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- PDB-1z7z: Cryo-em structure of human coxsackievirus A21 complexed with five... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z7z
タイトルCryo-em structure of human coxsackievirus A21 complexed with five domain icam-1kilifi
要素
  • (human coxsackievirus ...) x 5
  • Intercellular adhesion molecule-1
キーワードVirus/Receptor / ICAM-1 / Kilifi / CD54 / Human Coxsackievirus A21 / virus-receptor complex / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of leukocyte mediated cytotoxicity / T cell extravasation / positive regulation of cellular extravasation / leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / regulation of ruffle assembly / membrane to membrane docking / T cell antigen processing and presentation / cell-cell adhesion mediated by integrin / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / adhesion of symbiont to host ...regulation of leukocyte mediated cytotoxicity / T cell extravasation / positive regulation of cellular extravasation / leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / regulation of ruffle assembly / membrane to membrane docking / T cell antigen processing and presentation / cell-cell adhesion mediated by integrin / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / adhesion of symbiont to host / establishment of endothelial barrier / heterophilic cell-cell adhesion / leukocyte migration / leukocyte cell-cell adhesion / Interleukin-10 signaling / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / immunological synapse / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / cellular response to leukemia inhibitory factor / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / cellular response to glucose stimulus / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / integrin binding / cellular response to amyloid-beta / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / transmembrane signaling receptor activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / virus receptor activity / extracellular matrix / signaling receptor activity / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / monoatomic ion transmembrane transport / receptor-mediated virion attachment to host cell / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / DNA replication / cell adhesion / RNA helicase activity / membrane raft / endocytosis involved in viral entry into host cell / receptor ligand activity / external side of plasma membrane / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / focal adhesion / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / cell surface / proteolysis / : / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / ICAM-1/3/5, D2 domain / Intercellular adhesion molecule / Intercellular adhesion molecule, N-terminal / Intercellular adhesion molecule (ICAM), N-terminal domain / Intercellular adhesion molecule/vascular cell adhesion molecule, N-terminal / : / Immunoglobulin domain / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like ...: / ICAM-1/3/5, D2 domain / Intercellular adhesion molecule / Intercellular adhesion molecule, N-terminal / Intercellular adhesion molecule (ICAM), N-terminal domain / Intercellular adhesion molecule/vascular cell adhesion molecule, N-terminal / : / Immunoglobulin domain / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Immunoglobulin-like domain superfamily / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Intercellular adhesion molecule 1 / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8 Å
データ登録者Xiao, C. / Bator-Kelly, C.M. / Rieder, E. / Chipman, P.R. / Craig, A. / Kuhn, R.J. / Wimmer, E. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: The crystal structure of coxsackievirus A21 and its interaction with ICAM-1.
著者: Chuan Xiao / Carol M Bator-Kelly / Elizabeth Rieder / Paul R Chipman / Alister Craig / Richard J Kuhn / Eckard Wimmer / Michael G Rossmann /
要旨: CVA21 and polioviruses both belong to the Enterovirus genus in the family of Picornaviridae, whereas rhinoviruses form a distinct picornavirus genus. Nevertheless, CVA21 and the major group of human ...CVA21 and polioviruses both belong to the Enterovirus genus in the family of Picornaviridae, whereas rhinoviruses form a distinct picornavirus genus. Nevertheless, CVA21 and the major group of human rhinoviruses recognize intercellular adhesion molecule-1 (ICAM-1) as their cellular receptor, whereas polioviruses use poliovirus receptor. The crystal structure of CVA21 has been determined to 3.2 A resolution. Its structure has greater similarity to poliovirus structures than to other known picornavirus structures. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) was used to determine an 8.0 A resolution structure of CVA21 complexed with an ICAM-1 variant, ICAM-1(Kilifi). The cryo-EM map was fitted with the crystal structures of ICAM-1 and CVA21. Significant differences in the structure of CVA21 with respect to the poliovirus structures account for the inability of ICAM-1 to bind polioviruses. The interface between CVA21 and ICAM-1 has shape and electrostatic complementarity with many residues being conserved among those CVAs that bind ICAM-1.
履歴
登録2005年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.42019年12月18日Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: atom_sites / cell / struct_conn
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
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  • 登録構造単位
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1114
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1114
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: human coxsackievirus A21
2: human coxsackievirus A21
3: human coxsackievirus A21
4: human coxsackievirus A21
5: human coxsackievirus A21
I: Intercellular adhesion molecule-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,66214
ポリマ－138,8926
非ポリマー1,7708
水00
1
1: human coxsackievirus A21
2: human coxsackievirus A21
3: human coxsackievirus A21
4: human coxsackievirus A21
5: human coxsackievirus A21
I: Intercellular adhesion molecule-1
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,439,700840
ポリマ－8,333,520360
非ポリマー106,180480
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: human coxsackievirus A21
2: human coxsackievirus A21
3: human coxsackievirus A21
4: human coxsackievirus A21
5: human coxsackievirus A21
I: Intercellular adhesion molecule-1
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 703 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)703,30870
ポリマ－694,46030
非ポリマー8,84840
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: human coxsackievirus A21
2: human coxsackievirus A21
3: human coxsackievirus A21
4: human coxsackievirus A21
5: human coxsackievirus A21
I: Intercellular adhesion molecule-1
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 844 kDa, 36 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)843,97084
ポリマ－833,35236
非ポリマー10,61848
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

-
Human coxsackievirus ... , 5種, 5分子 12345

#1: タンパク質 human coxsackievirus A21


分子量: 31946.727 Da / 分子数: 1 / 断片: Viral Protein 1 residues 1073-1286 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THE NATURE HOST OF THIS VIRUS IS HUMAN
由来: (天然) Human coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
属: Enterovirus / 細胞株: Hela / 生物種: Human enterovirus C / 株: KUYKENDALL / 参照: GenBank: 33304569, UniProt: Q7T7N6*PLUS
#2: タンパク質 human coxsackievirus A21


分子量: 29918.537 Da / 分子数: 1 / 断片: Viral Protein 2 residues 2010-2272 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THE NATURE HOST OF THIS VIRUS IS HUMAN
由来: (天然) Human coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
属: Enterovirus / 細胞株: Hela / 生物種: Human enterovirus C / 株: KUYKENDALL / 参照: GenBank: 33304569, UniProt: Q7T7N6*PLUS
#3: タンパク質 human coxsackievirus A21


分子量: 25898.895 Da / 分子数: 1 / 断片: Viral Protein 3 residues 3043-3234 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THE NATURE HOST OF THIS VIRUS IS HUMAN
由来: (天然) Human coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
属: Enterovirus / 細胞株: Hela / 生物種: Human enterovirus C / 株: KUYKENDALL / 参照: GenBank: 33304569, UniProt: Q7T7N6*PLUS
#4: タンパク質・ペプチド human coxsackievirus A21


分子量: 1335.565 Da / 分子数: 1 / 断片: Viral Protein 1 residues 1287-1298 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THE NATURE HOST OF THIS VIRUS IS HUMAN
由来: (天然) Human coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
属: Enterovirus / 細胞株: Hela / 生物種: Human enterovirus C / 株: KUYKENDALL / 参照: GenBank: 33304569, UniProt: P22055*PLUS
#5: タンパク質・ペプチド human coxsackievirus A21


分子量: 687.809 Da / 分子数: 1 / 断片: Viral Protein 3 residues 3035-3239 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THE NATURE HOST OF THIS VIRUS IS HUMAN
由来: (天然) Human coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
属: Enterovirus / 細胞株: Hela / 生物種: Human enterovirus C / 株: KUYKENDALL / 参照: GenBank: 33304569

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タンパク質 / 糖 , 2種, 9分子 I

#6: タンパク質 Intercellular adhesion molecule-1 / ICAM-1 / Major group rhinovirus receptor / CD54


分子量: 49104.473 Da / 分子数: 1 / 断片: ICAM-1 EXTRACELLULAR DOMAIN 1-5 / Mutation: K29M / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: COS7 / 参照: UniProt: P05362
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Parent-ID
1COXSACKIEVIRUS A21/ICAM- 1KILIFI COMPLEXVIRUSTHIS STRUCTURE IS MODELED BASED ON CRYO-EM DENSITY AT 8A RESOLUTION.0
2HUMAN COXSACKIEVIRUS A21 VP1 1073-1286Apply 60 icoshedral symmetry operation as MATRIX to obtain the whole complex1
3human coxsackievirus A21 VP2 2010-2272Apply 60 icoshedral symmetry operation as MATRIX to obtain the whole complex1
4human coxsackievirus A21 VP3 3043-3234Apply 60 icoshedral symmetry operation as MATRIX to obtain the whole complex1
5human coxsackievirus A21 VP1 1287-1298Apply 60 icoshedral symmetry operation as MATRIX to obtain the whole complex1
6human coxsackievirus A21 VP3 3035-3239Apply 60 icoshedral symmetry operation as MATRIX to obtain the whole complex1
7ICAM-1KILIFIApply 60 icoshedral symmetry operation as MATRIX to obtain the whole complex1
ウイルスについての詳細ホストのカテゴリ: MAMMALIAN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Homo sapiens / 株: Hela
緩衝液名称: TRIS / pH: 7.2 / 詳細: TRIS
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: REICHERT-JUNG PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 詳細: PLUNGED INTO ETHANE AT LIQUID NITROGEN TEMPERATURE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM300FEG/T / 日付: 2001年3月15日
詳細: SAMPLES WERE MAINTAINED AT LIQUID NITROGEN TEMPERATURES IN THE ELECTRON MICROSCOPE.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 45000 X / 倍率（補正後）: 47000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 100 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 26 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 33
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1EMfitモデルフィッティング
2EM3DR３次元再構成
3PFT３次元再構成
CTF補正詳細: REVERSED CTF WITH WEINER FACTOR FOR EACH PARTICLE
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: POLAR FOURIER TRANSFORM METHOD AND FOURIER-BESSEL RECONSTRUCTION
解像度: 8 Å / 粒子像の数: 4704 / ピクセルサイズ（公称値）: 2.98 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.85 Å
倍率補正: THE PIXEL SIZE OF THE CRYO-EM MAP WAS CALIBRATED AGAINST THE ATOMIC MODEL OF THE VIRUS CAPSID. DENSITIES WERE COMPARED BY CROSS- CORRELATION WITHIN A SPHERICAL SHELL OF INTERNAL RADIUS ...倍率補正: THE PIXEL SIZE OF THE CRYO-EM MAP WAS CALIBRATED AGAINST THE ATOMIC MODEL OF THE VIRUS CAPSID. DENSITIES WERE COMPARED BY CROSS- CORRELATION WITHIN A SPHERICAL SHELL OF INTERNAL RADIUS 104 ANGSTROMS AND EXTERNAL RADIUS 177 ANGSTROMS.
詳細: A B-FACTOR OF 589.46 WAS SET FOR ALL THE ATOMS BASED ON THE EQUATION OF -4*LN(0.1*RESOLUTION2) TO MIMIC A 8 ANGSTROM RESOLUTION CRYOEM STRUCTURE. OCCUPANCY OF 1.0 WAS SET FOR ALL ATOMS OF THE ...詳細: A B-FACTOR OF 589.46 WAS SET FOR ALL THE ATOMS BASED ON THE EQUATION OF -4*LN(0.1*RESOLUTION2) TO MIMIC A 8 ANGSTROM RESOLUTION CRYOEM STRUCTURE. OCCUPANCY OF 1.0 WAS SET FOR ALL ATOMS OF THE VIRAL CAPSID. OCCUPANCY OF 0.80, 0.56, 0.24, 0.16, AND 0.08 WAS SET FOR ATOMS OF ICAM-1 DOMAIN 1, 2, 3, 4, AND 5, RESPECTIVELY, BASED ON THE FITTING RESULTS. SEE DETAILS IN THE CITATION.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
Target criteria: BEST SUMF VALUE FIT USING THE PROGRAM EMFIT
詳細: REFINEMENT PROTOCOL--RIGID BODY
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
11IAM

1iam

11IAM1PDBexperimental model
21Z7S

1z7s

11Z7S2PDBexperimental model
精密化最高解像度: 8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8712 0 112 0 8824

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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