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万見
- EMDB-9913: Cryo-EM structure of Holo-bacterioferritin-form-I from Streptomyc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9913
タイトルCryo-EM structure of Holo-bacterioferritin-form-I from Streptomyces coelicolor
マップデータStructure of bacterioferritin holoform-I from Streptomyces coelicolor
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Bacterioferritin in complex with HEME with Fe3 mineral core
    • タンパク質・ペプチド: Bacterioferritin
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
キーワードFerritin / Nanocage / Bacterioferritin / METAL TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / iron ion binding / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Jobichen C / Sivaraman J
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Apo-bacterioferritin from Streptomyces coelicolor.
著者: Jobichen C / Sivaraman J
履歴
登録2019年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月3日-
マップ公開2021年2月3日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6k43
  • 表面レベル: 5.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6k43
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9913.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9913.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of bacterioferritin holoform-I from Streptomyces coelicolor
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 240 pix.
= 266.4 Å		1.11 Å/pix.
x 240 pix.
= 266.4 Å		1.11 Å/pix.
x 240 pix.
= 266.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.1 / ムービー #1: 5.1
最小 - 最大-10.043312 - 18.853387999999999
平均 (標準偏差)0.029690271 (±1.2418478)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 266.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.111.111.11
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z266.400266.400266.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ937643
NX/NY/NZ114126230
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-10.04318.8530.030

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacterioferritin in complex with HEME with Fe3 mineral core

全体名称: Bacterioferritin in complex with HEME with Fe3 mineral core
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Bacterioferritin in complex with HEME with Fe3 mineral core
    • タンパク質・ペプチド: Bacterioferritin
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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超分子 #1: Bacterioferritin in complex with HEME with Fe3 mineral core

超分子名称: Bacterioferritin in complex with HEME with Fe3 mineral core
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor (バクテリア)
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: Bacterioferritin

分子名称: Bacterioferritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ferroxidase
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor (バクテリア)
分子量理論値: 19.242629 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
MQGDPEVIEF LNEQLTAELT AINQYFLHAK LQDHKGWTKL AKYTRAESFD EMRHAEVLTD RILLLDGLPN YQRLFHVRVG QSVTEMFQA DREVELEAID RLRRGIEVMR AKHDITSANV FEAILADEEH HIDYLETQLD LIEKLGESLY LSTVIEQTQP D PSGPGSL

UniProtKB: Bacterioferritin

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分子 #2: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 24 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

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分子 #3: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 12 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.8 mg/mL
緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE
詳細This sample was monodisperse with 24mer nanocage assemblies.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 1.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5xx9

最終 再構成想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 19485
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cisTEM
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cisTEM
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5xx9


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6k43:
Cryo-EM structure of Holo-bacterioferritin-form-I from Streptomyces coelicolor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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