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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9361 | |||||||||
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タイトル | Structure of chicken Otop3 in nanodiscs | |||||||||
マップデータ | Structure of chOtop3 in lipidic nanodiscs | |||||||||
試料 |
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キーワード | Proton channel / Otopetrin / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / Gallus gallus (ニワトリ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å | |||||||||
データ登録者 | Saotome K / Lee WH | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019 タイトル: Structures of the otopetrin proton channels Otop1 and Otop3. 著者: Kei Saotome / Bochuan Teng / Che Chun Alex Tsui / Wen-Hsin Lee / Yu-Hsiang Tu / Joshua P Kaplan / Mark S P Sansom / Emily R Liman / Andrew B Ward / 要旨: Otopetrins (Otop1-Otop3) comprise one of two known eukaryotic proton-selective channel families. Otop1 is required for otoconia formation and a candidate mammalian sour taste receptor. Here we report ...Otopetrins (Otop1-Otop3) comprise one of two known eukaryotic proton-selective channel families. Otop1 is required for otoconia formation and a candidate mammalian sour taste receptor. Here we report cryo-EM structures of zebrafish Otop1 and chicken Otop3 in lipid nanodiscs. The structures reveal a dimeric architecture, with each subunit forming 12 transmembrane helices divided into structurally similar amino (N) and carboxy (C) domains. Cholesterol-like molecules occupy various sites in Otop1 and Otop3 and occlude a central tunnel. In molecular dynamics simulations, hydrophilic vestibules formed by the N and C domains and in the intrasubunit interface between N and C domains form conduits for water entry into the membrane core, suggesting three potential proton conduction pathways. By mutagenesis, we tested the roles of charged residues in each putative permeation pathway. Our results provide a structural basis for understanding selective proton permeation and gating of this conserved family of proton channels. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9361.map.gz | 28.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9361-v30.xml emd-9361.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9361_fsc.xml | 7.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9361.png | 171.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9361.cif.gz | 5.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9361 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9361 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9361_validation.pdf.gz | 582.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9361_full_validation.pdf.gz | 582.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9361_validation.xml.gz | 9.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9361_validation.cif.gz | 12.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9361 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9361 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9361.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of chOtop3 in lipidic nanodiscs | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Zebrafish Otopetrin1 in lipidic nanodiscs
全体 | 名称: Zebrafish Otopetrin1 in lipidic nanodiscs |
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要素 |
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-超分子 #1: Zebrafish Otopetrin1 in lipidic nanodiscs
超分子 | 名称: Zebrafish Otopetrin1 in lipidic nanodiscs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 65853 kDa/nm |
-分子 #1: Otopetrin3
分子 | 名称: Otopetrin3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
分子量 | 理論値: 63.744496 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GPAGNKASKQ KFCHHCNSRS ASAPPGTSTI HYEKSWLYRH CSLQQRDRQA QKSGQLFSGL LALNVVFLGS AFISSMIFNH VAITLADVW ILLSILKVLC LCWIIYYLLG TSRQPHAVLY RDTHAAPVWI RGSLLLFGTF SILLNVFQIG YSVIQINCKS K VEIVFPSI ...文字列: GPAGNKASKQ KFCHHCNSRS ASAPPGTSTI HYEKSWLYRH CSLQQRDRQA QKSGQLFSGL LALNVVFLGS AFISSMIFNH VAITLADVW ILLSILKVLC LCWIIYYLLG TSRQPHAVLY RDTHAAPVWI RGSLLLFGTF SILLNVFQIG YSVIQINCKS K VEIVFPSI EILFVATQAF FLWHHSKDCI QVQHNLTRCG LMLTIATNLL LWLLAVTNDS IHMEIESQLR EVEQRLAGNE TD SCACPNT TTCKVFQKGY ILLYPFNTEY CLICCSVLYV MWKNVGRRIS HHHIAHIKPK FKLQGVVFGP LLGAAAVIIG ICV FMMYQI QATGSAPNYQ VFVLYYSYYI VLLPLMCVVA IIGTIIHTLE KRELDTLKNP TRSLDVVLLM GAALGQIAMS YFSI VAIVA TNPRDMLNSL ILSYSVLLIF QYITQNIFII DGLQRQPFAK EEEVSEEHNR EAPDQRRVSV LELGQEFRRV SLSYI HTYS HLGWKRKALK EISFFLVLCN IILWIMPTFG AHPVFENGLQ KSFYGYSTWF AIVNFGLPLS VFYRMHSVGG LLEVYV SA |
-分子 #2: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子 | 名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: Y01 |
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分子量 | 理論値: 486.726 Da |
Chemical component information | ChemComp-Y01: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-6nf6: |