomic structure of the human Anaphase-Promoting Complex
要素
  • (ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT ...) x 12
  • (CELL DIVISION CYCLE PROTEIN ...) x 4
  • (PEPTIDE) x 2
  • F-BOX ONLY PROTEIN 5
  • FIZZY-RELATED PROTEIN HOMOLOG
キーワードCELL CYCLE / UBIQUITINATION / APC/C / APC SUBUNITS / ANAPHASE PROMOTING COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA endoreduplication / positive regulation of biomineral tissue development / negative regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of synapse maturation / regulation of meiotic nuclear division ...negative regulation of DNA endoreduplication / positive regulation of biomineral tissue development / negative regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of synapse maturation / regulation of meiotic nuclear division / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / positive regulation of synaptic plasticity / anaphase-promoting complex / Phosphorylation of Emi1 / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / vesicle organization / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / protein branched polyubiquitination / lens fiber cell differentiation / Phosphorylation of the APC/C / anaphase-promoting complex binding / regulation of exit from mitosis / positive regulation of dendrite morphogenesis / spindle assembly involved in female meiosis I / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin ligase activator activity / protein K11-linked ubiquitination / meiotic spindle / oocyte maturation / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / molecular function inhibitor activity / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / mitotic metaphase chromosome alignment / regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / G1/S-Specific Transcription / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / microtubule polymerization / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / regulation of DNA replication / Transcriptional Regulation by VENTX / negative regulation of cellular senescence / cullin family protein binding / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / enzyme-substrate adaptor activity / ubiquitin ligase inhibitor activity / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of axon extension / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / protein K48-linked ubiquitination / heterochromatin / intercellular bridge / nuclear periphery / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / regulation of mitotic cell cycle / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / G protein-coupled receptor binding / brain development / kinetochore / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / spindle / neuron projection development / ubiquitin-protein transferase activity / mitotic spindle / ubiquitin protein ligase activity / Separation of Sister Chromatids / nervous system development / mitotic cell cycle / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / microtubule cytoskeleton / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein phosphatase binding / nuclear membrane / molecular adaptor activity / cell differentiation / protein ubiquitination / negative regulation of gene expression / cell division / DNA repair / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / protein kinase binding / nucleolus
類似検索 - 分子機能
Zinc finger ZBR-type domain / : / Zinc finger ZBR-type profile. / : / F-box domain / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / : / CDC20/Fizzy WD40 domain / The WD repeat Cdc20/Fizzy family ...Zinc finger ZBR-type domain / : / Zinc finger ZBR-type profile. / : / F-box domain / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / : / CDC20/Fizzy WD40 domain / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / : / APC4, WD40 domain C-terminal half / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain / : / : / : / Anaphase-promoting complex subunit 1 WD40 beta-propeller domain / Anaphase-promoting complex sub unit 1 C-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 middle domain / APC1 beta sandwich domain / Anaphase-promoting complex subunit 5, N-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex, subunit 16 / Cdc23 / Apc13 / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Apc13p protein / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 4 long domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit APC10/Doc1 / Anaphase-promoting complex, subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex APC subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 11, RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 5 domain / Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 2, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / IBR domain / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / TPR repeat / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / F-box domain / Tetratricopeptide repeat / : / Cullin / Tetratricopeptide repeat / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin alpha solenoid domain / Cullin family profile. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Tetratricopeptide repeat / Herpes Virus-1 / Galactose-binding domain-like / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Tetratricopeptide repeat / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Jelly Rolls / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 7 ...Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 7 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 2 / F-box only protein 5 / Fizzy-related protein homolog / Anaphase-promoting complex subunit 10
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Chang, L. / Zhang, Z. / Yang, J. / McLaughlin, S.H. / Barford, D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Atomic structure of the APC/C and its mechanism of protein ubiquitination.
著者: Leifu Chang / Ziguo Zhang / Jing Yang / Stephen H McLaughlin / David Barford /
要旨: The anaphase-promoting complex (APC/C) is a multimeric RING E3 ubiquitin ligase that controls chromosome segregation and mitotic exit. Its regulation by coactivator subunits, phosphorylation, the ...The anaphase-promoting complex (APC/C) is a multimeric RING E3 ubiquitin ligase that controls chromosome segregation and mitotic exit. Its regulation by coactivator subunits, phosphorylation, the mitotic checkpoint complex and interphase early mitotic inhibitor 1 (Emi1) ensures the correct order and timing of distinct cell-cycle transitions. Here we use cryo-electron microscopy to determine atomic structures of APC/C-coactivator complexes with either Emi1 or a UbcH10-ubiquitin conjugate. These structures define the architecture of all APC/C subunits, the position of the catalytic module and explain how Emi1 mediates inhibition of the two E2s UbcH10 and Ube2S. Definition of Cdh1 interactions with the APC/C indicates how they are antagonized by Cdh1 phosphorylation. The structure of the APC/C with UbcH10-ubiquitin reveals insights into the initiating ubiquitination reaction. Our results provide a quantitative framework for the design of future experiments to investigate APC/C functions in vivo.
履歴
登録2015年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月24日Group: Other
改定 1.22015年7月1日Group: Database references
改定 1.32017年8月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.42019年4月24日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2924
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 1
B: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 11
C: CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 23 HOMOLOG
D: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 15
E: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 16
F: CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 27 HOMOLOG
G: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT CDC26
H: CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 27 HOMOLOG
I: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 4
J: CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 16 HOMOLOG
K: CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 16 HOMOLOG
L: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 10
M: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 13
N: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 2
O: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 5
P: CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 23 HOMOLOG
R: FIZZY-RELATED PROTEIN HOMOLOG
S: F-BOX ONLY PROTEIN 5
T: PEPTIDE
U: PEPTIDE
W: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT CDC26
X: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 7
Y: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,272,96128
ポリマ－1,272,63423
非ポリマー3275
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

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ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT ... , 12種, 13分子 ABDEGILMNOWXY

#1: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 1 / APC1 / CYCLOSOME SUBUNIT 1 / MITOTIC CHECKPOINT REGULATOR / TESTIS-SPECIFIC GENE 24 PROTEIN / APC1 ...APC1 / CYCLOSOME SUBUNIT 1 / MITOTIC CHECKPOINT REGULATOR / TESTIS-SPECIFIC GENE 24 PROTEIN / APC1 / CYCLOSOME SUBUNIT 1 / MITOTIC CHECKPOINT REGULATOR / TESTIS-SPECIFIC GENE 24 PROTEIN


分子量: 216777.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H1A4
#2: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 11 / APC11 / CYCLOSOME SUBUNIT 11 / HEPATOCELLULAR CARCINOMA-ASSOCIATED RING FINGER PROTEIN / APC11 / ...APC11 / CYCLOSOME SUBUNIT 11 / HEPATOCELLULAR CARCINOMA-ASSOCIATED RING FINGER PROTEIN / APC11 / CYCLOSOME SUBUNIT 11 / HEPATOCELLULAR CARCINOMA- ASSOCIATED RING FINGER PROTEIN


分子量: 9866.702 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NYG5
#4: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 15 / APC15 / APC15


分子量: 14302.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P60006
#5: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 16 / APC16 / CYCLOSOME SUBUNIT 16 / APC16 / CYCLOSOME SUBUNIT 16


分子量: 11677.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q96DE5
#7: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT CDC26 / ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 12 / APC12 / CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 26 HOMOLOG / ANAPHASE- ...ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 12 / APC12 / CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 26 HOMOLOG / ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 12 / APC12 / CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 26 HOMOLOG


分子量: 9808.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NHZ8
#8: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 4 / APC4 / CYCLOSOME SUBUNIT 4 / APC4 / CYCLOSOME SUBUNIT 4


分子量: 92205.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UJX5
#11: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 10 / APC10 / CYCLOSOME SUBUNIT 10 / APC10 / CYCLOSOME SUBUNIT 10


分子量: 21021.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UM13
#12: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 13 / APC13 / CYCLOSOME SUBUNIT 13 / APC13 / CYCLOSOME SUBUNIT 13


分子量: 8528.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BS18
#13: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 2 / APC2 / CYCLOSOME SUBUNIT 2 / APC2 / CYCLOSOME SUBUNIT 2


分子量: 93938.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UJX6
#14: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 5 / APC5 / CYCLOSOME SUBUNIT 5 / APC5 / CYCLOSOME SUBUNIT 5


分子量: 85216.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UJX4
#19: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT CDC26 / ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 12 / APC12 / CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 26 HOMOLOG / ANAPHASE- ...ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 12 / APC12 / CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 26 HOMOLOG / ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 12 / APC12 / CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 26 HOMOLOG


分子量: 9793.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NHZ8
#20: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 7 / APC7 / CYCLOSOME SUBUNIT 7 / APC7 / CYCLOSOME SUBUNIT 7


分子量: 63106.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UJX3

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CELL DIVISION CYCLE PROTEIN ... , 4種, 6分子 CPFHJK

#3: タンパク質 CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 23 HOMOLOG / ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 8 / APC8 / CYCLOSOME SUBUNIT 8 / ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX ...ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 8 / APC8 / CYCLOSOME SUBUNIT 8 / ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 8 / APC8 / CYCLOSOME SUBUNIT 8


分子量: 68356.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UJX2
#6: タンパク質 CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 27 HOMOLOG / ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 3 / APC3 / CDC27 HOMOLOG / CDC27HS / H-NUC / ANAPHASE-PROMOTING ...ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 3 / APC3 / CDC27 HOMOLOG / CDC27HS / H-NUC / ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 3 / APC3 / CDC27 HOMOLOG / CDC27HS / H-NUC


分子量: 92005.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P30260
#9: タンパク質 CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 16 HOMOLOG / ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 6 / APC6 / CDC16 HOMOLOG / CDC16HS / CYCLOSOME SUBUNIT 6 / ...ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 6 / APC6 / CDC16 HOMOLOG / CDC16HS / CYCLOSOME SUBUNIT 6 / ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 6 / APC6 / CDC16 HOMOLOG / CDC16HS / CYCLOSOME SUBUNIT 6


分子量: 71747.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q13042
#10: タンパク質 CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 16 HOMOLOG / ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 6 / APC6 / CDC16 HOMOLOG / CDC16HS / CYCLOSOME SUBUNIT 6 / ...ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 6 / APC6 / CDC16 HOMOLOG / CDC16HS / CYCLOSOME SUBUNIT 6 / ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 6 / APC6 / CDC16 HOMOLOG / CDC16HS / CYCLOSOME SUBUNIT 6


分子量: 71806.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q13042

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タンパク質 , 2種, 2分子 RS

#15: タンパク質 FIZZY-RELATED PROTEIN HOMOLOG / FZR / CDC20-LIKE PROTEIN 1 / CDH1/HCT1 HOMOLOG / HCDH1 / FZR / C DC20-LIKE PROTEIN 1 / CDH1/HCT1 ...FZR / CDC20-LIKE PROTEIN 1 / CDH1/HCT1 HOMOLOG / HCDH1 / FZR / C DC20-LIKE PROTEIN 1 / CDH1/HCT1 HOMOLOG / HCDH1


分子量: 54838.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UM11
#16: タンパク質 F-BOX ONLY PROTEIN 5 / EARLY MITOTIC INHIBITOR 1 / EARLY MITOTIC INHIBITOR 1


分子量: 50297.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UKT4

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 TU

#17: タンパク質・ペプチド PEPTIDE


分子量: 1609.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト)
#18: タンパク質・ペプチド PEPTIDE


分子量: 2258.669 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UKT4*PLUS

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非ポリマー , 1種, 5分子

#21: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: HUMAN ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX / タイプ: COMPLEX
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2014年2月9日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 78000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm
撮影電子線照射量: 27 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1REFMACモデルフィッティング
2RELION３次元再構成
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 粒子像の数: 202084 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.36 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.36 Å / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数66443 0 5 0 66448

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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