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- EMDB-9032: Full-length S. pombe Mdn1 in the presence of AMPPNP (ring region) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9032
タイトルFull-length S. pombe Mdn1 in the presence of AMPPNP (ring region)
マップデータFull-length S. pombe Mdn1 in the presence of AMPPNP (ring region), primary map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: N-terminal density map of the full-length Mdn1 in the presence of AMPPNP
    • タンパク質・ペプチド: Midasin
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
機能・相同性
機能・相同性情報


preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / ribosomal large subunit biogenesis / ribosome biogenesis / ribosomal large subunit assembly / calcium ion binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Midasin / Midasin, AAA lid domain 7 / Midasin AAA lid domain 5 / : / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA+ ATPase lid domain / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / VWFA domain profile. ...Midasin / Midasin, AAA lid domain 7 / Midasin AAA lid domain 5 / : / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA+ ATPase lid domain / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Chen Z / Suzuki H / Wang AC / DiMaio F / Walz T / Kapoor TM
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Structural Insights into Mdn1, an Essential AAA Protein Required for Ribosome Biogenesis.
著者: Zhen Chen / Hiroshi Suzuki / Yuki Kobayashi / Ashley C Wang / Frank DiMaio / Shigehiro A Kawashima / Thomas Walz / Tarun M Kapoor /
要旨: Mdn1 is an essential AAA (ATPase associated with various activities) protein that removes assembly factors from distinct precursors of the ribosomal 60S subunit. However, Mdn1's large size (∼5,000 ...Mdn1 is an essential AAA (ATPase associated with various activities) protein that removes assembly factors from distinct precursors of the ribosomal 60S subunit. However, Mdn1's large size (∼5,000 amino acid [aa]) and its limited homology to other well-studied proteins have restricted our understanding of its remodeling function. Here, we present structures for S. pombe Mdn1 in the presence of AMPPNP at up to ∼4 Å or ATP plus Rbin-1, a chemical inhibitor, at ∼8 Å resolution. These data reveal that Mdn1's MIDAS domain is tethered to its ring-shaped AAA domain through an ∼20 nm long structured linker and a flexible ∼500 aa Asp/Glu-rich motif. We find that the MIDAS domain, which also binds other ribosome-assembly factors, docks onto the AAA ring in a nucleotide state-specific manner. Together, our findings reveal how conformational changes in the AAA ring can be directly transmitted to the MIDAS domain and thereby drive the targeted release of assembly factors from ribosomal 60S-subunit precursors.
履歴
登録2018年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月29日-
マップ公開2018年10月17日-
更新2019年5月29日-
現状2019年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6or5
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9032.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9032.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full-length S. pombe Mdn1 in the presence of AMPPNP (ring region), primary map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 300 pix.
= 390. Å		1.3 Å/pix.
x 300 pix.
= 390. Å		1.3 Å/pix.
x 300 pix.
= 390. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.0 / ムービー #1: 6
最小 - 最大-9.2775345 - 22.051939000000001
平均 (標準偏差)-0.030373996 (±0.7611648)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 390.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.31.31.3
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z390.000390.000390.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-9.27822.052-0.030

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : N-terminal density map of the full-length Mdn1 in the presence of...

全体名称: N-terminal density map of the full-length Mdn1 in the presence of AMPPNP
要素
  • 細胞器官・細胞要素: N-terminal density map of the full-length Mdn1 in the presence of AMPPNP
    • タンパク質・ペプチド: Midasin
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

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超分子 #1: N-terminal density map of the full-length Mdn1 in the presence of...

超分子名称: N-terminal density map of the full-length Mdn1 in the presence of AMPPNP
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 540 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #1: Midasin

分子名称: Midasin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 262.860312 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDVLIEWVAI YPQIYDILEH INYVPSNTLQ RLRLHQPWSK IDYDVWFLYA SDEIRETCKV KYYGETKTYG EVFVLENERI SQLHRLFVS WTVSERAEHL KNLLFDAGLS NLPLVELGGN VFFNSHVPLP CSLVLTKSTQ ENLNRITPYL VQKRPILLAG P EGIGKKFL ...文字列:
MDVLIEWVAI YPQIYDILEH INYVPSNTLQ RLRLHQPWSK IDYDVWFLYA SDEIRETCKV KYYGETKTYG EVFVLENERI SQLHRLFVS WTVSERAEHL KNLLFDAGLS NLPLVELGGN VFFNSHVPLP CSLVLTKSTQ ENLNRITPYL VQKRPILLAG P EGIGKKFL ITQIAAKLGQ QIIRIHLSDS TDPKMLIGTY TSPKPGEFEW QPGVLTQAVI TGKWILFTNI EHAPSEVLSV LL PLLEKRQ LVIPSRGETI YAKGSFQMFA TSSMKTKILG QRLWQILDLT YQPDECVEVV STLYPVLSII CPTLYSVYKD IFD LFSQRS FLATSKIYRR LCLRDFYKFI KRVAFLYHKF MIPSDHVVIS QELQDAVFKE AIDMFGAFIP SRDGFDLVVR NVAI ELNIP PEKALQLRYS IPVFQNLEHN INIGRCSLKK LSTIRSCSTN SYAFTSSSLG LLEQLAAGVQ TNEPLLLVGE TGTGK TTTI QLLAGLLGQK VTVINMSQQT ESSDMLGGYK PINASTLGLP LHERFIDIFE QTFSSKKNAK FISMASTSAR RFRWKT CLK IWKEACKLSK TVLDGQQPLP NPQKRQKRLS NQVELRNQWA KFEKEVEDFE KVLTGGSNGF MFSFVEGALV KAVRSGH WV LLDEINLASL ETLEPIGQLL SSYESGILLS ERGDITPITP HKNFRLFGCM NPSTDVGKRE LEPSFRSRFT EIYVHSPD Q NLDDLLSIIQ KYIGSLCIGN EHVIREVAEL YQVAKSLSLD GSLVDGAGQR PHYTVRTLSR TLSYVTEIAP IYGLRRSLY EGFCMSFLTL LDHTSESLLY NHVVRFTLGE LNRDQQNAIL KQIPKVPDHS SYIAFCHYWL RRGSFPVEEQ EHYIITPFVQ KNLLNIARA CSTRMFPILI QGPTSSGKTS MIEYVAKKTG HKFVRINNHE HTDLQEYIGT YVTDDNGSLS FREGVLVEAL R NGYWIVLD ELNLAPTDVL EALNRLLDDN RELFIPETQV LVKPHPEFML FATQNPPGVY AGRKHLSRAF RNRFLEIHFD DI PENELET ILHKRCKIAP SYAAKIVQVF RELSLRRQTT RIFEQKNSFA TLRDLFRWAF REAVGYQQLA ENGYMLLAER ARD QKDKLA VQEVIEKVMK VKIDTDGIYN LDSMEIFQDM SLKEGPLSKV VWTRPMIRLF CLVWRCLLAK EPVLLVGDTG CGKT TVCQI LAECLHKELH IINAHQDTEN GDIIGAQRPV RNRSAVNYSL HSQLCEKFNV QESLDSIDDL IEKFEKLSSS EKNDN LSNL IERQIIKYRS LFEWHDGALV TAMKQGDFFL LDEISLADDS VLERLNSVLE LSRTLTLVEH SNAAVSLTAK DGFAFF ATM NPGGDYGKKE LSPALRNRFT EIWVPPMVDT EDILKIVEGK LHNNKIELAR PLVEYAKWHA NEYLYTDVIS IRDVLSA VE FINACEILDL NLVLFNAVSM VFIDALGSFT TFSLSNNLAS LHAERQRCFA KLNELAGSNI MASKSADISI KFSDSSFF I GDFGIPLGDS VESDSTYSLH TDTTLMNASK VLRALQVLKP ILLEGSPGVG KTSLITALAR ETGHQLVRIN LSDQTDLMD LFGSDVPVEG GEGGQFAWRD APFLAAMRNG HWVLLDELNL ASQSVLEGLN ACLDHRNEAY IPELDKVFKA HPNFRVFAAQ NPQHQGGGR KGLPRSFINR FSVVYVEALK EKDMIEIAAC NYHQVNEDWR LKIIKFMFRL QDNIEKDISF GSFGSPWEFN L RDTLRWLQ LLNDAPKYTC VSPADYLEVM VLHRMRTVED RVRTCELFKE VFDIDYEPRT IGFSLSSQCF KVGHSLLVRD VE RQKTLLD SQNILQSQLP VLESVITCIN KKWPCILVGD TATGKTCILR LLAAIAGAKI KEMAVNSDTD TMDLIGEYEQ IDI SRKASE LFTDLSQQLL NIVIKYRNFD NIFRETSLYT LTTTSFKTHS QAFTLLQKVV DQLDQLKIHE TLVHSLGDIH EKAR KLLAE FSASPAGRFE WFDGYLLKAV EEGHWFVLDN ANLCSPAVLD RLNSLLEHKG VLIVNEKTTE DGHPKTIKPH PNFRL FLTV NPVYGELSRA MRNRGVEIFL LKEALTEIDK KQMSLLEPAP ISSAVDTLAS NISYIKYVFE TMG(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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分子 #2: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 実像数: 8446 / 平均露光時間: 15.0 sec. / 平均電子線量: 88.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.4 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.5)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 使用した粒子像数: 313336
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0.3)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: FREALIGN
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-6or5:
Full-length S. pombe Mdn1 in the presence of AMPPNP (ring region)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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