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- PDB-4bt0: MuB is an AAAplus ATPase that forms helical filaments to control ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bt0
タイトルMuB is an AAAplus ATPase that forms helical filaments to control target selection for DNA transposition
要素(TRANSCRIPTIONAL REGULATOR) x 2
キーワードTRANSCRIPTION / AAA+ ATPASE / DNA TRANSPOSITION / NUCLEOPROTEIN FILAMENT / SYMMETRY MISMATCH
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Response regulator receiver domain ...Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Homeobox-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Transcriptional regulator (NtrC family)
類似検索 - 構成要素
生物種ENTEROBACTERIA PHAGE MU (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17 Å
データ登録者Mizuno, N. / Dramicanin, M. / Mizuuchi, M. / Adam, J. / Wang, Y. / Han, Y.W. / Yang, W. / Steven, A.C. / Mizuuchi, K. / Ramon-Maiques, S.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2013
タイトル: MuB is an AAA+ ATPase that forms helical filaments to control target selection for DNA transposition.
著者: Naoko Mizuno / Marija Dramićanin / Michiyo Mizuuchi / Julia Adam / Yi Wang / Yong-Woon Han / Wei Yang / Alasdair C Steven / Kiyoshi Mizuuchi / Santiago Ramón-Maiques /
要旨: MuB is an ATP-dependent nonspecific DNA-binding protein that regulates the activity of the MuA transposase and captures target DNA for transposition. Mechanistic understanding of MuB function has ...MuB is an ATP-dependent nonspecific DNA-binding protein that regulates the activity of the MuA transposase and captures target DNA for transposition. Mechanistic understanding of MuB function has previously been hindered by MuB's poor solubility. Here we combine bioinformatic, mutagenic, biochemical, and electron microscopic analyses to unmask the structure and function of MuB. We demonstrate that MuB is an ATPase associated with diverse cellular activities (AAA+ ATPase) and forms ATP-dependent filaments with or without DNA. We also identify critical residues for MuB's ATPase, DNA binding, protein polymerization, and MuA interaction activities. Using single-particle electron microscopy, we show that MuB assembles into a helical filament, which binds the DNA in the axial channel. The helical parameters of the MuB filament do not match those of the coated DNA. Despite this protein-DNA symmetry mismatch, MuB does not deform the DNA duplex. These findings, together with the influence of MuB filament size on strand-transfer efficiency, lead to a model in which MuB-imposed symmetry transiently deforms the DNA at the boundary of the MuB filament and results in a bent DNA favored by MuA for transposition.
履歴
登録2013年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22013年8月7日Group: Derived calculations
改定 1.32017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_software
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - representative helical assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2398
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2398
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8154
ポリマ－27,9602
非ポリマー8542
水00
1
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR
ヘテロ分子
x 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,70328
ポリマ－195,72214
非ポリマー5,98114
水0
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation6
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit, std helical frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 7 / Rise per n subunits: 9.01 Å / Rotation per n subunits: 66.2 °)
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1generate(-0.947768, -0.318959), (0.318959, -0.947768), (1)-27.03
2generate(-0.674302, 0.738455), (-0.738455, -0.674302), (1)-18.02
3generate(0.403545, 0.91496), (-0.91496, 0.403545), (1)-9.01
4given(1), (1), (1)
5generate(0.403545, -0.91496), (0.91496, 0.403545), (1)9.01
6generate(-0.674302, -0.738455), (0.738455, -0.674302), (1)18.02
7generate(-0.947768, 0.318959), (-0.318959, -0.947768), (1)27.03

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / MUB AAAPLUS ATPASE


分子量: 8562.894 Da / 分子数: 1 / 断片: AAAPLUS DOMAIN, RESIDUES 312-384 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ENTEROBACTERIA PHAGE MU (ファージ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O67198
#2: タンパク質 TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / MUB AAAPLUS ATPASE


分子量: 19397.400 Da / 分子数: 1 / 断片: AAAPLUS DOMAIN, RESIDUES 137-309 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ENTEROBACTERIA PHAGE MU (ファージ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O67198
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MUB FILAMENT WITH DNA / タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: 30 MM TRISHCL PH 8.0, 0.3 M KCL, 5MM MGCL2, 1MM DTT, 1 MM ATP OR ATP-GAMMA-S
pH: 8
詳細: 30 MM TRISHCL PH 8.0, 0.3 M KCL, 5MM MGCL2, 1MM DTT, 1 MM ATP OR ATP-GAMMA-S
試料濃度: 0.07 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM200FEG / 日付: 2008年4月27日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 38000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
試料ホルダ温度: 82 K
撮影電子線照射量: 15 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
画像スキャンデジタル画像の数: 109

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2Bsoft３次元再構成
3EMAN３次元再構成
4SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: PHASE-FLIPPING
3次元再構成手法: IHRSR / 解像度: 17 Å / ピクセルサイズ（公称値）: 2.8 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.8 Å
倍率補正: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2398. (DEPOSITION ID: 11698)
対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--ELECTRON MICROSCPY
原子モデル構築PDB-ID: 1NY6

1ny6


Accession code: 1NY6 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1969 0 54 0 2023

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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