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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jaa | ||||||
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タイトル | HUMAN DNA POLYMERASE ETA in COMPLEX WITH NORMAL DNA AND INCO NUCLEOTIDE (NRM) | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/DNA / POL ETA / POLYMERASE / THYMINE DIMER / CPD / XPV / XERODERMA PIGM VARIANT / DNA DAMAGE / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to UV-C / DNA synthesis involved in DNA repair / error-free translesion synthesis / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / error-prone translesion synthesis / regulation of DNA repair / replication fork / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH ...response to UV-C / DNA synthesis involved in DNA repair / error-free translesion synthesis / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / error-prone translesion synthesis / regulation of DNA repair / replication fork / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH / response to radiation / HDR through Homologous Recombination (HRR) / site of double-strand break / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22 Å | ||||||
データ登録者 | Lau, W.C.Y. / Li, Y. / Zhang, Q. / Huen, M.S.Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015 タイトル: Molecular architecture of the Ub-PCNA/Pol η complex bound to DNA. 著者: Wilson C Y Lau / Yinyin Li / Qinfen Zhang / Michael S Y Huen / 要旨: Translesion synthesis (TLS) is the mechanism by which DNA polymerases replicate through unrepaired DNA lesions. TLS is activated by monoubiquitination of the homotrimeric proliferating cell nuclear ...Translesion synthesis (TLS) is the mechanism by which DNA polymerases replicate through unrepaired DNA lesions. TLS is activated by monoubiquitination of the homotrimeric proliferating cell nuclear antigen (PCNA) at lysine-164, followed by the switch from replicative to specialized polymerases at DNA damage sites. Pol η belongs to the Y-Family of specialized polymerases that can efficiently bypass UV-induced lesions. Like other members of the Y-Family polymerases, its recruitment to the damaged sites is mediated by the interaction with monoubiquitinated PCNA (Ub-PCNA) via its ubiquitin-binding domain and non-canonical PCNA-interacting motif in the C-terminal region. The structural determinants underlying the direct recognition of Ub-PCNA by Pol η, or Y-Family polymerases in general, remain largely unknown. Here we report a structure of the Ub-PCNA/Pol η complex bound to DNA determined by single-particle electron microscopy (EM). The overall obtained structure resembles that of the editing PCNA/PolB complex. Analysis of the map revealed the conformation of ubiquitin that binds the C-terminal domain of Pol η. Our present study suggests that the Ub-PCNA/Pol η interaction requires the formation of a structured binding interface, which is dictated by the inherent flexibility of Ub-PCNA. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
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ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3jaa.cif.gz | 129.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3jaa.ent.gz | 93.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3jaa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3jaa_validation.pdf.gz | 897.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3jaa_full_validation.pdf.gz | 899 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3jaa_validation.xml.gz | 21.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3jaa_validation.cif.gz | 34.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/3jaa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/3jaa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 48617.707 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC CORE (RESIDUES 1-432) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLH, RAD30, RAD30A, XPV / プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q9Y253, DNA-directed DNA polymerase |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 TP
#2: DNA鎖 | 分子量: 3941.584 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA TEMPLATE / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 2730.810 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA PRIMER / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 4種, 412分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 / 使用した結晶の数: 1 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ub-PCNA/Pol eta/DNA / タイプ: COMPLEX 詳細: Monomeric catalytic core of Pol eta binds to one homotrimeric Ub-PCNA |
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分子量 | 値: 0.2 MDa / 実験値: YES |
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 5 mM MgCl2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO 詳細: 50 mM Tris-HCl, 5 mM MgCl2 (Stain Details Grids with adsorbed protein floated on two 20 ul drops of 2% w/v uranyl acetate solution for 30 seconds) |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 染色剤: Uranyl Acetate |
試料支持 | 詳細: Continuous carbon coated copper grids (Ted Pella), glow-discharged for 30 seconds |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 2010 / 日付: 2014年11月12日 |
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電子銃 | 電子線源: LAB6 / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X / カメラ長: 0 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 18 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Particles | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Projection matching / 解像度: 22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7330 / 詳細: (Single particle--Applied symmetry: C1) / クラス平均像の数: 227 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--RIGID BODY | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3MR2 Accession code: 3MR2 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |