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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zo1 | ||||||
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タイトル | IF2, IF1, and tRNA fitted to cryo-EM data OF E. COLI 70S initiation complex | ||||||
要素 |
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キーワード | translation/RNA / E. COLI / RIBOSOME / INITIATION OF PROTEIN SYNTHESIS / INITIATION FACTOR / CRYO-ELETRON MICROSCOPY / translation-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanosine tetraphosphate binding / ribosomal small subunit binding / chaperone-mediated protein folding / translation initiation factor activity / response to cold / translational initiation / ribosome binding / rRNA binding / GTPase activity / GTP binding ...guanosine tetraphosphate binding / ribosomal small subunit binding / chaperone-mediated protein folding / translation initiation factor activity / response to cold / translational initiation / ribosome binding / rRNA binding / GTPase activity / GTP binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.8 Å | ||||||
データ登録者 | Allen, G.S. / Zavialov, A. / Gursky, R. / Ehrenberg, M. / Frank, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2005 タイトル: The cryo-EM structure of a translation initiation complex from Escherichia coli. 著者: Gregory S Allen / Andrey Zavialov / Richard Gursky / Måns Ehrenberg / Joachim Frank / 要旨: The 70S ribosome and its complement of factors required for initiation of translation in E. coli were purified separately and reassembled in vitro with GDPNP, producing a stable initiation complex ...The 70S ribosome and its complement of factors required for initiation of translation in E. coli were purified separately and reassembled in vitro with GDPNP, producing a stable initiation complex (IC) stalled after 70S assembly. We have obtained a cryo-EM reconstruction of the IC showing IF2*GDPNP at the intersubunit cleft of the 70S ribosome. IF2*GDPNP contacts the 30S and 50S subunits as well as fMet-tRNA(fMet). IF2 here adopts a conformation radically different from that seen in the recent crystal structure of IF2. The C-terminal domain of IF2 binds to the single-stranded portion of fMet-tRNA(fMet), thereby forcing the tRNA into a novel orientation at the P site. The GTP binding domain of IF2 binds to the GTPase-associated center of the 50S subunit in a manner similar to EF-G and EF-Tu. Additionally, we present evidence for the localization of IF1, IF3, one C-terminal domain of L7/L12, and the N-terminal domain of IF2 in the initiation complex. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zo1.cif.gz | 158.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zo1.ent.gz | 103.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zo1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1zo1_validation.pdf.gz | 648.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1zo1_full_validation.pdf.gz | 768.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1zo1_validation.xml.gz | 33.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1zo1_validation.cif.gz | 50.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/1zo1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/1zo1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 24518.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 54209.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A705 |
#3: タンパク質 | 分子量: 8116.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69222 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 70S INITIATION COMPLEX / タイプ: RIBOSOME 詳細: 70S E. coli ribosomes, IF1, IF2(GDPNP), IF3, mRNA, and fMet-tRNAfmet formed in vitro |
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緩衝液 | 名称: POLYMIX BUFFER / pH: 7.5 / 詳細: POLYMIX BUFFER |
試料 | 濃度: 0.032 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE 詳細: HOLEY CARBON GRID AT 20C FLASH FROZEN INTO LIQUID ETHAN |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2004年1月1日 / 詳細: LOW DOSE MODE |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 39000 X / 最大 デフォーカス(公称値): -3930 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -930 nm / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 温度: 100 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
-解析
CTF補正 | 詳細: DEFOCUS GROUPS 0.93-3.93 UM | |||||||||||||||||||||
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: MULTI-REFERENCE / 解像度: 13.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 20283 / ピクセルサイズ(公称値): 2.82 Å / ピクセルサイズ(実測値): 2.82 Å 詳細: resolution 13.8 ANGSTROMS (FSC=0.5) and 8.6 ANGSTROMS (3sigma) 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: BEST FIT USING RSREF 詳細: METHOD--COORDINATE FILES WERE FITTED TO THE E. COLI TRANSLATION INITIATION COMPLEX MAP (EMBL-EMD 3525). REFINEMENT PROTOCOL--RIGID BODY FIT OF DOMAINS I-V OF IF2, RIGID BODY FIT OF IF1 AND FMET-TRNA | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST
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