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- EMDB-9387: structure of a complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9387
タイトルstructure of a complex
マップデータStructure of a complex
試料
  • 複合体: Native A1A2A1A2 complex bound with MPQX
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor 1
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor 2
    • タンパク質・ペプチド: A'/C' auxiliary proteins
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
    • タンパク質・ペプチド: 11B8 scFv
    • タンパク質・ペプチド: 15F1 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: 15F1 Fab heavy chain
  • リガンド: {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードAMPA receptor / ligand gated ion channel / neurotransmitter / synapse / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Cargo concentration in the ER / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / axonal spine / positive regulation of locomotion involved in locomotory behavior / positive regulation of membrane potential / COPII-mediated vesicle transport / eye blink reflex / positive regulation of protein localization to basolateral plasma membrane / cellular response to ammonium ion / response to sucrose ...Cargo concentration in the ER / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / axonal spine / positive regulation of locomotion involved in locomotory behavior / positive regulation of membrane potential / COPII-mediated vesicle transport / eye blink reflex / positive regulation of protein localization to basolateral plasma membrane / cellular response to ammonium ion / response to sucrose / myosin V binding / cerebellar mossy fiber / neuron spine / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / proximal dendrite / LGI-ADAM interactions / regulation of AMPA receptor activity / Trafficking of AMPA receptors / response to arsenic-containing substance / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / channel regulator activity / cellular response to L-glutamate / cellular response to dsRNA / ligand-gated calcium channel activity / membrane hyperpolarization / dendritic spine membrane / nervous system process / beta-2 adrenergic receptor binding / Synaptic adhesion-like molecules / long-term synaptic depression / protein targeting to membrane / cellular response to peptide hormone stimulus / voltage-gated calcium channel complex / spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine cytoplasm / cellular response to amine stimulus / dendritic spine head / peptide hormone receptor binding / response to psychosocial stress / response to morphine / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / Activation of AMPA receptors / spinal cord development / perisynaptic space / ligand-gated monoatomic cation channel activity / neuronal cell body membrane / protein kinase A binding / neuromuscular junction development / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / AMPA glutamate receptor activity / transmission of nerve impulse / AMPA glutamate receptor clustering / behavioral response to pain / kainate selective glutamate receptor activity / immunoglobulin binding / adenylate cyclase binding / asymmetric synapse / response to electrical stimulus / AMPA glutamate receptor complex / regulation of receptor recycling / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / cellular response to glycine / ionotropic glutamate receptor complex / membrane depolarization / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / G-protein alpha-subunit binding / glutamate receptor binding / conditioned place preference / positive regulation of synaptic transmission / long-term memory / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / voltage-gated calcium channel activity / postsynaptic density, intracellular component / response to fungicide / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuronal action potential / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / glutamate-gated receptor activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / cytoskeletal protein binding / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / regulation of long-term synaptic depression / somatodendritic compartment / glutamate-gated calcium ion channel activity / presynaptic active zone membrane / synapse assembly / excitatory synapse / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / ionotropic glutamate receptor binding / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / dendrite cytoplasm / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / dendritic shaft / synaptic membrane / SNARE binding / response to cocaine
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, gamma-2 subunit / : / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site ...Voltage-dependent calcium channel, gamma-2 subunit / : / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor 1 / Glutamate receptor 2 / Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.7 Å
データ登録者Gouaux E / Zhao Y
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Architecture and subunit arrangement of native AMPA receptors elucidated by cryo-EM.
著者: Yan Zhao / Shanshuang Chen / Adam C Swensen / Wei-Jun Qian / Eric Gouaux /
要旨: Glutamate-gated AMPA receptors mediate the fast component of excitatory signal transduction at chemical synapses throughout all regions of the mammalian brain. AMPA receptors are tetrameric ...Glutamate-gated AMPA receptors mediate the fast component of excitatory signal transduction at chemical synapses throughout all regions of the mammalian brain. AMPA receptors are tetrameric assemblies composed of four subunits, GluA1-GluA4. Despite decades of study, the subunit composition, subunit arrangement, and molecular structure of native AMPA receptors remain unknown. Here we elucidate the structures of 10 distinct native AMPA receptor complexes by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). We find that receptor subunits are arranged nonstochastically, with the GluA2 subunit preferentially occupying the B and D positions of the tetramer and with triheteromeric assemblies comprising a major population of native AMPA receptors. Cryo-EM maps define the structure for S2-M4 linkers between the ligand-binding and transmembrane domains, suggesting how neurotransmitter binding is coupled to ion channel gating.
履歴
登録2019年1月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月6日-
マップ公開2019年4月24日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0187
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0187
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6njl
  • 表面レベル: 0.0187
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9387.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9387.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of a complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.72 Å/pix.
x 320 pix.
= 550.4 Å		1.72 Å/pix.
x 320 pix.
= 550.4 Å		1.72 Å/pix.
x 320 pix.
= 550.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.72 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0187 / ムービー #1: 0.0187
最小 - 最大-0.018926315 - 0.071815446
平均 (標準偏差)0.00022293451 (±0.0022044063)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 550.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.721.721.72
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z550.400550.400550.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0190.0720.000

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添付データ

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追加マップ: Structure of a complex

ファイルemd_9387_additional_1.map
注釈Structure of a complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Structure of a complex

ファイルemd_9387_additional_2.map
注釈Structure of a complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Structure of a complex

ファイルemd_9387_additional_3.map
注釈Structure of a complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Native A1A2A1A2 complex bound with MPQX

全体名称: Native A1A2A1A2 complex bound with MPQX
要素
  • 複合体: Native A1A2A1A2 complex bound with MPQX
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor 1
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor 2
    • タンパク質・ペプチド: A'/C' auxiliary proteins
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
    • タンパク質・ペプチド: 11B8 scFv
    • タンパク質・ペプチド: 15F1 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: 15F1 Fab heavy chain
  • リガンド: {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

+
超分子 #1: Native A1A2A1A2 complex bound with MPQX

超分子名称: Native A1A2A1A2 complex bound with MPQX / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

+
分子 #1: Glutamate receptor 1

分子名称: Glutamate receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 101.518773 KDa
配列文字列: MPYIFAFFCT GFLGAVVGAN FPNNIQIGGL FPNQQSQEHA AFRFALSQLT EPPKLLPQID IVNISDSFEM TYRFCSQFSK GVYAIFGFY ERRTVNMLTS FCGALHVCFI TPSFPVDTSN QFVLQLRPEL QEALISIIDH YKWQTFVYIY DADRGLSVLQ R VLDTAAEK ...文字列:
MPYIFAFFCT GFLGAVVGAN FPNNIQIGGL FPNQQSQEHA AFRFALSQLT EPPKLLPQID IVNISDSFEM TYRFCSQFSK GVYAIFGFY ERRTVNMLTS FCGALHVCFI TPSFPVDTSN QFVLQLRPEL QEALISIIDH YKWQTFVYIY DADRGLSVLQ R VLDTAAEK NWQVTAVNIL TTTEEGYRML FQDLEKKKER LVVVDCESER LNAILGQIVK LEKNGIGYHY ILANLGFMDI DL NKFKESG ANVTGFQLVN YTDTIPARIM QQWRTSDSRD HTRVDWKRPK YTSALTYDGV KVMAEAFQSL RRQRIDISRR GNA GDCLAN PAVPWGQGID IQRALQQVRF EGLTGNVQFN EKGRRTNYTL HVIEMKHDGI RKIGYWNEDD KFVPAATDAQ AGGD NSSVQ NRTYIVTTIL EDPYVMLKKN ANQFEGNDRY EGYCVELAAE IAKHVGYSYR LEIVSDGKYG ARDPDTKAWN GMVGE LVYG RADVAVAPLT ITLVREEVID FSKPFMSLGI SIMIKKPQKS KPGVFSFLDP LAYEIWMCIV FAYIGVSVVL FLVSRF SPY EWHSEEFEEG RDQTTSDQSN EFGIFNSLWF SLGAFMQQGC DISPRSLSGR IVGGVWWFFT LIIISSYTAN LAAFLTV ER MVSPIESAED LAKQTEIAYG TLEAGSTKEF FRRSKIAVFE KMWTYMKSAE PSVFVRTTEE GMIRVRKSKG KYAYLLES T MNEYIEQRKP CDTMKVGGNL DSKGYGIATP KGSALGAPVN LAVLKLAEQG ALDKLKAKWW YDKGECGSKD SGSKDKTSA LSLSNVAGVF YILIGGLGLA MLVALIEFCY KSRSESKRMK GFCLIPQQSI NEAIRTSTLP RNSGAGASGG GGSGENGRVV SQDFPKSMQ SIPCMSHSSG MPLGATGL

UniProtKB: Glutamate receptor 1

+
分子 #2: Glutamate receptor 2

分子名称: Glutamate receptor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 98.783805 KDa
配列文字列: MQKIMHISVL LSPVLWGLIF GVSSNSIQIG GLFPRGADQE YSAFRVGMVQ FSTSEFRLTP HIDNLEVANS FAVTNAFCSQ FSRGVYAIF GFYDKKSVNT ITSFCGTLHV SFITPSFPTD GTHPFVIQMR PDLKGALLSL IEYYQWDKFA YLYDSDRGLS T LQAVLDSA ...文字列:
MQKIMHISVL LSPVLWGLIF GVSSNSIQIG GLFPRGADQE YSAFRVGMVQ FSTSEFRLTP HIDNLEVANS FAVTNAFCSQ FSRGVYAIF GFYDKKSVNT ITSFCGTLHV SFITPSFPTD GTHPFVIQMR PDLKGALLSL IEYYQWDKFA YLYDSDRGLS T LQAVLDSA AEKKWQVTAI NVGNINNDKK DETYRSLFQD LELKKERRVI LDCERDKVND IVDQVITIGK HVKGYHYIIA NL GFTDGDL LKIQFGGANV SGFQIVDYDD SLVSKFIERW STLEEKEYPG AHTATIKYTS ALTYDAVQVM TEAFRNLRKQ RIE ISRRGN AGDCLANPAV PWGQGVEIER ALKQVQVEGL SGNIKFDQNG KRINYTINIM ELKTNGPRKI GYWSEVDKMV VTLT ELPSG NDTSGLENKT VVVTTILESP YVMMKKNHEM LEGNERYEGY CVDLAAEIAK HCGFKYKLTI VGDGKYGARD ADTKI WNGM VGELVYGKAD IAIAPLTITL VREEVIDFSK PFMSLGISIM IKKPQKSKPG VFSFLDPLAY EIWMCIVFAY IGVSVV LFL VSRFSPYEWH TEEFEDGRET QSSESTNEFG IFNSLWFSLG AFMRQGCDIS PRSLSGRIVG GVWWFFTLII ISSYTAN LA AFLTVERMVS PIESAEDLSK QTEIAYGTLD SGSTKEFFRR SKIAVFDKMW TYMRSAEPSV FVRTTAEGVA RVRKSKGK Y AYLLESTMNE YIEQRKPCDT MKVGGNLDSK GYGIATPKGS SLGAAVNLAV LKLAEQGALD KLKNKWWYDK GECGAKDSG SKEKTSALSL SNVAGVFYIL VGGLGLAMLV ALIEFCYKSR AEAKRMKVAK NPQNINPSSS QNSQNFATYK EGYNVYGIES VKI

UniProtKB: Glutamate receptor 2

+
分子 #3: A'/C' auxiliary proteins

分子名称: A'/C' auxiliary proteins / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 13.039064 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

+
分子 #4: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit

分子名称: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 35.938746 KDa
配列文字列: MGLFDRGVQM LLTTVGAFAA FSLMTIAVGT DYWLYSRGVC KTKSVSENET SKKNEEVMTH SGLWRTCCLE GNFKGLCKQI DHFPEDADY EADTAEYFLR AVRASSIFPI LSVILLFMGG LCIAASEFYK TRHNIILSAG IFFVSAGLSN IIGIIVYISA N AGDPSKSD ...文字列:
MGLFDRGVQM LLTTVGAFAA FSLMTIAVGT DYWLYSRGVC KTKSVSENET SKKNEEVMTH SGLWRTCCLE GNFKGLCKQI DHFPEDADY EADTAEYFLR AVRASSIFPI LSVILLFMGG LCIAASEFYK TRHNIILSAG IFFVSAGLSN IIGIIVYISA N AGDPSKSD SKKNSYSYGW SFYFGALSFI IAEMVGVLAV HMFIDRHKQL RATARATDYL QASAITRIPS YRYRYQRRSR SS SRSTEPS HSRDASPVGV KGFNTLPSTE ISMYTLSRDP LKAATTPTAT YNSDRDNSFL QVHNCIQKDS KDSLHANTAN RRT TPV

UniProtKB: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit

+
分子 #5: 11B8 scFv

分子名称: 11B8 scFv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.511527 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: EVKLLESGGG LVQPGGSLKL SCAASGFDFS EYWMSWVRQA PGKGLEWIGE INPDSSSIDY TPSLKDKIII SRDNAKKTLY LQLSKVRSE DTALYYCARP RGNYVVMDYW GQGTSVTVSS SGGGGSGGGG SGGGGNIVLT QSPASLAVSL GQRATISCRA S ESVDSYGS ...文字列:
EVKLLESGGG LVQPGGSLKL SCAASGFDFS EYWMSWVRQA PGKGLEWIGE INPDSSSIDY TPSLKDKIII SRDNAKKTLY LQLSKVRSE DTALYYCARP RGNYVVMDYW GQGTSVTVSS SGGGGSGGGG SGGGGNIVLT QSPASLAVSL GQRATISCRA S ESVDSYGS SFVHWYQQKP GQPPKLLIFL ASKLESGVPA RFSGSGSRTD FTLTIDPVEA DDAATYYCQQ TNEDPYTFGG GT KLEIKRA SNWSHPQFEK

+
分子 #6: 15F1 Fab light chain

分子名称: 15F1 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.11166 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEIQMTQTTS SLSASLGDRV TISCRASQDI SNYLSWYQQK PDGTVKLLIY YTSRLHSGVP SRFSGSGSGI DYSLTINNLE QEDFATYFC QQGNTLPLTF GAGTKLELKR ADAAPTVSIF PPSSEQLTSG GASVVCFLNN FYPKDINVKW KIDGSERQNG V LNSWTDQD ...文字列:
MEIQMTQTTS SLSASLGDRV TISCRASQDI SNYLSWYQQK PDGTVKLLIY YTSRLHSGVP SRFSGSGSGI DYSLTINNLE QEDFATYFC QQGNTLPLTF GAGTKLELKR ADAAPTVSIF PPSSEQLTSG GASVVCFLNN FYPKDINVKW KIDGSERQNG V LNSWTDQD SKDSTYSMSS TLTLTKDEYE RHNSYTCEAT HKTSTSPIVK SFNRNECSNW SHPQFEK

+
分子 #7: 15F1 Fab heavy chain

分子名称: 15F1 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.975439 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA MQAQLKESGP GLVAPSQSLS ITCTVSGFSL TNYGVHWVRQ PPGKGLEWLG VIWAGGSTNY NSALMSRVS ISKDNSKSQV FLKMNSLQTD DTVMYYCARE DYDYDWHFDV WGAGTTVTVS SAKTTPPSVY PLAPGSAAQT N SMVTLGCL ...文字列:
MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA MQAQLKESGP GLVAPSQSLS ITCTVSGFSL TNYGVHWVRQ PPGKGLEWLG VIWAGGSTNY NSALMSRVS ISKDNSKSQV FLKMNSLQTD DTVMYYCARE DYDYDWHFDV WGAGTTVTVS SAKTTPPSVY PLAPGSAAQT N SMVTLGCL VKGYFPEPVT VTWNSGSLSS GVHTFPAVLQ SDLYTLSSSV TVPSSTWPSE TVTCNVAHPA SSTKVDKKLE VL FQGPGSG SADTITIRGY VRDNR

+
分子 #9: {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquino...

分子名称: {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid
タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 4 / 式: ZK1
分子量理論値: 409.254 Da
Chemical component information

ChemComp-ZK1:
{[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid / 薬剤*YM

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分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMC4H11NO3Tris
0.1 % w/vdigitonindigitonin
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 130000
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 3次元分類クラス数: 10

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6njl:
Architecture and subunit arrangement of native AMPA receptors

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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