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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jcc | ||||||
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タイトル | Structure of Simian Immunodeficiency Virus Envelope Spikes bound with CD4 and Monoclonal Antibody 36D5 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() helper T cell enhancement of adaptive immune response / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hu, G. / Liu, J. / Roux, K. / Taylor, K.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Simian Immunodeficiency Virus Envelope Spikes Bound with CD4 and Monoclonal Antibody 36D5. 著者: Guiqing Hu / Jun Liu / Kenneth H Roux / Kenneth A Taylor / ![]() 要旨: The human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1)/simian immunodeficiency virus (SIV) envelope spike (Env) mediates viral entry into host cells. The V3 loop of the gp120 component of the Env trimer ...The human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1)/simian immunodeficiency virus (SIV) envelope spike (Env) mediates viral entry into host cells. The V3 loop of the gp120 component of the Env trimer contributes to the coreceptor binding site and is a target for neutralizing antibodies. We used cryo-electron tomography to visualize the binding of CD4 and the V3 loop monoclonal antibody (MAb) 36D5 to gp120 of the SIV Env trimer. Our results show that 36D5 binds gp120 at the base of the V3 loop and suggest that the antibody exerts its neutralization effect by blocking the coreceptor binding site. The antibody does this without altering the dynamics of the spike motion between closed and open states when CD4 is bound. The interaction between 36D5 and SIV gp120 is similar to the interaction between some broadly neutralizing anti-V3 loop antibodies and HIV-1 gp120. Two conformations of gp120 bound with CD4 are revealed, suggesting an intrinsic dynamic nature of the liganded Env trimer. CD4 binding substantially increases the binding of 36D5 to gp120 in the intact Env trimer, consistent with CD4-induced changes in the conformation of gp120 and the antibody binding site. Binding by MAb 36D5 does not substantially alter the proportions of the two CD4-bound conformations. The position of MAb 36D5 at the V3 base changes little between conformations, indicating that the V3 base serves as a pivot point during the transition between these two states. Glycoprotein spikes on the surfaces of SIV and HIV are the sole targets available to the immune system for antibody neutralization. Spikes evade the immune system by a combination of a thick layer of polysaccharide on the surface (the glycan shield) and movement between spike domains that masks the epitope conformation. Using SIV virions whose spikes were "decorated" with the primary cellular receptor (CD4) and an antibody (36D5) at part of the coreceptor binding site, we visualized multiple conformations trapped by the rapid freezing step, which were separated using statistical analysis. Our results show that the CD4-induced conformational dynamics of the spike enhances binding of the antibody. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 372.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 306.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 50130.594 Da / 分子数: 3 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: SIV239/251tail/Supt-CCR5 CL.30 / 参照: UniProt: A0A3B6UDT5*PLUS #2: 抗体 | | 分子量: 22291.643 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: 抗体 | | 分子量: 25115.289 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 19442.045 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-200 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 配列の詳細 | ENVELOPE GLYCOPROTE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 |
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ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / ホストのカテゴリ: VERTEBRATES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 詳細: Plunged into liquid ethane. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 / 日付: 2008年8月16日 |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: OTHER / 資料ホルダタイプ: unidentified / 傾斜角・最大: 65 ° / 傾斜角・最小: -65 ° |
撮影 | 電子線照射量: 100 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k) |
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解析
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||
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3次元再構成![]() | 粒子像の数: 1796 / ピクセルサイズ(公称値): 5.7 Å / ピクセルサイズ(実測値): 5.7 Å / 詳細: (Subtomogram Averaging--Applied Symmetry: C1) / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4NCO | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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