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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4d67 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structures of ribosomal 80S complexes with termination factors and cricket paralysis virus IRES reveal the IRES in the translocated state | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / CRPV IRES / TERMINATION / RELEASE FACTORS | |||||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9 Å | |||||||||
データ登録者 | Muhs, M. / Hilal, T. / Mielke, T. / Skabkin, M.A. / Sanbonmatsu, K.Y. / Pestova, T.V. / Spahn, C.M.T. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2015 タイトル: Cryo-EM of ribosomal 80S complexes with termination factors reveals the translocated cricket paralysis virus IRES. 著者: Margarita Muhs / Tarek Hilal / Thorsten Mielke / Maxim A Skabkin / Karissa Y Sanbonmatsu / Tatyana V Pestova / Christian M T Spahn / 要旨: The cricket paralysis virus (CrPV) uses an internal ribosomal entry site (IRES) to hijack the ribosome. In a remarkable RNA-based mechanism involving neither initiation factor nor initiator tRNA, the ...The cricket paralysis virus (CrPV) uses an internal ribosomal entry site (IRES) to hijack the ribosome. In a remarkable RNA-based mechanism involving neither initiation factor nor initiator tRNA, the CrPV IRES jumpstarts translation in the elongation phase from the ribosomal A site. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) maps of 80S⋅CrPV-STOP ⋅ eRF1 ⋅ eRF3 ⋅ GMPPNP and 80S⋅CrPV-STOP ⋅ eRF1 complexes, revealing a previously unseen binding state of the IRES and directly rationalizing that an eEF2-dependent translocation of the IRES is required to allow the first A-site occupation. During this unusual translocation event, the IRES undergoes a pronounced conformational change to a more stretched conformation. At the same time, our structural analysis provides information about the binding modes of eRF1 ⋅ eRF3 ⋅ GMPPNP and eRF1 in a minimal system. It shows that neither eRF3 nor ABCE1 are required for the active conformation of eRF1 at the intersection between eukaryotic termination and recycling. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "VB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "fA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4d67.cif.gz | 2.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4d67.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 4d67.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4d67_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4d67_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4d67_validation.xml.gz | 191.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4d67_validation.cif.gz | 347.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/4d67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/4d67 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+60S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 42種, 42分子 ABCDEFGHIJLMNOPQRSTUVWXYZabcde...
-タンパク質 , 1種, 1分子 m
#38: タンパク質 | 分子量: 14758.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) |
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-RNA鎖 , 3種, 3分子 234
#44: RNA鎖 | 分子量: 1625917.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) |
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#45: RNA鎖 | 分子量: 62616.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) |
#46: RNA鎖 | 分子量: 38998.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) |
-詳細
Has protein modification | Y |
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配列の詳細 | AUTHORS HAVE USED HUMAN SEQUENCE FOR MODEL BUILDING, WITH FOLLOWING PDB-GENBANK OR UNIPROT RESIDUE ...AUTHORS HAVE USED HUMAN SEQUENCE FOR MODEL BUILDING, WITH FOLLOWING PDB-GENBANK OR UNIPROT RESIDUE MAPPING: CHAIN: A 1-257 UNP P62917 1- 257 CHAIN: B 1-403 UNP P39023 1- 403 CHAIN: C 1-427 UNP P36578 1- 427 CHAIN: D 1-297 UNP P46777 1- 297 CHAIN: E 1-288 UNP Q02878 1- 288 CHAIN: F 1-248 UNP P18124 1- 248 CHAIN: G 1-266 UNP P62424 1- 266 CHAIN: H 1-192 UNP P32969 1- 192 CHAIN: I 1-214 UNP P27635 1- 214 CHAIN: J 1-178 UNP P62913 1- 178 CHAIN: L 1-211 UNP P26373 1- 211 CHAIN: M 1-215 UNP P50914 1- 215 CHAIN: N 1-204 UNP P61313 1- 204 CHAIN: O 1-203 UNP P40429 1- 203 CHAIN: P 1-184 UNP P18621 1- 184 CHAIN: Q 1-188 UNP Q07020 1- 188 CHAIN: R 1-196 UNP P84098 1- 196 CHAIN: S 1-176 UNP Q02543 1- 176 CHAIN: T 1-160 UNP P46778 1- 160 CHAIN: U 1-128 UNP P35268 1- 128 CHAIN: V 1-140 UNP P62829 1- 140 CHAIN: W 1-157 UNP P83731 1- 157 CHAIN: X 1-156 UNP P62750 1- 156 CHAIN: Y 1-145 UNP P61254 1- 145 CHAIN: Z 1-136 UNP P61353 1- 136 CHAIN: a 1-148 UNP P46776 1- 148 CHAIN: b 1-159 UNP P47914 1- 159 CHAIN: c 1-115 UNP P62888 1- 115 CHAIN: d 1-125 UNP P62899 1- 125 CHAIN: e 1-135 UNP P62910 1- 135 CHAIN: f 1-110 UNP P18077 1- 110 CHAIN: g 1-117 UNP P49207 1- 117 CHAIN: h 1-123 UNP P42766 1- 123 CHAIN: i 1-105 UNP Q9Y3U8 1- 105 CHAIN: j 1- 97 UNP P61927 1- 97 CHAIN: k 1- 70 UNP P63173 1- 70 CHAIN: l 1- 51 UNP P62891 1- 51 CHAIN: m 1-128 UNP P62987 1- 128 CHAIN: n 1- 25 UNP P62945 1- 25 CHAIN: o 1-106 UNP P83881 1- 106 CHAIN: p 1- 92 UNP P61513 1- 92 CHAIN: t 1-137 UNP P46779 1- 137 CHAIN: u 1-210 UNP P62906 1- 210 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RIBOSOMAL 80S TERMINATION COMPLEX WITH CRPV IRES- RNA, ERF1 AND ERF3 タイプ: RIBOSOME / 詳細: MICROGRAPH SELECTED FOR ASTIGMATISM AND DRIFT |
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緩衝液 | 名称: 20 MM TRIS PH 7.5, 100 MM KCL, 1 MM DTT, 8.5 MM MGCL2, 0.133 MM GTP, 2.33 MM GMPPNP pH: 7.5 詳細: 20 MM TRIS PH 7.5, 100 MM KCL, 1 MM DTT, 8.5 MM MGCL2, 0.133 MM GTP, 2.33 MM GMPPNP |
試料 | 濃度: 1.38 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2012年11月5日 / 詳細: MINIMAL DOSE SYSTEM |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 115000 X / 倍率(補正後): 194805 X / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2 mm |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 2000 |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: DEFOCUS GROUPS | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: MULTI-REFERENCE TEMPLATE MATCHING / 解像度: 9 Å / 粒子像の数: 64902 / ピクセルサイズ(公称値): 1.56 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.56 Å 倍率補正: CROSS- -CORRELATION DENSITIES WITH REFERENCE STRUCTURE 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--RIGID BODY | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4CXD 4cxd Accession code: 4CXD / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 9 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 9 Å
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