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万見
- PDB-1tja: Fitting of gp8, gp9, and gp11 into the cryo-EM reconstruction of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tja
タイトルFitting of gp8, gp9, and gp11 into the cryo-EM reconstruction of the bacteriophage T4 contracted tail
要素
  • Baseplate structural protein Gp11
  • Baseplate structural protein Gp8
  • Baseplate structural protein Gp9
キーワードVIRAL PROTEIN / fitting / docking / cryo-EM / gp8 / gp9 / gp11 / circular symmetry
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, baseplate / viral tail assembly / viral release from host cell
類似検索 - 分子機能
Baseplate structural protein Gp11 / Bacteriophage T4, Gp11, C-terminal finger domain / Baseplate structural protein Gp11, N-terminal domain superfamily / Baseplate structural protein Gp11 superfamily / Baseplate structural protein Gp11, C-terminal domain / GP11 baseplate wedge protein / Baseplate structural protein Gp9 C-terminal domain superfamily / Bacteriophage T4, Gp8 / Bacteriophage T4, Gp8 superfamily / Bacteriophage T4, Gp8 ...Baseplate structural protein Gp11 / Bacteriophage T4, Gp11, C-terminal finger domain / Baseplate structural protein Gp11, N-terminal domain superfamily / Baseplate structural protein Gp11 superfamily / Baseplate structural protein Gp11, C-terminal domain / GP11 baseplate wedge protein / Baseplate structural protein Gp9 C-terminal domain superfamily / Bacteriophage T4, Gp8 / Bacteriophage T4, Gp8 superfamily / Bacteriophage T4, Gp8 / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 middle domain superfamily / Gp9-like superfamily / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Baseplate protein gp9 / Baseplate wedge protein gp11 / Baseplate wedge protein gp8
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16 Å
データ登録者Leiman, P.G. / Chipman, P.R. / Kostyuchenko, V.A. / Mesyanzhinov, V.V. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2004
タイトル: Three-dimensional rearrangement of proteins in the tail of bacteriophage T4 on infection of its host.
著者: Petr G Leiman / Paul R Chipman / Victor A Kostyuchenko / Vadim V Mesyanzhinov / Michael G Rossmann /
要旨: The contractile tail of bacteriophage T4 undergoes major structural transitions when the virus attaches to the host cell surface. The baseplate at the distal end of the tail changes from a hexagonal ...The contractile tail of bacteriophage T4 undergoes major structural transitions when the virus attaches to the host cell surface. The baseplate at the distal end of the tail changes from a hexagonal to a star shape. This causes the sheath around the tail tube to contract and the tail tube to protrude from the baseplate and pierce the outer cell membrane and the cell wall before reaching the inner cell membrane for subsequent viral DNA injection. Analogously, the T4 tail can be contracted by treatment with 3 M urea. The structure of the T4 contracted tail, including the head-tail joining region, has been determined by cryo-electron microscopy to 17 A resolution. This 1200 A-long, 20 MDa structure has been interpreted in terms of multiple copies of its approximately 20 component proteins. A comparison with the metastable hexagonal baseplate of the mature virus shows that the baseplate proteins move as rigid bodies relative to each other during the structural change.
履歴
登録2004年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
Remark 999SEQUENCE COORDINATES FOR CA ATOMS ONLY WERE SUBMITTED.

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete point assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1086
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baseplate structural protein Gp8
B: Baseplate structural protein Gp8
C: Baseplate structural protein Gp9
D: Baseplate structural protein Gp9
E: Baseplate structural protein Gp9
F: Baseplate structural protein Gp11
G: Baseplate structural protein Gp11
H: Baseplate structural protein Gp11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,3348
ポリマ－240,3348
非ポリマー00
水00
1
A: Baseplate structural protein Gp8
B: Baseplate structural protein Gp8
C: Baseplate structural protein Gp9
D: Baseplate structural protein Gp9
E: Baseplate structural protein Gp9
F: Baseplate structural protein Gp11
G: Baseplate structural protein Gp11
H: Baseplate structural protein Gp11
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,442,00448
ポリマ－1,442,00448
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 6 / シェーンフリース記号: C6 (6回回転対称))

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要素

#1: タンパク質 Baseplate structural protein Gp8 / Baseplate wedge protein 8 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 38041.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 株: D / 参照: UniProt: P19062
#2: タンパク質 Baseplate structural protein Gp9 / Baseplate wedge protein 9 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 31024.725 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 株: D / 参照: UniProt: P10927
#3: タンパク質 Baseplate structural protein Gp11 / Baseplate wedge protein 11 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 23725.523 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 株: D / 参照: UniProt: P10929

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Parent-ID
1bacteriophage T4VIRUSPhage treated with 3 M urea to contract tails0
2gene product 8dimer1
3gene product 9trimer1
4gene product 11trimer1
ウイルスについての詳細ホストのカテゴリ: BACTERIA(EUBACTERIA) / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Escherichia coli
緩衝液名称: H2O / pH: 7.5 / 詳細: H2O
試料濃度: 20 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM300FEG/T / 日付: 2002年1月6日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 45000 X / 倍率（補正後）: 47000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 1.4 mm
試料ホルダ温度: 100 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Situsモデルフィッティング
2SPIDER2３次元再構成
CTF補正詳細: CTF correction of each particle
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成手法: Back projection / 解像度: 16 Å / 粒子像の数: 1965 / ピクセルサイズ（公称値）: 4.10442 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 3.93285 Å / 倍率補正: Catalase crystals diffraction / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / 詳細: METHOD--Laplacian filtered real space
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
11N7Z

1n7z

11N7Z1PDBexperimental model
21S2E

1s2e

11S2E2PDBexperimental model
31EL6

1el6

11EL63PDBexperimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2144 0 0 0 2144

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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