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- EMDB-9166: Cryo-EM structure of BG505.SOSIP.664 in complex with BF520.1 anti... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9166
タイトルCryo-EM structure of BG505.SOSIP.664 in complex with BF520.1 antigen binding fragment
マップデータCryo-EM of BG505.SOSIP.664 in complex with BF520.1-Fab
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of BF520.1 Fab in complex with BG505.SOSIP.664
    • タンパク質・ペプチド: Envelope Glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: Envelope Glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: BF520.1 Fab variable region
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Williams JA / Lee KK / Overbaugh J
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Kappa chain maturation helps drive rapid development of an infant HIV-1 broadly neutralizing antibody lineage.
著者: Cassandra A Simonich / Laura Doepker / Duncan Ralph / James A Williams / Amrit Dhar / Zak Yaffe / Lauren Gentles / Christopher T Small / Brian Oliver / Vladimir Vigdorovich / Vidya Mangala ...著者: Cassandra A Simonich / Laura Doepker / Duncan Ralph / James A Williams / Amrit Dhar / Zak Yaffe / Lauren Gentles / Christopher T Small / Brian Oliver / Vladimir Vigdorovich / Vidya Mangala Prasad / Ruth Nduati / D Noah Sather / Kelly K Lee / Frederick A Matsen Iv / Julie Overbaugh /
要旨: HIV-infected infants develop broadly neutralizing plasma responses with more rapid kinetics than adults, suggesting the ontogeny of infant responses could better inform a path to achievable vaccine ...HIV-infected infants develop broadly neutralizing plasma responses with more rapid kinetics than adults, suggesting the ontogeny of infant responses could better inform a path to achievable vaccine targets. Here we reconstruct the developmental lineage of BF520.1, an infant-derived HIV-specific broadly neutralizing antibody (bnAb), using computational methods developed specifically for this purpose. We find that the BF520.1 inferred naive precursor binds HIV Env. We also show that heterologous cross-clade neutralizing activity evolved in the infant within six months of infection and that, ultimately, only 2% SHM is needed to achieve the full breadth of the mature antibody. Mutagenesis and structural analyses reveal that, for this infant bnAb, substitutions in the kappa chain were critical for activity, particularly in CDRL1. Overall, the developmental pathway of this infant antibody includes features distinct from adult antibodies, including several that may be amenable to better vaccine responses.
履歴
登録2018年10月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月9日-
マップ公開2019年3月6日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.102
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.102
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6mn7
  • 表面レベル: 0.102
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9166.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9166.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM of BG505.SOSIP.664 in complex with BF520.1-Fab
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.102 / ムービー #1: 0.102
最小 - 最大-0.20188709 - 0.33509022
平均 (標準偏差)0.0013772685 (±0.011176277)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 352.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.22.22.2
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z352.000352.000352.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.2020.3350.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of BF520.1 Fab in complex with BG505.SOSIP.664

全体名称: Cryo-EM structure of BF520.1 Fab in complex with BG505.SOSIP.664
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of BF520.1 Fab in complex with BG505.SOSIP.664
    • タンパク質・ペプチド: Envelope Glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: Envelope Glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: BF520.1 Fab variable region
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Cryo-EM structure of BF520.1 Fab in complex with BG505.SOSIP.664

超分子名称: Cryo-EM structure of BF520.1 Fab in complex with BG505.SOSIP.664
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: Envelope Glycoprotein gp120

分子名称: Envelope Glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 53.278301 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SAITQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV MIRSENI TNNAKNILVQ FNTPVQINCT RPNNNTRKSI RIGPGQAFYA TGDIIGDIRQ AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFANSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSITLPC RIKQIINMWQ RIGQ AMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG R

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分子 #2: Envelope Glycoprotein gp41

分子名称: Envelope Glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.146482 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD

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分子 #3: BF520.1 Fab variable region

分子名称: BF520.1 Fab variable region / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.974941 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE MKMPGASVKV SCKASGYTFT GNYIHWVRQA PGQGLEWMGW IAPHSGDTSY AQRFQGRVTM TGDTSLSTAY MELSRLRSD DTAVYYCARG PFPNYYGPGS YWGGLDFWGQ GTLVSVSSEI VMTQSPATLS VSLGERATLS CRTSQNVAYN F AWYQQKPG ...文字列:
QVQLVQSGAE MKMPGASVKV SCKASGYTFT GNYIHWVRQA PGQGLEWMGW IAPHSGDTSY AQRFQGRVTM TGDTSLSTAY MELSRLRSD DTAVYYCARG PFPNYYGPGS YWGGLDFWGQ GTLVSVSSEI VMTQSPATLS VSLGERATLS CRTSQNVAYN F AWYQQKPG QAPRLLIYEA SSRATGTPAR FSGSGFGTEF TLTISSMQSE DFAVYYCQQY NNWPSPFTFG PGTKVHIK

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分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 67174
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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