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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2x8q | ||||||
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タイトル | Cryo-EM 3D model of the icosahedral particle composed of Rous sarcoma virus capsid protein pentamers | ||||||
要素 | CAPSID PROTEIN P27 | ||||||
キーワード | VIRUS / CAPSID PROTEIN / VIRAL MATRIX PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell nucleoplasm / viral procapsid maturation / host cell nucleolus / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / viral capsid / structural constituent of virion / nucleic acid binding / aspartic-type endopeptidase activity / host cell plasma membrane / proteolysis ...host cell nucleoplasm / viral procapsid maturation / host cell nucleolus / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / viral capsid / structural constituent of virion / nucleic acid binding / aspartic-type endopeptidase activity / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ROUS SARCOMA VIRUS - PRAGUE C (ラウス肉腫ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.3 Å | ||||||
Model type details | CA ATOMS ONLY, CHAIN A | ||||||
データ登録者 | K Hyun, J. / Radjainia, M. / Kingston, R.L. / Mitra, A.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2010 タイトル: Proton-driven assembly of the Rous Sarcoma virus capsid protein results in the formation of icosahedral particles. 著者: Jae-Kyung Hyun / Mazdak Radjainia / Richard L Kingston / Alok K Mitra / 要旨: In a mature and infectious retroviral particle, the capsid protein (CA) forms a shell surrounding the genomic RNA and the replicative machinery of the virus. The irregular nature of this capsid shell ...In a mature and infectious retroviral particle, the capsid protein (CA) forms a shell surrounding the genomic RNA and the replicative machinery of the virus. The irregular nature of this capsid shell precludes direct atomic resolution structural analysis. CA hexamers and pentamers are the fundamental building blocks of the capsid, however the pentameric state, in particular, remains poorly characterized. We have developed an efficient in vitro protocol for studying the assembly of Rous sarcoma virus (RSV) CA that involves mild acidification and produces structures modeling the authentic viral capsid. These structures include regular spherical particles with T = 1 icosahedral symmetry, built from CA pentamers alone. These particles were subject to cryoelectron microscopy (cryo-EM) and image processing, and a pseudo-atomic model of the icosahedron was created by docking atomic structures of the constituent CA domains into the cryo-EM-derived three-dimensional density map. The N-terminal domain (NTD) of CA forms pentameric turrets, which decorate the surface of the icosahedron, while the C-terminal domain (CTD) of CA is positioned underneath, linking the pentamers. Biophysical analysis of the icosahedral particle preparation reveals that CA monomers and icosahedra are the only detectable species and that these exist in reversible equilibrium at pH 5. These same acidic conditions are known to promote formation of a RSV CA CTD dimer, present within the icosahedral particle, which facilitates capsid assembly. The results are consistent with a model in which RSV CA assembly is a nucleation-limited process driven by very weak protein-protein interactions. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2x8q.cif.gz | 21 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2x8q.ent.gz | 9.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2x8q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2x8q_validation.pdf.gz | 728.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2x8q_full_validation.pdf.gz | 727.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2x8q_validation.xml.gz | 9.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2x8q_validation.cif.gz | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/2x8q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/2x8q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 60
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24472.230 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 240-465 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ROUS SARCOMA VIRUS - PRAGUE C (ラウス肉腫ウイルス) 解説: RECOMBINANT ROUS SARCOMA VIRUS CAPSID PROTEIN WAS PRODUCED BY HETEROLOGOUS EXPRESSION IN E. COLI AND PURIFIED TO HOMOGENIETY 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2 / 参照: UniProt: P03322 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ICOSAHEDRAL PARTICLES COMPOSED OF ROUS SARCOMA VIRUS CAPSID PROTEIN タイプ: VIRUS |
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緩衝液 | 名称: 0.1M CITRIC ACID, 5MM MOPS/KOH, 725MM NACL, 0.25MM NA AZIDE, 0.125MM TCEP-HCL pH: 5 詳細: 0.1M CITRIC ACID, 5MM MOPS/KOH, 725MM NACL, 0.25MM NA AZIDE, 0.125MM TCEP-HCL |
試料 | 濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE 詳細: CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 90, TEMPERATURE- 85, INSTRUMENT- VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 5 SECONDS BEFORE PLUNGING, |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI 12 |
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電子銃 | 電子線源: LAB6 / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 42000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 温度: 103 K |
撮影 | 電子線照射量: 18 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
画像スキャン | デジタル画像の数: 21 |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: EACH MICROGRAPH | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: POLAR FOURIER TRANSFORM / 解像度: 18.3 Å / 粒子像の数: 1310 / ピクセルサイズ(公称値): 2.5 Å / ピクセルサイズ(実測値): 2.5 Å 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1710. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient / 詳細: METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 最高解像度: 18.3 Å | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 18.3 Å
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