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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j96 | ||||||
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タイトル | Structure of 20S supercomplex determined by single particle cryoelectron microscopy (State I) | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / vesicle trafficking | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 soluble NSF attachment protein activity / Intra-Golgi traffic / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / trans-Golgi Network Vesicle Budding / BLOC-1 complex / SNARE complex disassembly / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / myosin head/neck binding ...soluble NSF attachment protein activity / Intra-Golgi traffic / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / trans-Golgi Network Vesicle Budding / BLOC-1 complex / SNARE complex disassembly / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / myosin head/neck binding / exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / Other interleukin signaling / ribbon synapse / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / extrinsic component of presynaptic membrane / Lysosome Vesicle Biogenesis / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / positive regulation of norepinephrine secretion / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / COPII-mediated vesicle transport / positive regulation of catecholamine secretion / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / protein-containing complex disassembly / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / zymogen granule membrane / regulated exocytosis / presynaptic dense core vesicle exocytosis / synaptic vesicle docking / regulation of synaptic vesicle priming / storage vacuole / regulation of establishment of protein localization / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / response to gravity / vesicle-mediated transport in synapse / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / vesicle fusion / eosinophil degranulation / vesicle docking / chloride channel inhibitor activity / secretion by cell / ATP-dependent protein disaggregase activity / SNARE complex / SNAP receptor activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / regulation of exocytosis / regulation of vesicle-mediated transport / Clathrin-mediated endocytosis / LGI-ADAM interactions / calcium-ion regulated exocytosis / hormone secretion / intra-Golgi vesicle-mediated transport / actomyosin / positive regulation of intracellular protein transport / Golgi to plasma membrane protein transport / neurotransmitter secretion / apical protein localization / positive regulation of hormone secretion / Golgi stack / neurotransmitter receptor internalization / protein localization to membrane / ATP-dependent protein binding / neuron projection terminus / positive regulation of ATP-dependent activity / vesicle-fusing ATPase / regulation of synaptic vesicle recycling / insulin secretion / neurotransmitter transport / syntaxin binding / syntaxin-1 binding / clathrin-coated vesicle / SNARE complex assembly / positive regulation of neurotransmitter secretion / Neutrophil degranulation / endosomal transport / synaptic vesicle priming / regulation of synapse assembly / postsynaptic cytosol / myosin binding / positive regulation of receptor recycling / regulation of neuron projection development / positive regulation of exocytosis / modulation of excitatory postsynaptic potential / exocytosis / associative learning / synaptic vesicle exocytosis / voltage-gated potassium channel activity / protein sumoylation / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / synaptic vesicle endocytosis / endomembrane system / calcium channel inhibitor activity / long-term memory / response to glucose 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, M. / Wu, S. / Cheng, Y. / Brunger, A.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2015 タイトル: Mechanistic insights into the recycling machine of the SNARE complex. 著者: Minglei Zhao / Shenping Wu / Qiangjun Zhou / Sandro Vivona / Daniel J Cipriano / Yifan Cheng / Axel T Brunger / 要旨: Evolutionarily conserved SNARE (soluble N-ethylmaleimide sensitive factor attachment protein receptors) proteins form a complex that drives membrane fusion in eukaryotes. The ATPase NSF (N- ...Evolutionarily conserved SNARE (soluble N-ethylmaleimide sensitive factor attachment protein receptors) proteins form a complex that drives membrane fusion in eukaryotes. The ATPase NSF (N-ethylmaleimide sensitive factor), together with SNAPs (soluble NSF attachment protein), disassembles the SNARE complex into its protein components, making individual SNAREs available for subsequent rounds of fusion. Here we report structures of ATP- and ADP-bound NSF, and the NSF/SNAP/SNARE (20S) supercomplex determined by single-particle electron cryomicroscopy at near-atomic to sub-nanometre resolution without imposing symmetry. Large, potentially force-generating, conformational differences exist between ATP- and ADP-bound NSF. The 20S supercomplex exhibits broken symmetry, transitioning from six-fold symmetry of the NSF ATPase domains to pseudo four-fold symmetry of the SNARE complex. SNAPs interact with the SNARE complex with an opposite structural twist, suggesting an unwinding mechanism. The interfaces between NSF, SNAPs, and SNAREs exhibit characteristic electrostatic patterns, suggesting how one NSF/SNAP species can act on many different SNARE complexes. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j96.cif.gz | 896 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3j96.ent.gz | 724.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3j96.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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-検証レポート
文書・要旨 | 3j96_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3j96_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3j96_validation.xml.gz | 159.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3j96_validation.cif.gz | 239.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/3j96 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/3j96 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6206MC 6204C 6205C 6207C 6208C 6209C 6210C 3j94C 3j95C 3j97C 3j98C 3j99C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 82907.430 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 遺伝子: NSF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18708, vesicle-fusing ATPase #2: タンパク質 | 分子量: 33377.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Napa, Snap, Snapa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54921 #3: タンパク質 | | 分子量: 7231.061 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 28-89 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Vamp2, Syb2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63045 #4: タンパク質 | | 分子量: 7837.957 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 191-256 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stx1a, Sap / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32851 #5: タンパク質 | | 分子量: 21256.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Snap25, Snap / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60881*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.66 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | 名称: 50 mM Tris-Cl, 150 mM NaCl, 1 mM AMPPNP, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.05% v/v Nonident P-40 pH: 8 詳細: 50 mM Tris-Cl, 150 mM NaCl, 1 mM AMPPNP, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.05% v/v Nonident P-40 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Holey carbon on top of 400 mesh copper grid | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / Temp: 90 K / 湿度: 100 % 詳細: Blot for 3.5 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I). 手法: Blot for 3.5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 / 日付: 2014年1月28日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 31000 X / 最大 デフォーカス(公称値): -2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -1800 nm / Cs: 2.3 mm / カメラ長: 0 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: OTHER / 資料ホルダタイプ: unspecified |
撮影 | 電子線照射量: 44 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Each particle | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29717 / ピクセルサイズ(公称値): 2.4312 Å / ピクセルサイズ(実測値): 2.4312 Å 詳細: (Single particle details: 3D classification, refinement, and reconstruction were performed using RELION) (Single particle--Applied symmetry: C1) 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: R-factor 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--flexible DETAILS--D2 domain of NSF was from crystal structure 1NSF. D1 domain of NSF was from related entry EMD-6204. N domain of NSF was from crystal structure 1QCS. ...詳細: REFINEMENT PROTOCOL--flexible DETAILS--D2 domain of NSF was from crystal structure 1NSF. D1 domain of NSF was from related entry EMD-6204. N domain of NSF was from crystal structure 1QCS. aSNAP was a homology model. SNARE complex was from crystal structure 1N7S. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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精密化 | 解像度: 7.6→7.6 Å / SU ML: 1.53 / σ(F): 0.5 / 位相誤差: 40.44 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 550 Å2 / Biso mean: 500.074 Å2 / Biso min: 30 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 7.601→311.194 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Total num. of bins used: 30
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