+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4d5n | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structures of ribosomal 80S complexes with termination factors and cricket paralysis virus IRES reveal the IRES in the translocated state | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | RIBOSOME/RNA / RIBOSOME-RNA COMPLEX / CRPV IRES / RIBOSOME / TERMINATION / RELEASE FACTORS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translation termination factor activity / translation release factor complex / cytoplasmic translational termination / translation release factor activity / regulation of translational termination / translation release factor activity, codon specific / protein methylation / sequence-specific mRNA binding / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay ...translation termination factor activity / translation release factor complex / cytoplasmic translational termination / translation release factor activity / regulation of translational termination / translation release factor activity, codon specific / protein methylation / sequence-specific mRNA binding / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Protein hydroxylation / Eukaryotic Translation Termination / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / translational termination / cytosolic ribosome / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ribosome binding / RNA binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) CRICKET PARALYSIS VIRUS (ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9 Å | |||||||||
データ登録者 | Muhs, M. / Hilal, T. / Mielke, T. / Skabkin, M.A. / Sanbonmatsu, K.Y. / Pestova, T.V. / Spahn, C.M.T. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2015 タイトル: Cryo-EM of ribosomal 80S complexes with termination factors reveals the translocated cricket paralysis virus IRES. 著者: Margarita Muhs / Tarek Hilal / Thorsten Mielke / Maxim A Skabkin / Karissa Y Sanbonmatsu / Tatyana V Pestova / Christian M T Spahn / 要旨: The cricket paralysis virus (CrPV) uses an internal ribosomal entry site (IRES) to hijack the ribosome. In a remarkable RNA-based mechanism involving neither initiation factor nor initiator tRNA, the ...The cricket paralysis virus (CrPV) uses an internal ribosomal entry site (IRES) to hijack the ribosome. In a remarkable RNA-based mechanism involving neither initiation factor nor initiator tRNA, the CrPV IRES jumpstarts translation in the elongation phase from the ribosomal A site. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) maps of 80S⋅CrPV-STOP ⋅ eRF1 ⋅ eRF3 ⋅ GMPPNP and 80S⋅CrPV-STOP ⋅ eRF1 complexes, revealing a previously unseen binding state of the IRES and directly rationalizing that an eEF2-dependent translocation of the IRES is required to allow the first A-site occupation. During this unusual translocation event, the IRES undergoes a pronounced conformational change to a more stretched conformation. At the same time, our structural analysis provides information about the binding modes of eRF1 ⋅ eRF3 ⋅ GMPPNP and eRF1 in a minimal system. It shows that neither eRF3 nor ABCE1 are required for the active conformation of eRF1 at the intersection between eukaryotic termination and recycling. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4d5n.cif.gz | 230 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4d5n.ent.gz | 169.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4d5n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4d5n_validation.pdf.gz | 799.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4d5n_full_validation.pdf.gz | 860.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4d5n_validation.xml.gz | 30.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4d5n_validation.cif.gz | 44.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/4d5n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/4d5n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2810MC 2813C 4d5lC 4d5yC 4d61C 4d67C 4d66 4d68 C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49040.711 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 5-437 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62495 |
---|---|
#2: RNA鎖 | 分子量: 64363.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) CRICKET PARALYSIS VIRUS (ウイルス) / 参照: GenBank: 8895506 |
配列の詳細 | FIRST CODING TRIPLET MUTATED TO STOP |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: CRICKET PARALYSIS VIRUS IRES RNA BOUND TO MAMMALIAN 80S RIBOSOME AND ERF1 タイプ: RIBOSOME / 詳細: MICROGRAPHS SELECTED FOR ASTIGMATISM AND DRIFT |
---|---|
緩衝液 | 名称: 20 MM TRIS PH 7.5, 100 MM KCL, 1 MM DTT, 2.5 MM MGCL2, 0.5 MM GTP pH: 7.5 詳細: 20 MM TRIS PH 7.5, 100 MM KCL, 1 MM DTT, 2.5 MM MGCL2, 0.5 MM GTP |
試料 | 濃度: 1.38 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2012年4月17日 / 詳細: GOOD MICROGRAPHS SELECTED FOR ASTIGMATISM AND DRIFT |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 39000 X / 倍率(補正後): 65520 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 温度: 77 K |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
画像スキャン | デジタル画像の数: 366 |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | 詳細: DEFOCUS GROUPS | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: MULTI-REFERENCE TEMPLATE MATCHING / 解像度: 9 Å / 粒子像の数: 109596 / ピクセルサイズ(公称値): 1.56 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.56 Å 倍率補正: CROSS- -CORRELATION DENSITIES WITH REFERENCE STRUCTURE 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2810. (DEPOSITION ID: 12907). 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--RIGID BODY, FLEXIBLE FIT | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 9 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 9 Å
|